Archive for 03月, 2007


从第49届美国玉米遗传学大会看玉米基础研究的现状和未来

星期六, 03月 31st, 2007

   毫无疑问,玉米是美国最重要的作物和工业原料.同样也毫无疑问,在玉米的基础和应用研究方面,美国也站在世界的最前列.其历史悠久的玉米遗传学大会,是该领域最负盛名的学术盛会.记得美国实验室的老板问我是否参加该会议的时候,我说研究还没有什么结果,他说会议不错,准备个POSTER介绍一下自己的研究情况有好处;而后来当地组委会的负责人Illions大学的Torbet教授知道我来了美国后,给我发E-MAIL强烈建议我一定要参加这个会议,他在邮件里毫不夸张的强调,这是该领域迄今最好的会议,并给我CIMMYT的老板发邮件让她给我出钱.这也充分说明了该会议的水准.

   当然,不虚此言,在不到三天的学术盛宴中,我试图通过这些大小牛的言谈,报告;和浏览超过三遍,总数多达224份的POSTER来窥探目前玉米研究的进展和未来.

关键词: B73,
454, 突变体, 基因克隆, 全基因组测序,抗逆, 表观遗传学,
小RNA

    大会有4个特邀报告(50分钟),36个大会报告(20分钟).因为航班原因,错过了2个大会特邀报告.另外一个因故取消,所以实际上只听了一个,就是Iowa
State大学的Martha
James教授关于淀粉结构和功能分析的回顾和研究进展.题目特吸引人”Complex
Funtional Interactions that Determine Starch Architeture”,
而内容更吸引人,
其细致入微,无懈可击的研究,无疑是一个完美的故事,尽管还有地方事有待进一步挖掘和深入.该美女教授尽管年纪不小,但风度翩翩,极富演讲天才,声音充满磁性,复杂的生物学问题被她阐述的有声有色,是完美的报告之一.

    另外比较遗憾错过的一个大会报告,有关玉米进化研究,是除Doebely外的另一大牛Sarah
Hake所作.不过他几个学生或同事还有补充报告,以后要紧密关注.

大会报告从内容来看大体分为:

1.细胞生物和遗传学
老学科但焕发了新活力,人工染色体将是一个研究热点,但竟然没有划在这个领域.

2.转座子和表观遗传学
研究热点,尤其表观遗传学,什么都可以与这扯上.

3.生物信息学/数据库/分析工具
大会分了3个部分围绕这个主题展开讨论,许多新的算法,工具纷纷亮相,大规模的EST,CDNA,突变体库,尤其454测序结果的分析,都被涉及,明显在为明年的B73全基因组序列的阐述做准备.

4.生物和非生物抗性
尽管目前还停留在重要基因的克隆和QTL定位和克隆上,但其重要性不言而遇.目前的挑战是太复杂而缺乏整体性的认识.抗病可能更多情况下被作为模式性状.

5.发育和生理遗传学
与其他模式生物比,玉米相关研究还比较滞后,主要围绕在突变体基因的克隆和功能分析上.其中小RNA的机制研究可以预期是热点.错过的另外一个特邀报告就是关于小RNA的.

相对于大会报告,大会更重视POSTER,其质量也是一流,涉及的领域更为广泛.因此还可以加上几个关键词:

关联分析,
Illumina chip, QTL, molecular breeding

1.生化遗传学
主要是功能突变体基因的克隆和功能阐述.

2.生物信息学
主要是新工具,算法和数据库的介绍

3.细胞生物学
不熟悉,与细胞功能和代谢有关的一些机制研究

4.细胞遗传学
染色体重组机制;人工染色体,个人认为这个是比较有前景的,尽管难度还不小.尤其对基因工程的产业化,玉米又是最好的载体,因为有个可以随意摆弄的B染色体.

5.发育遗传学
这个是最大的一个部分,研究的也最为深入,涉及到发育的方方面面.

6.表观遗传学
研究时间还不长,玉米花药颜色基因Pl1是一个很好的模式性状.潜力领域之一.

7.基因组结构和共线性
其实就是比较基因组学,显然也前景不错,但需要前瞻的视野和超越凡人的高度.

8.基因组学
另外一个热门领域,这个领域其实研究的时间最长,积累的数据也最多.现在已经开始向功能基因组深入了,
尤其在B73测序完成后.而454这种新的测序技术的发展,一夜之间就可以得到数百万个数据点.
ED
Buckler已经雄心勃勃的准备用这种技术测掉25个主要玉米自交系.

