Archive for 01月, 2007
星期二, 01月 30th, 2007
说明:根据我联系的情况来看,基本上所有的教授对这种方式都感兴趣.但是否成功最后取决于2点,一你是否能申请到这个奖学金,二,如果要去牛实验室,需要一定的学术背景.一二互相关联.所以认为自己有实力,对某个大牛感兴趣,可以直接写信去问.另外,我CIMMYT的老板也有兴趣要这样的学生,目前有大量数据等待分析,所以如果这方面有背景和有兴趣和我共事的欢迎联系我.
最近中国政府启动了公派研究生项目，各相关高校也启动了选拔计划。许多同学来信请我帮忙联系合适的海外导师，我非常乐意为大家做这件事情，也鼓励条件合适的同学积极申请。今天上午，我已经给我所认识的海外教授和认识的朋友发信，询问他们或者他们的导师是否接受这样的学生或者推荐合适的接受导师。我会及时更新我所了解的信息，请各位感兴趣的同学参考。同时希望大家在与导师协商一致的情况下，主动出击，有理有节的申请。
祝大家申请成功！
2007-1-29(美国时间,下同)给我正面消息的教授信息:
Ed Buckler
USDA-ARS Research Geneticist
Adj. Assoc. Prof of Plant Breeding and Genetics
Institute for Genomic Diversity
Cornell University
159 Biotechnology Bldg
Ithaca, NY 14853-2703
接受联合培养学生,希望呆2年,要求侯选者有较高的学术水平和修完课程.目前不肯定是否需要学费.(Ed
知道目前农大与Corenell有交换项目,所以对农大学生印象不坏:))
Jose Luis
Crossa
Head, Biometrics and Statistics
Mexico Genetic Resources
CIMMYT
Apdo. Postal 6-641
06600 Mexico, D.F.
Mexico
Tel: Mexico:+52 55 5804 2004, Texcoco: 01 (595) 9521900,
From the US: +1 (650) 833 6655 Ext. 2208
接受对biometry and quantitative
genetics感兴趣的学生,1年或以上,不需要学费.
Huixia Wu
Leader of Genetic Transformation Group
GREU (Genetic Resources Enhancement Unit)
CIMMYT (International Maize and Wheat Improvement Center)
Tel. (52) 595-9521900 ext 1376 (o), or 1373 (lab)
Email:
h.wu@cgiar.org
要求: I’m basically interested in Ms or PhD
students who would like to come to CIMMYT and spend a couple years
on genetic transformation of wheat, for technology development as
well as trait targeting projects. Our two main targeting traits are
drought tolerance and rust (yellow, leaf and stem rust)
resistant.
Department of Crop
Sciences
217-333-9643
University of
Illinois
217-333-9817 FAX
AW-101 Turner Hall
1102 South Goodwin Ave
Urbana, IL 61801 USA
trochefo@uiuc.edu
要求:
联合培养或到那里攻读博士学位都可以，他感兴趣的候选者通过进一步进行电话面试后确定，并且需要和推荐人了解情况。希望候选者英文要好，从事biofortification的研究工作。(我BLOG有他个人网页的连接)
Patrick S.
Schnable
Associate Director, Plant Sciences Institute
Director, Center for Plant Genomics
Professor of Plant Genetics
2035B Roy J Carver Co-Lab
Iowa State University
Ames, IA 50011-3650 USA
要求: 给我的回信是Happy and
interesting,没有提任何要求.但估计要求不会太低.
2007-1-30更新
Tim Setter
Field Crop Biologist
Cornell University
521 Bradfield Hall
Ithaca, New York
(607) 255-1701;
E-mail:
TLS1@cornell.edu
Professor of Field Crop Science in the Department of Crop and
Soil Science, with joint appointment in the Department of Plant
Breeding and Genetics.
研究兴趣：作物科学，植物生物学。下午和他面谈，接受1年期的访问学生，如果自己找到更多经费可以接受攻读学位的研究生。
Yunbi Xu
Maize Molecular Breeder/Senior Scientist
Genetic Resources Program
International Maize and Wheat Improvement Center
CIMMYT
Apdo. Postal 6-641
06600 Mexico, D.F., Mexico
http://www.cimmyt.org
Tel: +52(55) 5804-2004 ex 1396 (O)
+52 (55) 5364 3774 (H)
To phone directly from US:
(650) 833-6655 ex 1396 (O)
Fax: +52(55) 5804-7558
Skype: yunbixu
e-mail:
y.xu@CGIAR.ORG
Associate Editor, Molecular Breeding
Associate Editor, International Journal of Plant Genomics
接受1-2个学生，3月底或4月初会访问农大。
2007-2-1
更新
Marilyn
Warburton
Senior Scientist
Genetic Resources Program
International Maize and Wheat Improvement Center
CIMMYT
Apdo. Postal 6-641
06600 Mexico, D.F., Mexico
m.warburton@cgiar.org
Albrecht E.
Melchinger
Prof. Dr. A. E. Melchinger
University of Hohenheim
350 Institute of Plant Breeding, Seed Science,
and Population Genetics
D - 70593 Stuttgart/Germany
Phone: xx49-711-459-22334
FAX:
xx49-711-459-22343
e-mail: melchinger@uni-hohenheim.de
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星期二, 01月 30th, 2007
花了一个周末加一个半天,根据记忆整理了我认为重要的植物基因组领域的一些重要或者说有趣的文章,
大家如果都读过,而且能讲个一二三,那恭喜你三把斧头至少已经有一把在手了.
需要说明的，这仅是一家之言,
而且整理之时并没有去读文章,对文章的推荐仅是凭之前读过的印象,所以错误在所难免.请大家辨证参考.
当然,我也无法保证这真的是经典,呵呵. 一共分为13个领域,
推荐了140篇文章,就当寒假作业好了,呵呵.欢迎指正补充.(注:因为是基因组,所以暂没有把功能基因组的内容包括进来)
植物基因组学研究我感兴趣的几个领域
1.基因组的结构和变异
2.分子标记连锁图谱构建和基因定位
3.QTL定位的原理和方法
4.QTL精细定位
5.基因和QTL的克隆
5.1插入突变方法
5.2图位克隆的方法(含比较图位克隆)
5.3候选基因法
6.资源评估和利用
7.分子标记辅助选择(含分子设计育种)
8.转基因
8.1转基因体系和实证研究
8.2转基因的生态学安全研究
9.比较基因组
9.1标记水平的比较研究
9.2序列水平的比较研究
9.3性状水平的比较研究
9.4功能比较研究
10.杂种优势研究
10.1遗传学解释
10.2分子生物学解释
11.分子进化(主要是玉米进化)
12.基于连锁不平衡的关联分析
12.1实证研究
12.2方法学研究
13.基因组研究中的一些新技术运用
13.1DNA芯片技术
13.2 DNA shuffling
13.3 Gene Trap
13.4 Gene therapy in plants
13.5 TILLING 技术
1.植物基因组的结构和变异
在越来越多的植物基因组被测完后,该研究的重要性逐渐显现,该方面的文章可以说是汗牛充栋.在玉米方面该领域的大牛是
Buckler, ES; Messing, J, Dooner HK, Doebley J ; Gaut, BS.
1. Buckler, E. S., Gaut, B. S. and McMullen, M. D. (2006)
Molecular and functional diversity of maize. Curr. Opin. Plant
Biol. 9, 172-176
这是关于玉米基因组结构的REVIEW文章,先了解大概,在细读研究文章.其任何2个玉米自交系之间的遗传变异大于人和大猩猩之间的差异的经典论断充分说明玉米变异的广泛性.最近因为人类基因组研究的进展而似乎可以改写.
2.Messing J, Dooner HK. Organization and variability of the
maize genome. Curr Opin Plant Biol. 2006 Apr;9(2):157-63
两位大牛的联合REVIEW, 值得一读.
3.Goff S A, Ricke D, Lan T H, Presting G, Wang R, Dunn M,
Glazebrook J, Sessions A, Oeller P, Varma H, Hadley D, Hutchison D,
Martin C, Katagiri F, Lange B M, Moughamer T, Xia Y, Budworth P,
Zhong J, Miguel T, et al. A Draft Sequence of the Rice Genome Oryza
sativa L. ssp. japonica. Science, 2002, 296: 92-100
大家或许都知道这篇文章,但我相信看完的不多,尽管全基因组测序的文章许多,强烈建议大家读这篇,讨论写的太好了.同期中国测序的文章就相形见拙许多,当然之后水稻精细图谱的公布,这篇文章也可以读读.
4. International Rice Genome Sequencing Project. The map-based
sequence genome. nature, 2005, 436: 793-800
5.Fu H H, Dooner H K. Intraspecific violation of genetic
colinearity and its implications in maize. Proc Natl Acad Sci USA,
2002, 99: 9573-9578
改文章给我的启示许多,基因的存在和缺失也是等位基因的一种形式就是其一,尽管后来该文章的结论不断被修正.
6.Song R, Messing J: Gene expression of a gene family in maize
based on noncolinear haplotypes. Proc Natl Acad Sci USA 2003,
100:9055-9060.
宋任涛代表作之一,
与Fu的文章有异曲同工之妙,给杂种优势提供了新的解释.
7.Brunner S, Fengler K, Morgante M, Tingey S, Rafalski A:
Evolution of DNA sequence non-homologies among maize inbreds. Plant
Cell 2005, 17:343-360.
5,6工作的基础上提供了更多的数据
8. Lai J, Li Y, Messing J, Dooner HK: Gene movement by Helitron
transposons contributes to the haplotype variability of maize. Proc
Natl Acad Sci USA 2005, 102:9068-9073.
赖锦盛的代表工作之一,为玉米基因组的扩张提供了全面的解释.
9. Lai J, Ma J, Swigonova Z, Ramakrishna W, Linton E, Llaca V,
Tanyolac B, Park YJ, Jeong OY, Bennetzen JL et al.: Gene loss and
movement in the maize genome. Genome Res 2004, 14:1924-1931
部分阐述了玉米基因组的结构的成因,更多的是插入而不是缺失.
10. Morgante M, Brunner S, Pea G, Fengler K, Zuccolo A, Rafalski
A:Gene duplication and exon shuffling by helitron-like transposons
generate intraspecies diversity in maize.Nat Genet 2005,
37:997-1002
与8讲的同一个故事.
11.Tenaillon MI, Sawkins MC, Long AD, Gaut RL, Doebley JF, Gaut
BS: Patterns of DNA sequence polymorphism along chromosome 1 of
maize (Zea mays ssp. mays L.). Proc Natl Acad Sci USA 2001,
8:9161-9166
该数据表明,在玉米基因组大约只保留了其祖先大刍草60%的遗传变异.
12.Messing J, Bharti AK, Karlowski WM, Gundlach H, Kim HR, Yu Y,
Wei F, Fuks G, Soderlund CA, Mayer KF et al.: Sequence composition
and genome organization of maize. Proc Natl Acad Sci USA 2004,
101:14349-14354
玉米有59000个基因的预测就出自此文.
13. Bruggmann R, Bharti AK, Gundlach H, Lai J, Young S,
Pontaroli AC, Wei F, Haberer G, Fuks G, Du C, Raymond C, Estep MC,
Liu R, Bennetzen JL, Chan AP, Rabinowicz PD, Quackenbush J,
Barbazuk WB, Wing RA, Birren B, Nusbaum C, Rounsley S, Mayer KF,
Messing J. Uneven chromosome contraction and
expansion in the maize genome. Genome Res. 2006
Oct;16(10):1241-51
14.Emrich SJ, Li L, Wen TJ, Yandeau-Nelson MD, Fu Y, Guo L, Chou
HH, Aluru S, Ashlock DA, Schnable PS. Nearly Identical Paralogs:
Implications for Maize (Zea mays L.) Genome Evolution.Genetics.
2007 Jan;175(1):429-39
Schnable
提出的NIP概念给我们以后的关联分析和其他一系列研究提出了新的挑战,尽管在玉米基因组的频率只有1%.
15. Fu Y, Emrich SJ, Guo L, Wen TJ, Ashlock DA, Aluru S,
Schnable PS.
Quality assessment of maize assembled genomic islands (MAGIs) and
large-scale experimental verification of predicted genes. Proc Natl
Acad Sci U S A. 2005 23;102(34):12282-7.
看看什么是MAGI，也是Schnable的贡献，其超大的课题组（在美国而言）和永不疲倦的精力让他文章如麻，而且牛文不断。
2.分子标记连锁图谱构建和基因定位
该领域的理论发展最大贡献者当然属于Lincoln,而玉米连锁图的构建,
全世界多个实验室都有重要贡献,比如Coe EH, 法国的Falque,
和访问过农大的Schnable.这尽管是一项非常基础的工作,但非常重要.从下面文章的清单不难看出,只要做的好有特色,同样能发好文章.其它各个重要的动植物都走过类似的历程，在植物里这一领域的研究，玉米应该还是比较靠前的，因为它不但重要，而且也算得上模式植物.
16. Lincoln S, Daly M, Lander E. Mapping genetic mapping with
MAPMAKER/EXP3.0. Cambridge: MA: Whitehead institute Technical
Report, 1992
尽管新的方法不断涌现,但MAPMAKER
目前仍然是连锁图构建和基因定位的经典方法.
17.Helentjaris T, Slocum M, Wright S, Schaefer A, Niehhuis J.
Construction of genetic linkage maps in maize and tomato using
restriction fragment length polymorphisms. Theor Appl Genet, 1986,
72: 761–769
玉米第一张分子标记连锁图
18.Burr, B., Burr, F., Thompson, K.H., Albersten, M. and Stuber,
C. W. (1988) Gene mapping with recombinant inbreds in maize.
Genetics 118, 519–526
玉米第一张RIL图谱
19.Beavis, W. D., and Grant, D. (1991) A linkage map based on
information from 4 F2 populations of Maize (Zea mays L.). Theor.
Appl. Genet. 82, 636–644
玉米的F2图谱
20.Gardiner, J. M., Coe, E. H., Melia-Hancock, S., Hoisington,
D. A. and Chao, S. (1993) Development of a core RFLP map in maize
using an immortalized F2 population. Genetics 134, 917–930.
玉米第一张IF2图谱(注意不同于我们提到的IF2群体)
21.Gardiner, J., Schroeder, S., Polacco, M. L., Sanchez-Villeda,
H., Fang, Z., Morgante, M., Landewe, T., Fengler, K., Useche, F.,
Hanafey, M., Tingey, S., Chou, H., Wing, R., Soderlund, C. and Coe
Jr., E. H. (2004) Anchoring 93 971 maize expressed sequence tagged
unigenes to the bacterial artificial chromosome contig map by
two-dimensional overgo hybridization. Plant Physiol. 134,
1317-1326.
遗传图谱和物理图谱的整合
22.Davis, G. L., McMullen, M. D., Baysdorfer, C., Musket, T.,
Grant, D., Staebell, M., Xu, G., Polacco, M., Koster, L.,
Melia-Hancock, S., Houchins, K., Chao, S., and Coe Jr, E. H.
(1999). A maize map standard with sequenced core markers, grass
genome reference points and 932 expressed sequence tagged sites
(ESTs) in a 1736-locus map. Genetics 152, 1137–1172
23.Natalya S, McMullen M D, Schultz L, Schroeder S,
Sanchez-Villeda H, Gardiner J, Bergstrom D, Houchins K,
Melia-Hancock S, Musket T, Duru N, Polacco M, Edwards K, Ruff T,
Register J C, Brouwer C, Thompson R, Velasco R, Chin E, Lee M,
Woodman-Clikeman W, Long MJ, Liscum E, Cone K, Davis G, Coe EH.
Development and mapping of SSR markers for maize. Plant Mol Bio,
2002, 48: 463-481
几张玉米的高密度连锁图
24.Falque, M., Décousset, L., Dervins, D., Jacob, A. M., Joets,
J., Martinant, J. P., Raffoux, X., Ribière, N., Ridel, C., Samson,
D., Charcosset, A. and Murigneux, A. (2005) Linkage Mapping of 1454
New Maize Candidate Gene Loci. Genetics 170, 1957-1966
玉米的大规模基因定位及连锁图谱
25.Fu Y, Wen TJ, Ronin YI, Chen HD, Guo L, Mester DI, Yang Y,
Lee M, Korol AB, Ashlock DA, Schnable PS. Genetic dissection of
intermated recombinant inbred lines using a new genetic map of
maize.Genetics. 2006 Nov;174(3):1671-83.
玉米的大规模的IDP图谱
而目前各类标记(IDP, Gene, cDNA, SSR, RFLP,
SNP等)都被整合到IBM图谱,并有机与玉米物理图谱进行了整合,详细信息参考MAIZEGDB.
3.QTL定位的原理和应用
该领域让我们记住一个名字,那就是毕业于华中农业大学,现供职于北卡州立大学的曾昭邦教授.他1994年发表在Genetics的文章,已经是QTL定位领域不可超越的传奇,其正面引用应该接近或者超过1000次.他也是大陆动物遗传育种专业留学生中在美国唯一的正教授.他多次回国和母校讲学,2000年在华农讲学,在分子数量遗传学门外徘徊的我根本听不懂他在讲什么,错失良机.其发展的QTL定位软件几经改进,可以说在数量遗传学领域路人皆知.
26. Zeng Z B. Precision mapping of quantitative trait loci.
Genetics, 1994, 136: 1457–1468
经典中的经典,但我估计认真读过的人不多,尤其新近入门的同学.同时在此基础上,
还发展了一系列分析方法.
27. Cockerham CC and Z. B. Zeng Design III With Marker
Loci.Genetics 1996 143: 1437-1456
重新对Stuber的数据进行分析,认为超显性都是拟超显性.为我们的遗传设计提出了新的指导思想,但听从的不多
.
28. Chen-Hung Kao, Zhao-Bang Zeng, and Robert D. Teasdale
Multiple Interval Mapping for Quantitative Trait Loci. Genetics
1999 152: 1203-1216
提出了MIM的算法,为我们估计总的遗传效应提供了方法.
29.Chen-Hung Kao and Zhao-Bang Zeng Modeling Epistasis of
Quantitative Trait Loci Using Cockerham’s Model Genetics 2002 160:
1243-1261
提出了上位性的算法.
30. Lander E S, Botstein S. Mapping Mendelian factors underlying
quantitative traits using RFLP linkage maps. Genetics, 1989, 121:
185–199
经典的区间作图法,
CIM是该基础上发展而来,贡献卓越,引用超过2000次.
31. Wang D L, Zhu J, Li Z K, Paterson A H. Mapping QTLs with
epistatic effects and QTL environment
interactions by mixed linear model approaches. Theor Appl Genet,
1999, 99: 1255-1264
浙江大学的朱军教授也是该领域的著名人物,在CIM基础上发展出MCIM(混合线性模型)的方法,也是一个重要的贡献,同时也提出条件QTL的定位方法,经典文章有下面2篇.
32. Zhu J. Analysis of conditional genetic effects and variance
components in developmental genetics. Genetics, 1995, 141:
1633–1639
老鼠尾巴的长度和体重有什么关系?呵呵,这篇文章就研究这个,至少问题有趣.
33. Yan J Q, Zhu J, He C X, Benmoussa M, Wu P. Molecular
dissection of developmental behavior of plant height in rice (Oryza
sativa L.). Genetics, 1998, 150: 1257-1265
株高发育性状的QTL定位,这篇文章给了我启示,而让我的论文有了点副产品,想了解改领域的基本知识,可以参考我2003科学通报的文章.
34. Wei-Ren Wu, Wei-Ming Li, Ding-Zhong Tang, Hao-Ran Lu, and A.
J. Worland Time-Related Mapping of Quantitative Trait Loci
Underlying Tiller Number in Rice. Genetics 1999 151: 297-303
现在浙江大学的吴为人教授对时间序列的QTL分析也有贡献,但没有好的软件出来.
关于QTL定位的应用文章枚不胜举,下面2篇文章是经典.