9.数量遗传学和育种
这也是最热和研究时间最长的领域.从发展趋势来看,从基础方面,将会有更多的QTL被克隆和被阐明功能.从应用方面,分子育种更趋于实用和高效.
其中比较重要的就是基于各种分析模型的结果阐述和提升.
各大公司也是早就关注,而且不管是应用还是基础都比公立研究机构做的好.
和先锋公司的人聊,
他们坦言,基本上只要提出性状要求,他们就可以从数以万计的材料中根据基因型数据提供有限的几个候选材料.他们现在的育种已经非常的专业化,不同地区有不同的育种目标和策略.远超过我们的想象.

10.转座子
围绕MU, AC两大转座子系统开展许多了相关研, 包括大规模突变体获得,
检测技术发展, 基因功能分析,
基因组结构以及进化等方面的研究.

   以上这些工作绝大部分由美国实验室完成,欧洲有小部分实验室参与.中国尽管是玉米大国,但除了在QTL定位,抗逆等方面有部分工作,其他方面基本都是空白,
目前还没有一个中国本土科学家进入玉米基础研究的主流圈子或者说有一定的国际影响力.
这显然与我们玉米生产地位不相符. 努力ing.

    而QTL分析,从思路上已经从传统的基于分离群体的QTL作图,转到了关联作图,相信国内对这个概念有真正了解的还不多.
从实践上已经从单个群体的连锁分析到多个群体的联合分析.比如ED Buckler
等就基于B73开发了25个RIL群体,号称世界最大的QTL作图分析,可以定位成千个QTL,包括效应值比较小的QTL.从技术层面上,已经从传统的RFLP/SSR标记分析转为高通量的SNP分析.利用Illumina的芯片技术,可以在数天里对数以百计或者千计的材料完成数以千计的SNP基因型分析.而成本低到100美圆/材料/1500SNP,显然这个还不是最终的价格,还会继续大幅度降低.这方面的研究,我们从思路,实践,和技术手段等方面来看已经全面落伍了.

   目前中国的玉米基础研究至少落后10-20年,这是我们必须承认的客观事实.奋起直追的口号下面我认为有这么几点可以参考:

   1.
团结和吸引更多的人从事玉米研究,尤其高水平人才,并极力去争取更多的经费.
水稻的发展是很好的借鉴. 人和钱缺一缺可,同时互相制约.
有了人才可能申请更多的钱,同时有钱才可能吸引更多的人.如何解决这个悖论,需要有相当魄力的人和单位在中间摇旗呐喊,并敢于做出牺牲.

   2.
广泛合作,优势互补.尺有所短,寸有所长.
几乎所有杰出的研究都是众人合作的结果,而在竞争白热化,
信息交流都极其方便的情况下,试图靠个人英雄主义来实现追赶是不现实的.
目前的老板我认为其最大的优点是超强的交流和沟通能力,表现在:1.他和业内几乎所有知名科学家都有合作,主要体现在课题申请.我注意到他最近准备投稿的一篇文章中至少有6个不同的单位参加.而其25个群体的QTL定位工作更是多个单位协同合作的范例; 2.他在与学生讨论过程中如果不懂或者需要什么材料数据,总能推荐合适的讨教对象.

   3.有所为有所不为,突出重点.
美国作为世界老大,看问题的角度总是世界性的,做科学也一样,不仅仅是为了美国而是全人类的幸福.而中国不是,
中国更重要的是要解决现实问题.
所以在现有基础上的,数量遗传学研究和分子育种仍然是玉米基础研究的首要重点.
劳动力昂贵的美国,好象还没有几个实验室愿意把精力花在基于NIL的QTL定位和克隆上(欧洲有教多的工作),
而中国可以.这个过程不但可以解决科学问题,更能产生新的分子育种理念.
但我们目前需要新的思维和高度.
第二个可以跟踪的领域是基于基因组学的分子和功能变异研究(以后我会专门贴出为一篇大综述写的一个章节来阐述这个问题),毫无疑问,玉米是这方面的模式材料.
优于水稻和拟南芥.


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转基因作物将为中国农业发展提供根本出路(转)

星期六, 03月 31st, 2007

   作者:中国科学院院士张启发
 
   所谓转基因,是指将人工分离和修饰过的基因导入到生物体基因组中,由于导入基因的表达,引起生物体性状可遗传地修饰的一种技术。转基因技术与传统育种技术是一脉相承的,其本质都是通过获得优良基因进行遗传改良。近十几年来,转基因作物的研发和产业化发展迅猛,到2005年已有21个国家的850万农户种上了转基因作物,产生了巨大的经济、社会和环境效益。

  随着经济的发展和人口的增长,我国农业面临新的严峻挑战:主要作物的病虫危害逐年加重,大量喷施农药造成环境污染,危害人类健康;过量施肥除加重农民负担外,致使土壤退化、江河湖海富营养化;旱灾频繁,受旱面积大,除西北长期缺水、华北旱灾频繁外,旱灾在长江流域近年也频繁发生,水资源短缺的矛盾日趋突出;我国北方及沿海地区盐碱地面积很大,南方热带、亚热带普遍为酸性土壤,这些不良环境对作物的种植和产量潜力的发挥有很大的限制作用;我国主要作物产品的品质较差,难以适应人民生活水平提高的要求;近20年来各种作物产量均出现徘徊局面,新育出的品种在产量潜力上没有大的突破。
  近年来,国内外转基因研究取得了大量的新成果,包括:抗除草剂、抗虫抗病的大豆、棉花、玉米、油菜、水稻;氮、磷肥高效利用、抗逆、耐旱、耐盐碱、耐铝毒等的各种转基因作物;耐储藏保鲜番茄,蒸煮和食味品质明显改善的水稻以及富含?茁-胡萝卜素的“金米”稻等。
  我国转基因作物的研发也取得了很大的成绩。目前,我国转基因研究整体水平在发展中国家处于领先地位,一些领域已经进入国际先进行列:我国是世界上继美国之后第2个自主研制成抗虫棉的国家;转基因水稻的研制处于世界前列。转基因作物(尤其是转基因棉花)在我国的种植已经产生了巨大的社会经济效益,农药使用大幅度减少,取得了很好的环境效益。这些成果明确展示,转基因作物的培育和应用,对作物的持续增产,保障我国农业的可持续发展,推动农民的脱贫致富将起到其它技术无法替代的作用。
  近年来,转基因作物的安全性已成为公众关心的焦点。转基因的安全性包括食品安全性和环境生态安全性。“经合发展组织”1991年将“安全”的食物定义为:“如果能合理地肯定,在预期的条件下消费某食品不会有害,则该食品就被认为是安全的”。在评价转基因生物安全性时,国际上有一个广泛接受和采用的“实质等同性”(Substantial
equivalence)原则。这一原则强调,要对转基因食品进行“个案分析”,若转基因食品与市售的同类食品一样安全,则它们具有实质等同性。采用“实质等同性”原则作“个案分析”,我们不难得出结论:现已批准商品化生产的转基因生物食品,都是安全的。
  抗虫作物的应用也引起了广泛关注。最近有媒体在报道转基因水稻时问道:“虫都不吃,人还能吃?”回答是肯定的。目前已培育出的转基因抗虫作物,大都带有一个苏云金芽孢杆菌(Bt)的杀虫蛋白基因。苏云金杆菌是自然界中普遍存在的一类细菌,其中含有一大类杀虫基因,已被作为生物杀虫剂广泛应用了60多年。多年的研究已反复证实,特定的Bt基因只对某一类昆虫有特异的毒杀作用,而对其他昆虫、哺乳动物、鸟、鱼以及非目标昆虫无害。相反,转基因作物的种植大幅度地减少了农药施用,作为食品比非抗虫作物更为安全。而且,现在的技术还允许转基因在特定的组织、特定的条件下表达。例如,将来培育出的抗虫稻,可让植株仅在茎杆和叶片中、仅在受到昆虫取食时产生杀虫蛋白,在种子中不产生杀虫蛋白。
  转基因生物的安全管理从一开始就受到世界各国的重视,从事转基因研究和开发的国家各自均有比较完善的、以科学为基础的评价管理规则,这些制度的建立对转基因生物研发的健康有序发展起到了很好的作用。我国于1996年建立了转基因生物安全的相关法规及管理办法。就转基因作物而言,法规要求研发单位在申请安全性评价时提交该转基因作物详尽的分子生物学资料,并通过国家指定的具有资质的机构进行食品安全性评价;同时还要通过中间试验、环境释放、生产性试验等一系列田间实验,获得生态环境安全性的资料。全过程一般需要6~8年。全部项目通过安全委员会综合评价以后须经农业部批准商品化生产,确保转基因作物的食品和生态环境安全。
  转基因技术正在领导一场新的农业科技革命。目前我国公众对转基因技术和转基因食品还缺乏科学的了解,应该采用多种形式进行普及教育,使公众对转基因技术有一个科学的认识,让转基因技术造福人类。

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Genomic databases and tools specially for maize

星期三, 03月 28th, 2007

因一篇文章需要收集了玉米的数据库和资源,大家有兴趣可以参考!