35. Schon, C. C., Utz, H. F., Groh, S., Truberg, B., Openshaw,
S. and Melchinger, A. E. (2004) Quantitative trait locus mapping
based on resampling in a vast maize testcross experiment and its
relevance to quantitative genetics for complex traits. Genetics
167, 485-498
该研究用了超过1000个单株的超大群体,和19个环境的田间数据.
估计目前这2个数字仍然是无法超越的.
36. Laurie, C. C., Chasalow, S. D., LeDeaux, J. R., McCarrol,
R., Rush, D., Hauge, B., Lai, C. Q., Clark, D., Rocheford, T. R.
and Dudley, J. W. (2004) The genetic architecture of response to
long-term artificial selection for oil concentration in the maize
kernel. Genetics 168, 2141-2155
该研究用了高油玉米长期选择的极端材料和大群体,所以对效应值小的QTL有很好的估计.
37. 章元明. 作物QTL 定位方法研究进展. 科学通报, 19,
2223-2231.
我认为是迄今关于这方面最好的中文综述.尤其关于经典QTL的定位介绍的比较详细和到位,是对初进该领域的研究者最好的开门文章,几乎囊括了所有经典文章.我们常常知道QTL定位要选择显著标记对背景控制?原因是什么,多少合适?如果不选或者选多了会出现什么问题?如果理解了这些理论问题,大家对QTL定位的结果就会有更深刻的认识,而不会简单堆积结果了.
QTL定位下一步的一个发展方向将是:
1) Nested Association Mapping and Diallel Association
Mapping,
也就是结合连锁和连锁不平衡的分析方法,该方法有Buckler首先提出来并付诸实践,相信不久就有实际实验结果的文章出来,下一步是第一篇方法探讨文章.
38. Benjamin Stich, Jianming Yu, Albrecht E. Melchinger, Hans-Peter
Piepho, Friedrich Utz, Hans P Maurer, and Edward S Buckler Power to
detect higher-order epistatic interactions in a metabolic pathway
using a new mapping strategy. Genetics 2006: doi:
10.1534/genetics.106.067033
2)
eQTL定位
这也是将来QTL定位的一个重要内容,也是联系遗传学上QTL定位和表达水平基因表达谱研究的桥梁.在动物方面（人，小鼠等）相关研究进展很多，下一波就是植物了。
39 Gibson G, Weir B. The quantitative genetics of transcription.
Trends Genet, 2005, 21(11): 616—623
如何从转录水平认识数量性状
40 Schadt E E, Monks S A, Drakes T A, et al. Genetics of gene
expression surveyed in maize, mouse and man.Nature, 2003,
422:297-302
eQTL定位的经典文章
41 Brew R B, Yvert G, Clinton R, et al.
Genetic dissection of transcriptional regulation in budding yeast.
Science, 2002, 296: 752-755
虽然是酵母的数据但值得借鉴.
3) PTL
差异表达蛋白和QTL位置的比较与分析(目前相关文章还比较少)
42 Salvi S, Tuberosa R. To clone or not to clone plant QTLs:
present and future challenges. Trends Plant Sci, 2005, 10(6):
297-304
相关的综述文章
43 Consoli L, Lefevre A, Zivy M, et al. QTL analysis of proteome
and transcriptome variations for dissecting the genetic
architecture of complex traits in maize. Plant Mol Biol, 2002,
48(5-6): 575-581
好象是仅有的研究文章,不过已经有一段时间没有追踪了
4 QTL精细定位
毫无疑问,近年来发展而来的基于NIL的定位方法和策略取得了长足进步.
该策略首先被Paterson提出来,然后被Zamir发扬广大,我们国家在这方面的研究应该说取得了长足的进步.其中Paterson（现在偏理论了），Zamir，Tanksley，McCouch以及日本和中国的多位科学家是这方面的领军科学家。
44 Paterson AH, DeVerna JW, Lanini B et al. Fine mapping of
quantitative trait loci using selected overlapping recombinant
chromosomes, in an interspecies cross of tomato. Genetics, 1990,
124: 735-742
45 Eshed Y, Zamir D．An introgression line population of
Lycopersicon pennellii in the cultivated tomato enables the
identification and fine mapping of yield-associated QTL. Genetics ,
1995, 141:1147-1162
较早的研究，现在看起来比较简单，但你要承认原创。
46 Salvi S, Tuberosa R, Chiapparino E, Maccaferri M, Veillet
S,van Beuningen L, Isaac P, Edwards K, Phillips RL: Toward
positional cloning of Vgt1, a QTL controlling the transition from
the vegetative to the reproductive phase in maize. Plant Mol Biol
2002, 48:601-613
我一直以为这将是玉米中第一个被克隆的QTL,而追踪很久,但呼之欲出好多年终没有见到正式文章,但有消息表明已经拿到基因.Tuberosa是意大利的知名科学家,当时在武汉开会的时候希望我申请奖学金到他那里做博士后,还给我许多他发表的文章.
47 Li JM, Thomson M, McCouch S R. Fine mapping of a grain-weight
quantitative trait locus in the pericentromeric region of rice
chromosome 3. Genetics, 2004 168: 2187-2195
48 Fan C, Xing Y, Mao H, Lu T, Han B, Xu C, Li X, Zhang Q.
Related Articles, Links
GS3, a major QTL for grain length and weight and
minor QTL for grain width and thickness in rice, encodes a putative
transmembrane protein.
Theor Appl Genet. 2006, 112(6):1164-71
两篇文章做的同一个QTL位点，可见这个领域竞争的惨烈（事实上还有至少2个组在做这个位点）。但第二篇的遗传设计比较简单，第一篇太复杂了。但讨论起来是一套一套。
49 Alpert K B, Tanksley S D. High-resolution mapping and
isolation of a yeast artificial chromosome contig containing fw2.2:
A major fruit weight quantitative trait locus in tomato. Proc Natl
Acad Sci USA, 1996, 93: 15503-15507
看看着篇定位的文章,你就知道Tanksley克隆第一个QTL是多么不容易.
50 Ishimaru K. Identification of a locus
increasing rice yield and physiological analysis of its function.
Plant Physiol. 2003 Nov;133(3):1083-90
这篇文章只有一个作者，可见日本人做研究有多么厉害了。这个人最近文章雪片般飘逸，绝对是后起之秀。
5.基因和QTL的克隆
51 Ashikari M, Matsuoka M. Identification, isolation and
pyramiding of quantitative trait loci for rice breeding. Trends
Plant Sci, 2006, 11(7): 344-350
52 Bortiri E, Jackson D, Hake S. Advances in maize genomics: the
emergence of positional cloning.Curr Opin Plant Biol. 2006
Apr;9(2):164-71
这两篇综述告诉我们重要形状QTL的克隆将是未来竞争最为激烈的领域，同时已经克隆的QTL也尽收眼底，如果对这方面感兴趣，无疑给你做了很好的文献收集工作。
5.1插入突变方法
53 Bensen, R.J., G. S. Johal, V. C. Crane, J. T. Tossberg, P. S.
Schnable, R. B. Meeley, and S. P. Briggs. 1995. Cloning and
characterization of the maize An1 gene. The Plant Cell. 7:
75-84
与株高有关的一个突变体基因的克隆
54 Doebley J, Stec A, Hubbard L. The evolution of apical
dominance in maize. Nature, 1997, 386: 485-488
玉米中克隆的第一个QTL
55 Cui X, Wise RP, Schnable PS. The rf2 nuclear restorer gene of
male-sterile T-cytoplasm maize. Science. 1996 May
31;272(5266):1334-6
在17万株MU插入玉米中找到5个突变体，最终克隆了玉米的恢复基因Rf2,
从这也可以看出基于突变体的基因克隆与其说是个技术活不如说是一个体力活。应该是Schnable的成名作。
56 Esteban B, George C, Erik V, et al. Ramosa2 encodes a lateral
organ boundary domain protein that determines the fate of stem
cells in branch meristems of maize. Plant Cell, 2006,
18:574-585
57 Vollbrecht E, Springer PS, Goh L, et al. Architecture of
floral branch systems in maize and related grasses. Nature, 2005,
436:1119-1126
与玉米进化有关的2个QTL
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5.2图位克隆的方法(含比较图位克隆)
58 Frary A, Nesbitt T C, Frary A, et al.
fw2.2: A quantitative trait locus key to the evolution of tomato
fruit size. Science, 2000, 289: 85-88
第一个被图位克隆的QTL，建议顺便看看Doebley对这篇文章的评论，就知道牛人站的高度在哪里。
59 Ashikari M, Sakakibara H, Lin S, Yamamoto T, et al.
Cytokinin Oxidase Regulates Rice Grain Production. Science, 2005,
309: 741-7245
也是引起轰动的报道,因为可能是控制产量的基因被发现.记得文章刚发表后,Rocheford来访问问我跟进没有,呵呵.是准备跟进,但,相信不久会有后续报道出来.
60 Wang H, Nussbaum-Wagler T, Li B, et al. The origin of the
naked grains of maize. Nature, 2005, 436:
714-719
第一个图位克隆的玉米QTL,用到比较基因组的策略
61 Peng J, Richard E D, Hartley M N, et al. ‘Green
revolution’ genes encode mutant gibberellin reponse modulators.
Nature, 1999, 400: 256-261
比较图位克隆的经典
62 Yan L, Loukoianov A, Blechl A, et al. The wheat VRN2 gene
is a flowering repressor down-regulated by vernalization. Science,
2004, 303: 1640 - 1644
小麦大基因组基因克隆的经典作品,毫无疑问该文章的联系作者已经是该领域的领军人物,目前在小麦中克隆的基因或QTL已经超过4个.
63 Li C, Zhou A, Sang T. Rice domestication
by reducing shattering. Science. 2006 31;311(5769):1936-9
水稻进化QTL的克隆,当年Science杂志还有另外一篇类似的文章,惊叹的是作者用的是F2群体,遗传设计大胆有效,常人不敢想象.Doebley的评论也是高屋建瓴.
64 Ren ZH,Gao JP,Li LG, et al. A rice quantitive trait locus
for salt tolerance encodes a sodium transporter. Nature Genetics,
2005, 37:1141-1146
中国人的工作,也相当的不错.