Table 1 Database and resource list related with maize study

Name

Link

Description

Maizegdb

http://www.maizegdb.org/

Maizegdb is the community database
for biological information about the crop plant zea mays ssp. Mays.
Genetic, genomic, sequence, gene product, functional
characterization, literature reference, and person/organization
contact information are among the datatypes accessible through this
site.

MAGI

http://magi.plantgenomics.iastate.edu/

Maize assembled genomic island
reports the results of a maize genome assembly project being
conducted by the aluru, ashlock and schnable research
groups

Gramene

http://www.gramene.org/

A resource for comparative grass
genomics including: genomes, protein, maps, markers,traits,
genetics diversity, bochemical pathway, literature etc.

Maizesequence

http://www.maizesequence.org/index.html

This site provides sequence and
annotation of the zea mays ssp. Mays genome resulting from the
maize genome sequencing project.

mtmDB

http://mtm.cshl.edu/

Mtmdb is a transposon library in
maize for the purpose of targeted selection of gene
knockouts

Maize tilling

http://genome.purdue.edu/maizetilling/

Maize tilling project that collect
and distribute maize tilling mutant and seeds

NCBI Maize

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=4577

Provide all of the accessions from
zea mays including: genomics, cdna, est, gss,htg
sequences

SAM

http://sam.truman.edu/

Maize shoot apical meristem
expression database

Helitons

http://genomecluster.secs.oakland.edu/helitrons/

Catalog of discovered
helitrons

Grassius

http://www.grassius.org/

Grassius provides a collection of
databases for transcription factors (grasstfdb), promoters and
cis-regulatory elements (grasspromdb) across the grasses, including
maize, sugarcane, sorghum and rice.

Panzea

http://www.panzea.org/

Database of molecular and
functional diversity of the maize genome

MaizePLEX

http://www.plexdb.org/plex.php?database=Corn

Maizeplex is a miame-compliant and
plant ontology enhanced expression database for maize microarray
data.

TIGR Maize

http://maize.tigr.org/

Provides links to the nsf-funded
consortium for maize genomics project and includes sequence,
assembly and annotation data and links to the maize gene
index.

MaizecDNA

http://www.maizecdna.org/

Realesed 30000 FLcDNA from diverse
B73 tissues samples

ZmGDB

http://www.plantgdb.org/ZmGDB/

Provide a convenient
sequence-centered genome view for zea mays, with a narrow focus on
gene structure annotation.

PML

http://chloroplast.uoregon.edu/

A genetic resource in maize that
is tailored for studies of chloroplast biogenesis

VPhenoDBS

http://medbio.cecs.missouri.edu/VPhenoDBS/

Web-based visual phenotypic
information management system to allow simultaneously query
phenotype data by image example, sequence, ontology, genetic and
physical map information, and text annotations

Table 2 Bioinformatics tools
especially for maize genomic and functional research

Name

Link

Description

MetaQTL

http://bioinformatics.org/mqtl/

Metaqtl is a java package designed
to perform the integration of data from the field of gene mapping
experiments

BioMercator

http://cms.moulon.inra.fr/index.php?option=com_content&task=view&id=13&Itemid=43

Genetic maps and QTL
integration

CMTV

http://www.ncgr.org/cmtv/

An integrated bioinformatic tool
to construct consensus maps and compare QTL and functional genomics
data across genomes and experiments

QTL-Finder

http://gqtl.maizecenter.cn

QTL-Finder: a bioinformatics tool
for QTL integration, comparison and candidate gene discovery across
genomes and experiments

TWINSCAN

http://mblab.wustl.edu/query.html

Improved gene prediction
performance for maize and rice

GDPC

http://www.maizegenetics.net/gdpc/index.html

The genomic diversity and
phenotype connection (GDPC) simplifies access to genomic diversity
and phenotype data, thereby encouraging reuse of this data. GDPC
accomplishes this by retrieving data from one or more data sources
and by allowing researchers to analyze integrated data in a
standard format. GDPC provides access to genomic diversity data
such as SNPs, SSRs, sequences, etc. And phenotypic data that may be
collected in field, genetic, or physiological
experiments.