5.3候选基因法
65 Ishimaru K, Ono K, Kashiwagi T. Identification of a new
gene controlling plant height in rice using the candidate-gene
strategy. Planta, 2004, 218: 388–395
我认为第一篇完全意义的侯选基因策略,参考其思路和生物信息学分析.
66 Xiao WK, Xu ML et al. Genome-wide isolation of resistance
gene analogs in maize (Zea mays L.).Theor Appl Genet. 2006
Jun;113(1):63-72
徐明良老师工作,在没有精细定位或针对特定性状,这是一个很好的方法也构建了进一步深入研究的一个平台.
6.资源评估和利用
该领域的研究很重要,
几乎是上个世纪90年代许多农业大学的做作物遗传育种都要做的工作,但有趣的研究不多.
67 GS Khush. 2001, Green revolution: the way forward. Nature
Reviews Genetics, 2: 815-822
如果你知道Khush是谁,你就不难发现该文章的价值
68 Liu K, Goodman M, Muse S, Smith JS, Buckler E, Doebley J:
Genetic structure and diversity among maize inbred lines as
inferred from DNA microsatellites. Genetics 2003,
165:2117-2128
玉米主要玉米材料遗传变异的分类和确定
69 Garris AJ, Tai TH, Coburn J, Kresovich S, McCouch S:
Genetic structure and diversity in Oryza sativa L. Genetics 2005,
169:1631-1638
如果了解McCouch的背景,你就知道她写的文章为什么这么优美,因为她本科念的是文学.
70 Fukunaga K, Hill J, Vigouroux Y, et al.
Genetic diversity and population structure of teosinte. Genetics,
2005, 169: 2241-2254
玉米祖先大刍草的遗传变异规律,将是重要的玉米遗传改良的潜在资源.
71Jochen C.Reif, Sonia Hamrit et al. Trends in genetic
diversity among European maize cultivars and their parental
components during the past 50 years. Theor Appl Genet, 2005
先锋公司1930-1999共90年间推广杂交种的遗传基础进行了分析
72 Stephen J, Smith C, Duvick D et al. Changes in pedigree
background of Pioneer brand maize hybrids widely grown from 1930 to
1999. Crop Science. 2004, 44(6): 1935-1946
欧洲过去50年主要推广玉米品种遗传基础的变化规律
7.分子标记辅助选择(含分子设计育种)
这方面的综述和理论研究,远多于实证研究,也是一个有趣的现象.
73 Xu, Y. (2003). Developing marker-assisted selection
strategies for breeding hybrid rice. Plant Breed. Rev. 23,
73–174
74 Li ZK, Fu BY, Gao YM, et al. Genome-wide introgression lines and
their use in genetic and molecular dissection of complex phenotypes
in rice (Oryza sativa L.).Plant Mol Biol. 2005 , 59(1):33-52
黎志康和徐云碧都是理论专家,对分子育种都有自己独到的理解,而目前他们都是这个领域的一线科学家.
75 Andersen J R, Lübberstedt T. Functional markers in plants.
Trends Plant Sci, 2003, 8: 554-560
首次提出功能标记的概念,相信是分子育种的方向,尤其设计育种.
76 Visscher P M，Haley C S, Thompson R. Marker-assisted
introgression in backcross breeding programs. Genetics, 1996, 144:
1923-1932
早期的理论探讨
77 Bouchez A, Hospital F, Causse M, Gallais A, Charcosset
A. Marker-assisted introgression of favorable
alleles at quantitative trait loci between maize elite lines.
Genetics, 2002, 162: 1945–1959
78 Yousef G G, Juvik. Comparison of phenotypic and marker-assisted
selection for quantitative traits in sweet corn. Crop Sci, 2001,
41: 645-655
上2篇文章是实证研究,但早期的结果好象有正有负.最近有一些进展,没有深入追踪.
8.转基因
该领域是重要的发展方向,但不管你做不做这个研究都好象能说上几句.其实其科学问题还有许多值得探讨.如果你不从事这个工作,建议把大的概念和方向搞清楚.尤其以后准备当技术官员的,更应该多看正反两方面的意见,让自己更辨证.
8.1转基因体系和实证研究
79 Meyer, P., and Saedler, H. (1996) Homology-dependent gene
silencing in plants. Annu.Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 47,
23-48
转基因的沉默,较早的综述文章.
80 Ye X, Al-Babili S, Kloti A , et al. Engineering the
provitamin A (beta-carotene) biosynthetic pathway into (
carotenoid) rice endosperm. Science, 2000, 287: 303-305
同时转多个基因,著名的金稻.
81 Gordon-Kamm, W., Dilkes, B. P., Lowe, K., Hoerster, G.,
Sun, X., Ross, M., Church, L., Bunde, C., Farrell, J., Hill, P.,
Maddock, S., Snyder, J., Sykes, L., Li, Z., Woo, Y., Bidney, D. and
Larkins, B. A. (2002) Stimulation of the cell cycle and maize
transformation by disruption of the plant retinoblastoma pathway.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 11975-11980.
经典的玉米转基因文章
82 Ishida, Y., Saito, H., Hiei, Y. and Komari, T. (2003)
Improved protocol for transformation of maize (Zea mays L.)
mediated by Agrobacterium tumefaciens. Plant Biotech. 20,
57-66
改进的玉米转基因技术
8.2转基因的生态学安全研究
83 Quist, D. and Chapela, I. H. (2001) Transgenic DNA
introgressed into traditional maize landraces in Oaxaca, Mexico.
Nature 414, 41-543
转基因的飘逸,但后来该研究也被质疑.
84 Bellin, M. R. and Berthaud, J. (2004) Transgenic maize and the
evolution of landrace diversity in Mexico. The importance of
farmers’ behavior. Plant Physiol.134, 883-888
转基因玉米能减少物种多样性?
上面2篇是关于生态安全研究的文章,好象都是负面的,主要上一想让大家有理性和批评的思想,正面的文章很多.中国学者的如中科院黄季琨在Science和Nature就有好几篇.
9.比较基因组
炙手可热,也是我感兴趣的领域,下面的划分当然也是我一家之言,
不一定正确,而且目光主要集中在禾本科.该领域的牛人比较多,如Gale,
Bennetzen, Paterson, Messing, Dooner等等.
9.1标记水平比较基因组
85 Gale M D, Devos K M. Comparative genetics in the grasses.
Proc Natl Acad Sci USA, 1998, 95: 1971–1974
著名的8卦图就出自这里
86 Ahn S N, Tanksley S D. Comparative linkage maps of the rice
and maize genomes. Proc Natl Acad Sci USA, 1993, 90:
7980-7984
最早的玉米和水稻比较图谱
87 Wilson W A, Harrington S E, Woodman W L, Lee M, Sorrells M
E, McCouch S R. Inferences on the genome structure of progenitor
maize through comparative analysis of rice, maize and the
domesticated panicoids. Genetics, 1999, 153: 453-473
改进的玉米和水稻比较图谱
9.2序列水平的比较研究
88 Bennetzen J L. Comparative sequence analysis of plant
nuclear genomes: microcolinearity and its many exceptions. Plant
Cell, 2000, 12: 1021-1030
89 Chen M, SanMiguel P, De Oliveira AC, Woo S S, Zhang H, Wing R A,
Bennetzen J L. Microcollinearity in sh2-homologous regions of the
maize, rice and sorghum genomes. Proc Natl Acad Sci USA, 1997, 94:
3431–3435
90 Swigonova Z, Lai, Jinsheng, Ma, J, et al. Close split of the
ancestor genomes of sorghum and maize. Genome Research, 2004, 14:
1916-1923
简单策略就是,找几个不同作物的保守区域,同时测几个BAC,看看发生什么?呵呵,我其实也早想到了,可没有银子,没有人支持.
91 Salse J, B Piegu, R Cooke, M Delseny. New in silico insight
into the synteny between rice (Oryza sativa L.) and maize (Zea mays
L.) highlights reshuffling and identifies new duplications in the
rice genome. Plant J. 2004, 38(3):396-409
这个在水稻序列完成后作为桥梁与玉米大规模的比较,也是我的思路:)
9.3性状水平的比较研究
92 Paterson A H, Lin Y R, Li Z, Schertz K F, Doebley J F,
Pinson S R M, Liu S C, Stansel J W, Irvine J E. Convergent
domestication of cereal crops by independent mutations at
corresponding genetic loci. Science, 1995, 269: 1714–1718
种子大小和开花期等与进化有关的农艺性状的QTL具有同源性
93 Chen H L, Wang S P, Xing Y Z, Xu C G, Hayes P M, Zhang Q.
Comparative analyses of genomic locations and race specificities of
loci for quantitative resistance to Pyricularia grisea in rice and
barley. Proc Natl Acad Sci USA, 2003, 100：2544–2549
部分抗稻瘟病的QTL在水稻和大麦中都具有同源性,
发现数量性状也有小种专化性
94 Chardon F, Virlon B, Moreau L, Falque M, Joets J, Decousset
L, Murigneux A, Charcosset A. Genetic
architecture of flowering time in maize as inferred from
quantitative trait loci meta-analysis and synteny conservation with
the rice genome. Genetics. 2004 Dec;168 (4):2169-85
这个大规模的比较有意思,我们的目标是与91结合,最终是实现大规模的QTL比较克隆.
9.4功能比较研究
95 Volker B, Stefan K, Virginia W. Comparative genomics of
Arabidopsis and maize: prospects and limitations. Genome Biology,
2002, 3(3): 1005.1–1005.6
序列的微线性老被打破,但基因的功能应该大都一样,这个就是检测这个预测的.
96 Mural R J, Adams M D, Myers E W, Smith H O, Gabor Miklos G
L, Wides R, Halpern A, Li P W, Sutton G G, Nadeau J, Salzberg S L,
Holt R A, Kodira C D, Lu F, Chen L et al. A comparison of
whole-genome shotgun-derived mouse chromosome 16 and the human
genome. Science, 2002, 296: 1661-1671
全基因组大规模比较
97 Kellis M, Patterson N, Endrizzi M, Birren B, Lander ES.
Sequencing and comparison of yeast species to identify genes and
regulatory elements.Nature. 2003 May 15;423(6937):241-54
这篇文章我认为好在,提出了可以基于比较基因组的策略进行功能预测的概念.
10.杂种优势研究
这个领域我认为是可能产生诺贝尔奖的领域,但过去100年我们几乎都在与数学打交道.所以这方面的文章都难以读懂,不容易理解.尽管离目标还遥遥无期,但我们要充满信心.这个领域在遗传学水平的领军人物中国有一大部分.最为出名的是张启发,
黎志康等.
10.1遗传学解释
98 Duvick, D. N. (1999) in The Genetics and Exploitation of
Heterosis in Crops eds. Coors, J. G. & Pandey, S. (Crop Sci.
Soc. Amer., Madison, WI), pp. 19–29
更早的文章就不推荐，这篇综述里面有全面引用和阐述，Duvick是先锋公司资深科学家，位至副总裁，对这个问题的认识，少有人望其项背，许多观点值得借鉴。
99 Stuber CW, Lincoln S E, Wolff D W, et al. Identification of
genetic factors contributing to heterosis in a hybrid from 2 elite
maize inbred lines using molecular markers. Genetics, 1992, 132:
823-839
其超显性假说目前仍然被不断质疑和证明。
100 Xiao J, Li J, Yuan L et al. Dominance is the major genetic
basis of heterosis in rice as revealed by QTL analysis using
molecular markers. Genetics, 1995, 140: 745-754
这篇文章让Tanksley
SD（水稻杂种优势理论）和袁隆平（水稻杂种优势应用）分享了沃尔夫粮食奖.
当然Tanksley的主要贡献我认为还不是这，在番茄研究上更有建树比如第一个QTL就是他克隆的。而该文的第一作者也是袁先生的弟子。
101 Yu S B, Li J X, Xu C G., et al. Importance of epistasis as
the genetic basis of heterosis in an elite rice hybrid. Proc Natl
Acad Sci USA, 1997, 94: 9226-9231
张启发的经典之作,我花了3年才读懂这篇文章,重复打印了几次.
102 Li Z K, Luo L J, Mei H W, Wang D L, Shu Q Y, Tabien R,
Zhong D B, Ying C S, Stansel J W, Khush G S, Paterson A H.
Overdominant epistatic loci are the primary genetic basis of
inbreeding depression and heterosis in rice. I. biomass and grain
yield. Genetics, 2001, 158: 1737-1753
103 Luo L J, Li Z K, Mei H W, Shu Q Y, Tabien R,
Zhong D B, Ying C S, Stansel J W, Khush GS, Paterson A H.
Overdominant Epistatic Loci Are the Primary Genetic Basis of
Inbreeding Depression and Heterosis in Rice. II. Grain Yield
Components. Genetics, 2001, 158: 1755-1771
这两篇文章都是黎志康的杰作,看看超长的讨论就知道这个人理论水平高,呵呵.
104 Hua J P, Xing Y , Wu W R, et al. Single-locus heterotic
effects and dominance by dominance interactions can adequately
explain the genetic basis of heterosis in an elite rice hybrid.
Proc Natl Acad Sci USA, 2003,100: 2574–2579
运用了IF2创新遗传设计
上面6篇文章把杂种优势的各种效应都说了一遍，基于2个材料构建群体的各种遗传设计基本上都用到。其中中国科学家张启发和黎志康。
105 Yaniv Semel, Jonathan Nissenbaum, Naama Menda, Michael
Zinder, Uri Krieger, Noa Issman, Tzili Pleban, Zachary Lippman,
Amit Gur, and Dani Zamir. From the Cover: Overdominant quantitative
trait loci for yield and fitness in tomato
PNAS 2006 103: 12981-12986
遗传学水平杂种优势研究的新思路，PNAS封面文章,值得一看,当然也有许多人有不同声音,比如张院士.同时5,6
2篇文章也从基因组学水平解决这个问题提供了新的视野.
10.2分子生物学解释
106 Swanson-Wagner RA, Jia Y, DeCook R, Borsuk LA, Nettleton
D, Schnable PS. All possible modes of gene action
are observed in a global comparison of gene expression in a maize
F1 hybrid and its inbred parents. Proc Natl Acad Sci U S A. 2006
May 2;103(18):6805-10.
芯片技术在杂种优势研究中的成功应用
107 Cis-transcriptional Variation in Maize Inbred Lines B73
and Mo17 Leads to Additive Expression Patterns in the F1 Hybrid.
Genetics, 2006; 173(4): 2199 - 2210.
做玉米研究一定要记住这2个自交系B73 and Mo17
108 Guo M, Rupe MA, Zinselmeier C, Habben J, Bowen BA, Smith
OS:Allelic variation of gene expression in maize hybrids. Plant
Cell 2004, 16:1707-1716
为等位变异提供了转录表达水平的证据,为杂种优势研究提供了另一种思路.
其实先锋公司在这方面的工作一直走在前列.
109 He G, Luo X, Tian F, Li K, Zhu Z, Su W, Qian X, Fu Y, Wang
X, Sun C, Yang J.
Haplotype variation in structure and expression
of a gene cluster associated with a quantitative trait locus for
improved yield in rice. Genome Res. 2006 May;16(5):618-26
中国农大孙传清和复旦大学杨金水的联袂表演,好象让我们看到了解决这个问题的曙光,尽管很弱.
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11.分子进化(主要是玉米进化)
玉米的分子进化研究可以说是Doelbley
J一个人的表演，其系统性，前瞻性无不让我佩服的五体投地。详细的参考我上一篇文章（从John
Doebley的研究历程谈如何读参考文献）这里就不多做解释.
110 Doebley JF, Gaut BS, Smith BD. The
molecular genetics of crop domestication. Cell. 2006 Dec
29;127(7):1309-21
这是这方面最新和最经典的综述
111 Piperno DR, Flannery KV. The earliest archaeological maize
(Zea mays L.) from highland Mexico: new
accelerator mass spectrometry dates and their implications. Proc
Natl Acad Sci USA, 2001, 98: 2101-2103
玉米进化考古证据
112 Doebley J, Stec A, Hubbard L. The evolution of apical
dominance in maize. Nature, 1997, 386: 485-488
113 Vollbrecht E, Springer PS, Goh L, et al. Architecture of floral
branch systems in maize and related grasses. Nature, 2005,
436:1119-1126
114 Wang R L, Stec A, Hey J, Lukens L, Doebley J. The limits of
selection during maize domestication. Nature, 1999, 398:
236-239
115 Esteban B, George C, Erik V, et al. Ramosa2 encodes a lateral
organ boundary domain protein that determines the fate of stem
cells in branch meristems of maize. Plant Cell, 2006,
18:574-585
116 Gallavotti A, Zhao Q, Kyozuka J, et al. The role of barren
stalk1 in the architecture of maize. Nature, 2004,
432:630-635
一系列有进化相关基因或QTL被克隆，进化的方式也是越来越清晰，当然这个清单显然不完整。
117 Yamasaki M, Tenaillon MI, Vroh Bi I, Schroeder S,
Sanchez-Villeda H, Doebley JF, Gaut BS, McMullen MD: A large scale
screen for artificial selection in maize identifies candidate
agronomic loci for domestication and crop improvement. Plant Cell
2005, 17:2859-2872
118 Wright SI, Bi IV, Schroeder SG, Yamasaki M, Doebley JF,
McMullen MD, Gaut BS: The effects of artificial selection on the
maize genome. Science 2005, 308:1310-1314
基因组水平的研究，让进化上升到一个新的高度，上2篇文章是最新的进展。而玉米进化一共大约有1200个基因受到选择就出自下一篇文章。
12.基于连锁不平衡的关联分析
我预测5年内中国也会在植物学领域开始热炒这个领域,
尽管目前我也做这个领域但知道的东西还很少.
尽管目前这个领域有很多人质疑,也确实有许多不成熟的地方,但必须承认其发展之势不可以阻挡.植物领域的领军人物当然是Buckler.
118 Yu J, Buckler ES. Genetic association mapping and genome
organization of maize.Curr Opin Biotechnol. 2006
Apr;17(2):155-60
简单清晰的综述文章,如果要做这个领域,当然是必读的.
119 杨小红，严建兵，郑艳萍，等。植物数量性状关联分析研究进展.
作物学报. 2006(on line first)
扫盲和入门文章,尽管还有不足之处,但也是迄今能找到这个领域的唯一中文综述.
12.1实证研究
120 Remington DL, Thornsberry JM,Matsuoka Y,Wilson LM,Whitt
SR,Doebley J, Kresovich S, 121Goodman MM, Buckler ES: Structure of
linkage disequilibrium and phenotypic associations in the maize
genome. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98:11479-11484.
早期的探讨
122 Thornsberry JM, Goodman MM, Doebley J, Kresovich S,
Nielsen D, Buckler ES IV: Dwarf8 polymorphisms associate with
variation in flowering time. Nat Genet 2001, 28:286-289.
看山之作,尽管后来不断有文章出来修订和赶紧,但动摇不了其地位.
123 Palaisa KA, Morgante M, Williams M, Rafalski A:
Contrasting effects of selection on sequence diversity and linkage
disequilibrium at two phytoene synthase loci. Plant Cell
2003,15:1795-1806
124 Wilson LM, Whitt SR, Ibanez-Carranza AM, Goodman MM, Rocheford
TR, Buckler ES: Dissection of maize kernel composition and starch
production by candidate gene association. Plant Cell 2004,
16:2719-2733.
几个实证研究, 都是相当的不错,当然这个清单可以很长.
12.2方法学研究
125 Yu J, Pressoir G, Briggs WH, Bi IV, Yamasaki M, Doebley
JF,McMullen MD, Gaut BS, Holland JB, Nielsen D et al.: A unified
mixed-model method for association mapping accounting for multiple
levels of relatedness. Nat Genet 2005, 38: 203–208.
方法学的奠基之作,关键有界面友好的分析软件问世.
126 Price AL, Patterson NJ, Plenge RM, Weinblatt ME, Shadick
NA, et al. Principal components analysis corrects for
stratification in genome-wide association studies. Nat Genet.
2006;38:904–909
当然也会有人推荐这种方法,而不承认上面的论断.