TASSEL

http://www.maizegenetics.net/index.php?page=bioinformatics/tassel/index.html

TASSEL is a software package to
evaluate traits associations, evolutionary patterns, and linkage
disequilibrium.

PowerMarker

http://statgen.ncsu.edu/powermarker/

PowerMarker is a comprehensive set
of statistical methods for genetic marker data analysis, designed
especially for SSR/SNP data analysis.

RepMiner

http://jestill.myweb.uga.edu/RepMiner.htm

The RepMiner package takes a graph
theory approach to the identification and assembly of transposable
elements from small DNA fragments resulting from subcloning
bacterial artificial chromosome (BAC) libraries.

TE nest

http://bak.public.iastate.edu/te_nest.html

Automated chronological annotation
and visualization of maize nested transposable elements


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玉米遗传学大会随感!

星期二, 03月 27th, 2007

   第49届玉米遗传学大会于3-22/25在靠近芝加哥的一个小城charles顺利召开.尽管因为航班误点原因,错过了22号晚上的2个大会特邀报告,但随后的会议仍然让我感受颇多.
 
1.大会重内容轻形式.没有所谓的开闭幕式,没有主席台就座的嘉宾,没有摄影记者,甚至横幅也没有一条,尽管会议已经久负盛名.这次也有将近1000人参加.
 
2.大会安排紧凑,秩序井然.演讲者很少有拖堂,会堂里很少有手机声.大会白天和晚上都有安排,直到凌晨2点才是自由活动时间.
 
3.大会非常重视交流.国内的会议往往是把大部分时间给了大会报告,而这个会议却拿出2个整下午和晚上9点-12点的时间给POSTER.而且规定了POSTER的主人必须在规定时间内站在前面与感兴趣的人讨论.大家看POSTER的认真劲与听大会报告的认真劲一样,不管是大牛还是学生都看的仔细,讨论的热烈,直到凌晨.这个感受最深.体会到老板为什么对POSTER如此重视了,打印之前几轮修改.
 
4.水平太高.不管是报告还是POSTER都体现了这一点,各大公司都派出大批人马参加,据传以前的会议,这些人都是拿着相机逐一拍摄,这次规定了需要得到允许后才可以拍摄.尽管如此一个个都是拿着笔记本逐一的记录和讨论.我的POSTER的尽管只有一些概念,没有具体的结果,但抗旱这个热的不能在热的课题,还是吸引了先锋和KWS等多家公司的人来刨根问底打探更多的细节.
 
5.中国人还是很牛,到处都是中国人的面孔,其中BIOINFORMATICS的专场,6个报告4个是中国人做的.而几乎一半以上的工作都有中国人参加.而中国本土的相关工作看来还没有进入主流.郑老师是唯一的代表.
 
6.会议吃的仍然是一般.蔬菜沙拉加鸡肉和牛肉.没有宴请,没有酒精饮料.幸好是只开2天半,否则支持不下去.:)
 
玉米相关研究的进展将另文介绍:从玉米遗传学大会看玉米基础研究的现状和未来.
 
PS:鼓励大家参加植物基因组大会(上海),这是国内植物领域水平比较高的会议.希望我们实验室的同学早作准备,踊跃提交摘要和认真准备POSTER.
 
PS:补充几个细节:
1.交流是大会的一大特色,开会的宾馆非常大,设施也非常齐全,第二天晚上结束日程后,有一个穿着夸张的乐队在大家集会喝酒的地方表演,歌曲的题目是maize
genetics,非常有趣.
 
2.大会快结束的时候,美国玉米生产者联合会的头来讲话,谈到如何解决基础研究和最终产品之间的GAP,具体策略不记得了.谈到基础研究的时候用了一个科学家的图象,仔细一看原来是穿着工作服认真量玉米的ED,堂下马上大笑起来.头马上解释,这个不代表某个人,而是在座的每一位,笑声更大了.看来ED真是一颗冉冉升起的新星啊,在美国.
 
 

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招聘信息!

星期六, 03月 24th, 2007

  在玉米遗传学大会上,碰到一位朋友(Kansasassistant
prof.)希望我为他推荐优秀的研究生.他最近拿了比较多的funding.
 
  如果有兴趣的可以联系我,要求有良好的分子生物学背景,最好了解数量遗传学,他研究对象是高粱和玉米.包括关联分析,modeling等.
 
  显然申请美国的博士研究生,需要GRE成绩!该广告在较长时间内有效!:)

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人类将分化为高人和矮人?(转)

星期一, 03月 19th, 2007

转栽此文,并不表明我支持该观点!