127 Patterson N, Price AL, Reich D. Population Structure and
Eigenanalysis. PLoS Genet. 2006 Dec 22;2(12):e190
群体结构的分析方法讨论,如果从事该研究必须读.
128 Aranzana MJ, Kim S, Lister C, Shindo C, Tang C, Toomajian C,
Zheng H, Dean C, Marjoram P, Nordborg M. An Arabidopsis Example of
Association Mapping in Structured Samples.Zhao K. PLoS Genet. 2007
Jan 19;3(1):e4
哪种方法更好,呵呵这是深入的比较和分析,值得读这篇文章.
13.基因组研究中的一些新技术运用
新技术总是不断涌现,呵呵,我也不是一个擅长的追跑者.但要明确的是技术是工具,要我所用,而不能为他所累.所以就不做详细介绍了.自己看吧
13.1DNA芯片技术
129 Rensink WA, Buell CR. Microarray expression profiling
resources for plant genomics. Trends Plant Sci. 2005, 10(12):
603-609
130 Ma J, Morrow DJ, Fernandes J, et al. Comparative profiling of
the sense and antisense transcriptome of maize lines. Genome Biol,
2006 , 13: 7(3): R22
131 Jiang K, Zhang S, Lee S, et al. Transcription profile analyses
identify genes and pathways central to root cap functions in maize.
Plant Mol Bio, 2006, 60(3): 343-363
这仅是在玉米中的应用,该领域的文章和综述可以用多如牛毛来形容.
13.2 DNA shuffling
呵呵,
某年考博士的题目,这里提供最早的文献,然后大家如果有兴趣,就可以用google从牛毛去了解牛喜欢吃什么草.
132 Stemmer WP. Rapid evolution of a protein in vitro by DNA
shuffling.
Nature. 1994 Aug 4;370(6488):389-91
13.3Gene Trap
这个领域的文章多如牛毛,随便挑了一篇.
133 Springer PS. Gene traps: tools for plant development and
genomics.Springer PS. Plant Cell. 2000 Jul;12(7):1007-20.
13.4 Gene therapy in plants
本来我很看好的,但好象发展并不快,先锋公司最早的参与者之一.
134 Hohn B, Puchta H.Gene therapy in plants. Proc. Natl. Acad.
Sci. USA,8321–8323, 1999
135 Yoon K, Cole-Strauss A, Kmiec EB. Proc Natl Acad Sci U S A 1996
Mar 5;93(5):2071-6
136 Zhu T, Peterson DJ, Tagliani L, St Clair G, Baszczynski CL,
Bowen B. Proc Natl Acad Sci U S A 1999 Jul 20;96(15):8768-73
137 Beetham PR, Kipp P.B, Sawycky XL, Arntzen CJ, May GD. Proc Natl
Acad Sci U S A 1999.96(15):8774-8
13.5 TILLING 技术
不依赖转基因的检测点突变的方法,反向遗传学研究中的新贵,
有相当的应用潜力
138 An G, Jeong DH, Jung KH et al. Reverse genetic approaches
for functional genomics of rice. Plant Mol Biol. 2005
Sep;59(1):111-123
关于反向遗传学研究的综述
139 Gilchrist, E. J., and Haughn, G. W. (2005). TILLING without a
plough: a new method with applications for reverse genetics. Curr.
Opin. Plant Biol. 8, 1–5
140 Till, B. J., Reynolds, S. H., Weil, C., Springer, N., Burtner,
C., Young, K., Bowers, E., Codomo, C. A., Enns, L. C., Odden, A.
R., Greene, E. A., Comai, L., and Henikoff, S. (2004). Discovery of
induced point mutations in maize by TILLING. BMC Plant Biol. 4,
12
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星期一, 01月 29th, 2007
中国青少年研究中心近日完成的《报告》显示，在十八年时间里，中国大学学费涨了约25倍，子女教育费用超过了养老和住房，在居民总消费中排在了第一位。必须正视的是，当今中国政府对教育经费投入的不足和学费的狂涨使得成千上万的穷孩子拒于高校大门之外，以往读大学能够光宗耀祖的荣耀，无奈何今日成了众多穷父母的“毒药”。
《亚洲时报》报道，《“十五”期间中国青年发展状况及“十一五”期间中国青年发展趋势研究报告》的调查显示，目前，中国大学学费一般在五千元人民币到一万元不等，比起1989年，增加了25倍以上，而同期，城镇居民人均年收入只增长了4倍，扣除价格因素实际增长2.3倍，大学学费的涨幅几乎10倍于居民收入的增长，增长速度远远快于国家的财政投入增长速度。来自中国人民银行关于“储蓄目的”的调查还说，目前“攒教育费”已经成为不少城镇居民储蓄的首要目的。
而在过去，中国的高等教育从新中国成立一直到1988年数十年间都是“免费午餐”，当时大学生是国家官员，就业叫“分配”，多少寒门弟子因此无忧地读完大学，知识改变命运。读大学要交学费是1996年的事，一下子就是每年2000多元，随后几年一直看涨，1999年高校扩招，有些地方涨到了每学年4000多元。就中国统计年鉴的数据显示，光是1998年到2002年间，中国高校学杂费增长就多达5.34倍。
与其对比的是，
在2000年，中国公共教育经费占GDP的比例不仅没有达到中央国务院4%的既定目标，反而低于1986年和1990年的水平。自2001年起，政府将目标的实现推延到2005年，但2002年以来，国家财政性教育经费所占GDP比例分别是3.41%、3.28%、2.79%、2.82%，始终没有根本性的突破。就教育部、国家统计局和财政部早前公布的2005年全国教育经费统计表明，有1/3的省份预算内教育拨款增幅低于财政经常性收入增幅，没有达到《教育法》的要求。其中差距最大的一个省，在财政经常性收入增长81.0％的同时，预算内教育拨款增幅只有23.9%。现时，中国公共教育经费在全民投入位居世界一百位次之后，而目前世界平均水平约为7%左右，其中发达国家达到了9%左右，经济欠发达的国家也达到了4．1%。
有分析认为，从高等教育来看，近些年中国财政性教育经费的增长速度远远低于高等教育规模的扩张速度，由于在校生规模增加得更快，包括收取的学费等在内，生均经费一直呈下降趋势。目前，中国政府投入在国际上处于低水平，而学费则已经处于高水平。中国青年报社会调查中心与腾讯网近日联合开展的一项有18523人参与的调查显示，86.1%的人均认为大学学费“太高了”，学费标准不宜再提高了。因此增加高等教育财政性经费投入应当成为当前增加高等教育投入的主要途径。应尽快落实中央国务院早就确定的国家财政性教育经费投入占GDP4%的目标，以解决长期形成的严重教育缺欠，所造成教育不公、家庭负担过重等诸多社会问题。
有数据显示，现时在全国，贫困大学生就约有270万人，特别困难也达120多万人，分别占在校生总数的约两成和一成。而在广东，高校近几年贫困生人数也逐年增多，高校贫困生占总学生数的13%到16%，特困生5%，有近10万高校学子处于贫困阶段。
然而，在广东高校层次的不同，学费还是不一样的。据中国媒体报道，重点高校的学费基本统一，普通文科专业是4560元，普通理科、外语专业是5160元，软件学院软件工程(本科)专业就高一些，一学年8000元，艺术专业最高，学费每年1万。而其它非重点高校，非艺术类专业学费基本上是在4000到6000元这样的范围内。
民办高校的学费就更贵一些。好的民办本科一般都是在15000元以上，专科也需12000左右，差一些的就自己把学费定得低一点。最贵的要数本科二级院校了，有些学费近两万，四年下来光学费就需8万元左右。
据《南方日报》早前在中大、暨大、广外和深大、广大等十余所的大学本科生中进行了一次小型问卷调查，收回有效问卷50份。试卷将大学生四年开支大体分成三类：学费与住宿费、日常生活消费、一次性大对象购买费(包括计算机、手机、电子辞典、MP3、CD机等)。
调查结果显示，大学生四年花费从3万元到8万元高低不等，近七成大学生四年花费水平在5.5万元以上。其中，在日常生活消费一项中，大多数学生每月开支(包括吃、穿、用、行等)在600元上下，低者200到300元，高者则在3000元以上，因人而异；而在第三项一次性大对象购买费中，突破1万元者为数不少。许多学生表示，在现今的大学校园里，计算机等电子产品是必不可少的学习工具，没有手机是很不方便的，必须要有。
四年五万多的教育费，对于城市一些家庭来说或许不是甚么沉重负担，尤其在这个飞快制造富豪、中产阶层的时代，从不少大学生入读时的“行头”就可看出，虽然其中也有不少是父母省吃俭用的结果，但是，对于占中国近八成的农村家庭以及城镇居民中的低收入家庭来说，这几万元却是个相当骇人听闻的“天文数字”。
教育部科学技术委员会管理科学部与广州暨南大学曾共同举办过“高校可持续发展管理论坛”，在这个论坛上关于高校的收费问题引起专家们的高度关注。南昌大学甘筱青等教授在会上指出，2004年中国城镇居民年平均纯收入和农民年平均纯收入分别为9422元和2936元，如果按照每名贫困大学生每年平均支出7000元计算(除去学费和住宿费，每月只有一两百元的生活费)，一个人本科四年最少要花费2.8万元，就是这样一个最下线的数字，相当于贫困县一个农民35年的纯收入，这还没有考虑吃饭、穿衣、医疗、养老等费用。
《南方日报》的评论指，在高等教育成本分担时代，家庭已经成为我们高等教育成本的主要分担者。对于贫困的中国父母来说，收到大学录取通知书竟然成了一件“可怕的事情”。教育与医疗、住房一道，成了最昂贵的三大消费。其实，爸爸妈妈口袋中的钱到底够不够自己大学四年的花费，孩子心里最清楚。在2005年广东的高考录取过程中就出现了“怪事”——宁上专科也不读本科。一万多上了本科线的孩子在有学位的前提下最终没读本科。而据闻，这个群体绝大多数来自东西两翼、粤北山区。
为甚么要做此选择？除了有些本科院校的专业老化而一些新兴专科院校的专业热门等原因外，其中还有一个非常重要的原因，那就是钱！本科中的二级院校即民众讲的高价院校四年数万元的学费只能让这些贫困家庭望而生畏，他们宁愿选择四年学费一万多元就可“搞掂”的公办专科院校。这就是穷孩子在高等教育成本分担时代的辛酸选择。
面对中国教育经费投入的不足，政府很难有特别合理的解释。网上很多言论都认为，在过去，中国的经济不发达、财力不足还情有可原。然而，现时国内教育投入上的短缺，恰恰是在中国GDP总量快速扩张、税收和财政收入高速增长的情况下发生的。数据显示，在各学级中，国家对大学的投入增加最快，但是由于学生数量的增速大大高于国家投入的增速，因此生均国家投入和社会投入已经连续几年削减。1999年生均国家投入登上9743元的最高峰，随后3年便逐次减为9324元、8268元、7622元，平均每年削减7．9%。而事实是，在国家投入最多的年份，人均教育经费也不到350元。
教育经费投入的不足和学费的狂涨让城乡居民颇感压力，更让低收入人群不堪重负。正如《报告》执笔人之一的方奕所说，“教育作为社会调解器的作用被严重削弱，对于底层居民来说，读书是改变青年人身份和命运的快捷方式，但由于走这条快捷方式成本太高，致使大量青少年中途退出。”2005年，前教育部副部长张保庆就曾在很多场合不止一次说过，现在的大学学费已经超过了民众的经济承受能力。最令人印象深刻的说话是，“我和我夫人两个人的工资加在一起，也只供得起一个孩子上大学。”
无疑，连副部长这样级别的官员，单靠一个人的工资实际上也供不起一个孩子上大学，更何况收入有限的普通民众呢？
在承认在中国经济飞速增长的今天，同时也给不少的人创造了大量的财富晋升中产阶级。但不能忽视的是，在同个国度里仍有近八成的农村家庭以及城镇居民中的低收入家庭。每年接近1万大元或多于万元的学费和生活杂费对于他们，不仅是有点高，而是“太高”、高得离谱。面对高昂学费现实，虽然教育部门能直面承认“大有问题”固然可喜，但更重要的还是，应尽快采取切实措施，兑现国家教育承诺，彻底扭转国家投入过低、民众负担沉重的畸形局面。因为只有国家教育投入责任真正落实，大学教育才不会是绝大多数人所说的奢侈品，普通民众家庭的孩子也能尊严、体面地分上一杯羹。
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星期六, 01月 27th, 2007
本文已经被新语丝转载,最近这个问题新语丝好象讨论热闹起来了,大家有兴趣去看看,兼听则明.
杨曾宪先生在新语丝连载的宏文毫无疑问指出了目前高等教育存在的种种问题，为我们理解和思考这个问题提供了很好的借鉴。其核心一句话概括就是“高等教育不该大跃进”。正和先生/女士对此反问了一个很好的问题：如果高等教育大跃进属实那为什么没有导致高等教育价格的降低？这似乎不符合一般的经济学规律。正和认为，是因为对体制内文凭的崇拜导致畸高的高等教育需求。但我并不认为如正和所认为的这些体制内的福利待遇消失了，高等教育的需求就会随之而降。
根据我个人的浅薄理解，进不进大学确是人生的一个分水岭（读高中和初中或者读大学和研究生其分水岭没有这样明显）。从小的地方讲：读大学是自我提升的必经之路，与未上大学同龄人比生活质量会明显提高（平均而言，不是指个体，下同）；从大的方面讲：可以创造的更多的价值，促进社会的发展。所以我不认同，正和所认为的畸高的说法。即使100%也不是畸高。而即便如正和所认为的实现了全民的社会保障体系，也并不意味着就可以降低高等教育的入学率，或者说适龄青年和千万家庭对高等教育的需求就会降低。但我承认现在不公平的社会保障体系是需要改进，但显然现阶段国家还无法实现全民享有社会保障的宏伟目标。
同样，这也说明我并认同扬先生所认为的高等教育大跃进是一件多么可怕的事情，尽管我承认目前存在许多问题，包括杨先生提出的一系列问题。但我同时也认为杨先生提的一些问题也有值得商榷的地方,比如教育质量下降，我想反问一下，假设现在大学每年培养了400万大学生，扩招前只培养了100万，是不是把这400万里最好的100万拿出来质量还不如之前的扩招前的100万？我想没有人敢回答是。如果这样的话我们多培养了300万大学生，（尽管可能水平差一点，但可以肯定比未读大学的好）又有什么不好呢？另一个关键问题是，目前大学扩招所导致的就业难。其实是一个伪问题，正和已经谈到，是不是这些人不读大学就不需要就业了？答案显然也是否定的。现在的就业难是整个社会发展中存在的问题，并不是扩招所导致。
现在的问题是，读大学付出了如此高昂的成本，我想鲜有家庭认为供一个或者多个大学生是轻松的，只不过代价有大小，或降低生活质量，或花光积蓄，或抵押贷款；而卖血，卖身等来送子或弟妹读书的感人或者说悲惨事迹也常见诸报端。但目前情况是，许多大学毕业生，尤其是来自贫困地方的大学生（相对而言其掌握的社会资源更少，在就业竞争中更不具有优势）在投入了如此高昂的成本后竟然在可以看到的时间内收不回成本，或者说投资收益太低。我想这不是我们建设和谐社会所愿意接受的现实。但我仍然认为这只是暂时的问题，从长远来看，这些毕业生都应该能收回投资，而且获得更高的回报率。
如何解决目前转型中存在的种种问题，杨先生开出了许多药方，但我认为他忘记了一个关键的问题，为什么要收取学生的高额学费？是因为学校手中的钱不够，为什么学校钱不够，是因为我们国家的投入太少了。尽管我们有超过1万亿的外汇储备，尽管国际平均在教育上的投入达到了GDP的4.9%，发达国家更高。尽管我们早在1993年就制定了《中国教育改革和发展纲要》，提出到2000年财政性教育支出应达到GDP的4%，但2004年我们的数字是2.79%，在全球128个国家和地区中排名104。而去年的高等教育投入与上一年相比，还相对有所降低。
所以，目前高等教育改革的核心是国家应该大幅度加大教育投入，至少要达到承诺的4%。在这个大前提下，其它发展中问题都有办法解决。
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星期四, 01月 25th, 2007
这是Ju Chuanli的可爱宝宝,热烈祝贺之!
这是QinFeng
同学的宝宝,呵呵,都走路了才给我们透露消息!热烈祝贺之!
都是李老师的得意弟子,呵呵!
奇怪的是,我目前认识的升级朋友中下一代都是女性,尽管为缩减中国人口严重的男女失衡问题做出了杰出贡献(但估计都不是中国籍:)),但还是希望下一个汇报消息的朋友能给个意外!:)
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星期三, 01月 24th, 2007
相信这篇真实感受(转自MITBBS)能给正在痛苦和艰难亦或快乐攻读学位的你一点点启迪!
让我们铭记一个真理,天上真的不会掉馅饼,或者林妹妹,除了热烈的,充满激情和策略的去追逐,梦想才会一点点变成现实.
发信人: caopeng2007 (labworms), 信区: Biology
标 题: My Ph.D. life in China
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 22 13:09:04 2007)
1999年的春天，北京大学生命科学学院给了我一个保送到生物物理研究所的机会，
于是我幸运的成为了王老师的学生。2000年的春天，还是大四学生的我怀着对科学的憧
憬和虔诚，还有一丝迷惑来到王老师的实验室做本科毕业论文。那个时候的我，对科学
研究还不甚了解，常常提一些现在看来有点“傻气”的问题。比如，从大一大二开始，
就一直有一个念头始终困扰我，就是我认为学生物出身的人在生命科学研究领域不一定
能够做出大的成就，相反那些学物理和数学出身的人却更可能有所成就。有一天我终于
把这个困扰告诉了导师，王老师听了之后，语重心长的指出我考虑问题思路有偏颇，他
告诉我，一个有成就的科研工作者，其成功的要素绝不是出身背景，而是正确的科研态
度，“简单概括就是四个字：谦虚，踏实。不管什么背景的科学工作者，只要有谦虚做
人、踏实求知的科研态度，必然会有所建树”。有一段时间我觉得分子生物学研究非常
活跃，于是问王老师，为什么我们实验室不把研究领域也拓宽到视觉信息加工的分子机
制上去？王老师微笑着说：“作科研不是赶时髦，不能别人做什么，自己就一窝蜂跟着
去做，做科研要做出自己的特色，成功的标志并不在于你的研究是不是最时髦的，而是
是否有真正的突破和进展。”
在我做毕业论文那段时间，王老师经常和我谈心，我们面对面坐着，气氛友好又和
谐，这情景使我至今难忘。王老师说，作为一个刚刚踏入实验室的新生，最重要的任务
是尽快从师兄师姐那里学会实验技术来开展自己的工作。为了告诉我这个刚进入实验室
工作的本科生努力工作有多么重要，王老师举了一个让我印象深刻的毕业师兄的例子，
已经博士毕业的肖师兄在短短三年攻博期间，发表了三篇第一作者的文章。肖师兄在硕
士期间学的是电气工程，之所以能迅速转变专业，并在相对陌生的视觉电生理领域产出
颇丰的一个重要原因，就是他全身心的投入和超出别人许多的付出。最常见和突出的例
子就是每年“五一”节和国庆节长假期间，大家都出去走亲访友或者旅游，而肖师兄却
坐在实验台前寻找着细胞，双休日更是如此。王老师说肖师兄可能是当时全研究所最努
力的学生了。王老师对这些看似小事的谆谆教诲，渐渐拨开了我心头的疑惑，让我清楚
明白地知道了自己的科研之路该怎么走，同时也逐渐坚定了自己对科研的信仰。在生物
物理研究所的五年时间里该做些什么、该怎么做…….逐渐的，我对自己的学习生活有
了规划。
2001年秋天，当我结束了研究生院的学习回到了阔别一年的实验室时，王老师交给
我的第一件任务不是立即开始着手做实验，而是让我整理组内的文献。这个工作说来简
单却也繁琐，组里的文献有三千多篇，杂乱无章的堆在几个铁皮柜子里，我的任务是把
它们编号，总结每篇文献的关键词，分门别类的放入文献柜，然后再将众多的文件的相
关信息输入计算机，建立组内文献数据库，以便于本组学生查阅。整理这些文献花了我
将近整整2个月的时间，但我也从这些文献里学到了很多东西，因为这三千多篇文献涉
及到我们组的研究领域和相关领域的很多问题和知识，而要把这些文献的关键词总结出
来，就需要阅读它们的摘要甚至全文。通过大量的文献阅读，我了解了本研究领域的很
多基本知识和热点问题，渐渐地，我发现阅读文献其实并不累，也就从那是起，阅读文
献成了我的一种嗜好，一种享受。通过好友的介绍，我还在这期间还学会了如何使用
EndNote，Reference Manager这些重要的文献查询和管理软件。我现在的感受是：阅读
的文献越多，见识就越广，思路也就越开阔。
遵循着王老师的教导，我努力学习实验技术，为自己的实验工作打基础。在这方面
我的体会是：要尽量全面地掌握本领域相关的实验技术。刚刚进实验室时，我接触到了
胞外电生理记录、脑内药物微压注射技术、微量离子电泳技术、电刺激技术，这些实验
技术的掌握并不是很容易，我在积极探索学习每种实验技术时都有很多心得体会。实际
上，更令我兴奋的是对一些实验技术的探索和革新。做过电生理的人都知道，微量离子
电泳实验是比较困难的，如果记录的细胞胞体很小，那实验就难上加难了。记得有一个
实验，需要用到微量离子电泳技术，然而由于被记录细胞的胞体很小，我们花了一个月
的时间，都没有能够记录到一个细胞。这样的打击实在是太大了。尽管王老师和我们多
次坐在一起商量，想过很多种解决办法，最终都未能奏效。我们最后在分析记录不到细
胞的原因时，想到了药物泄漏到记录管中的可能性。泄漏会改变记录电极的阻抗，最终
可能导致无法记录细胞。在这个想法下，我推想如果我们采用一种阻抗不受药物泄漏影
响的记录电极，问题也许就可以解决。于是，我开始制作钨丝电极，并且想办法把钨丝
电极和装有药物的玻璃管用慢性胶粘着在一起，制成组合式电泳电极。这种电极制作的
难度在于要把钨丝电极的尖端和玻璃管的尖端在显微镜下对在一起，二者间距不能超过
10微米。没有别的办法，我们只能不断尝试。第一次没有成功，两个尖端还没有完全对
在一起，胶就已经干了。第二次还是没有成功。吸取前两次的经验教训，我们终于在第
三次成功的做出了这种组合式电极。把电极插入动物的脑中，果然不出所料，我们记录
到了非常漂亮的细胞放电，微量离子电泳也非常成功。当时我和杨师妹兴高采烈，互相
握手祝贺。那一刻真是令人难忘啊！
与同学们经常讨论问题也常常让自己大有收获。我印象最深的一次是和张川同学的
讨论。那天张川和我讨论鸽子为什么能够远距离导航，有一些研究表明鸽子可以感受到
地磁场的变化，于是我们去网上查找资料，想搞清楚为什么鸽子可以感受地磁场，结果
找到了一些文章报道，鸽子的内耳中有个叫耳石器官（otolith organ）的小东西，其
中含有铁磁性物质，可能可以感受地磁场。然后我们又问，耳石器官究竟是什么呢，于
是我们接着又去查耳石器官相关的文献。最后才搞清楚，原来耳石器官是动物前庭系统
的一部分，它位于内耳中，专门检测动物自身运动加速度。也许是视觉研究者的本能，
接着，我们又问，既然前庭系统可以检测动物自身运动的加速度，难道视觉系统不能检
测加速度吗？而在我们问这个问题的时候，整个神经科学领域还没有任何研究来回答这
个问题。于是我们就找到了一个研究的好课题：加速度在视觉系统中如何编码。
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星期二, 01月 23rd, 2007
过去一年香港公车上一次疏松平常的争吵，通过手机拍摄其图象和话语成为网络最热门的传播话题。主人公阿叔一下成了网络名人，而”你有压力，我有压力，你干嘛挑衅我啊？”更是成了路人皆知的问候语。这一事件能如此引起人们的共鸣，凸显了现代都市人生存所面临的压力，而这次网络事件无疑给大家提供了一条释放的渠道。
的确，不管你来自城市还是农村，不管你是身缠万贯的高官达贵还是口袋空空的普通打工者，不管你是成熟睿智的老者，还是乳臭未干的年轻人，不管你是人见人爱的帅哥或美女还是相貌平平的恐龙或青蛙在现实生活中都不免面对烦恼和压力，俗语言：人无近虑必有远忧！
其实在动物界也一样，身材短小，力量单薄的白嘴乌鸦常常群居以抵御外敌的入侵，因为无数双眼睛总是比一双眼睛更容易发现食物和敌人；但与此同时，在有限的食物面前总有些人想不劳而获，或者看见好木头都想拉回自己家盖自己的房子，因此即便你再有好心情，屡次遇到这样的同类也不免生气。同时，白嘴乌鸦在弱肉强食的社会从来处于劣势，常常成百上千只蜷缩在一棵大树梢，出门就是同类，日久天长不免闹点别扭，比如第三者插足或者审美疲劳什么的；就如同生活在贫民窟的穷人，隔着窗户就能看见人家卧室。在这样的环境下，说能过得很舒坦肯定是骗人。所以在白嘴乌鸦的世界里，争吵和战争也经常此起彼伏。或许这不是什么希奇的事情，令人吃惊的是：当战争一方回到自己家里，自己的配偶就会主动与其接吻，以安抚其受伤的心，同时一起分享食物。而事实上也是，争吵或打斗的一方在这种安抚下也常常能很快趋于平静，而坦然迎接新的一天或者新的战争。
在严格一夫一妻制的白嘴乌鸦中，这种复杂社会学现象的发现，让我们自诩高明的灵长类也难免自愧。尽管我们处于进化的最高端，但我们是不是也应该回过头来看看向我们低等一万倍还不止的鸟类学学，比如家里的那口做生意赔了钱，干的活比人多挣的钱比人少，等等，或着其他什么打击，回家如果不是抱怨而是温暖的热吻和热好的饭菜，我想社会会比我们期待的和谐许多。：）
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星期日, 01月 21st, 2007
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作为曾经也站在大学讲台的老师，我内心对作弊也是深恶痛绝，不过，话说回来，有几个读大学没有作弊的经历或者企图？因为对那些基本上背背就能过关的课程，有几个学生真心实意认为它有用？所以我认为那些靠携带小纸条或者书本就能轻易过关的考试根本上就可以废除。我大学和研究生大约上了60门左右的课程，记忆深刻的考试有那么几次。一是大学低年级我研究生老板给我们开的生物技术概论，当我们津津有味听着地上长土豆，枝上结辣椒的奇思秒想时，我们更多的觉得这样的课程是乐趣而不是负担，记得开卷考试就几道大题，第一道竟然就与报纸上炒了还不到2个月的克隆羊有关。这才发现抱进考场的几大本教科书和资料根本派不上用场，当我从支离了解的信息里洋洋洒洒的写上近10条理解和看法时还很是忐忑，看到后来超过90分的得分，我知道平常的积累帮了我大忙。还有一门分子生物学和作物遗传改良，老师分领域给了几十篇经典文献的目录，每堂课前你只至少要读一篇文章，并提交能让老师读懂的理解，或摘要或评论，或中文或英文。最后成绩是每次提交作业的总和，这门没有考试但极具挑战的课程，我是从当初选课到最后坚持下来的为数不多的几个学生之一，而正是这门课最终把我领进科学研究的大门。也正是这位给我3分又用橡皮插去然后写上2.5，治学严谨的老师让我学会了如何读文献，明白了什么是这个领域最重要的进展，什么是将来的方向。
而同时，也有些课程让我痛苦万分，一个老师拿着自然辩证法的课本，反复给我们念什么是“墒”，什么是“混沌”，然后考试考我们什么是“墒”，什么是“混沌”。我当时没有办法记住，现在更一无所知；我相信当时记住的，现在肯定不记得；现在即使记得我也不认为会给他带来多大好处。但问题是如果没有达到70分，你就无法获得保送研究生的资格。或许有人作弊通过，而相当一部分和我一样惨烈的被放倒。如果不是当时的副院长极力游说迫使学校修改了相关条例，包括我在内的数个同学将被挡在保送研究生门外。我不是说强大的诱惑是作弊的理由，但如果我们大学老师更好的改革我们的教授内容和考试方式，我想学生作弊的机会就会大大减少。
我同意“一个老教授”高屋建瓴的看法，在作弊问题上不可以把学生一棒子打死。如果我们大学的目的就是培养人才，那就应该给人才以成长的空间。我记得我曾开设一门选修课，考试是让给大家一些题目或者方向，要求选课的同学选一个自己喜欢的领域写综述或评论，唯一的要求是不要抄袭。记得当时，我和学生开玩笑说你们不要低估我读过的文章的数量，也不要低估我使用Googl和Baidu的能力。或许当时在同学眼里这样的考试好通过，我的玩笑不过是玩笑。但当他们中大约一半接到我的电子邮件，告诉他们他们的作业从哪个网址或者哪篇文章抄来的时候，我并没有象大多数老师一样判定他们不及格或者说他们是作弊。而是给他们2个选择，或者放弃这门课程，或者重新按要求提交作业。当我判定少数几个第二次抄袭的同学不及格的时候，有个别同学非常不理解和委屈与我争辩好久，当我不厌其烦的与他们解释什么是抄袭什么是引用的时候，我相信他一定会记忆深刻。但同时我也却深感悲哀，因为从争论中我发现我们的大学更多的是教授死板的知识，而没有传授做科学的基本原则，也没有告诉他们做人的道理。这不是学生的错，而是大学的错，大学老师的错。但当我后来收到这位学生理解和感谢的邮件，我知道，如果我们大学老师做的稍微好一点，我们的学生会做得好很多。
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