  据英国《太阳报》17日报道,英国伦敦经济学院进化理论学家奥利弗·库里在一份最新研究报告中对人类的未来进行了大胆预言:1000年后,人类平均身高将达到1.95米,寿命将增至120岁;但10000年后,人类的免疫力将严重退化,并变得缺乏感情;而在10万年后,人类更可能将分化为两个种族:一种是身材高大、健康聪明的基因“富人”,一种是身材矮小、肮脏愚昧的基因“穷人”。  


  

    1000年后进化抵达“黄金时代”

  奥利弗·库里是英国伦敦经济学院“达尔文研究中心”的进化理论学家,他在英国Bravo电视台的委任下撰写了一份预言人类进化的研究报告。

  库里在研究报告中预言,人类到公元3000年左右将抵达进化的“黄金时代”,届时人类将拥有同样的咖啡色肤色,种族区别将可能被淡化,不断改善的营养将使人类的身体更健康,人类的平均身高将达到1.95米,而人类的平均寿命将延长到120岁。

  库里还称,在未来的1000年中,男性和女性为了吸引异性,都将长得更加英俊美丽。男人将变得更匀称,更健美、嗓音也更深沉;而女性将拥有更平滑的皮肤、更大的眼睛、更完美的胸部,几乎每个女人都将成为“性感宝贝”。

  1万年后过分依赖科技尝苦果

  然而,人类进化的“黄金时代”不会持续太久,公元10000年后,人类由于过分依赖科技力量,将失去自我防卫和与家人朋友进行社交的能力,像爱、同情、信任和尊敬这样人类最基本的情绪都将退化丧失。

  由于人类一直在食用精加工食物,缺少咀嚼运动将使人类的下巴逐渐萎缩直至消失。由于过分依赖医学,人类的免疫系统也将恶化,失去自身抵抗疾病的能力。由于医疗技术的发达,癌症等遗传性疾病导致的死亡将被阻止,令这些致命基因将得以遗传下去,变得越来越普遍,无法从人类的基因库中“清除”。

  10万年后人类分化为两个种族

  在进化法则的影响下,大约10万年以后,人类将分化成两种不同的种族,一种是像希腊诸神一样完美的基因“富人”,一种是像妖精一样丑陋的基因“穷人”。基因“富人”处于社会的顶层,由少数拥有特权、受过高等教育、而且健康的富人进化而来,他们身材高大、体型匀称、聪明且富有创造力,仍可维持120岁的平均寿命。基因“穷人”则处于社会的底层,由那些一无所有的穷人进化而来,他们不仅身材矮小肥胖、智力低下,寿命也大大缩短。由于两个种族水火不融,社会将变得动荡不安,甚至将爆发大战。沈志珍编译


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杨支柱先生博文中的一个低级错误

星期一, 03月 19th, 2007

     最近经常浏览牛博网(一个貌似还不错的博克网站,就是速度太慢),刚看到法律方面的专家,杨支柱先生的一篇博文:““叶廷芳提案”将载入史册(http://www.bullog.cn/blogs/yangzhizhu/archives/32625.aspx)”,大意是认为当前的计划生育政策不合理。本人对这方面的知识不了解,不作评论。但作者却把性别失调的原因主要归咎于,目前农村地区制定的“头胎是男孩,不允许生第二胎,而如果是女孩则可以生第二胎的计划生育政策”却好象选错了证据。有如下一段话:

     “政府已经采取措施禁止孕检医师吐露婴儿性别,却仍然回避着导致人口性别比例失调的真正原因。不少省和自治区在农村实行第一胎是男孩则禁止生二胎、第一胎是女孩却允许生第二胎的政策,恐怕才是性别比例失调的最重要的原因。”

      看来有必要重新普及一下统计知识:如果没有人为的选择,那么理论上每对夫妇第一胎是男孩或者女孩的概率应该是50%,或者例如:100对夫妇都开始生育,那么应该有50个男孩,50个女孩,生了男孩的夫妇不再生育;而另外50对夫妇继续选择生第二胎,生男生女的概率仍然不会变化,25个男孩和25个女孩。总数应该是75个男孩和75个女孩。不理解杨教授的这是性别失调的最重要的原因从何而来。

     隐约记得方舟子对此有专门的文章?如果是,看来有必要建议方先生旧作重发,给包括教授在内的广大统计知识不过关的人民群众再普及一下。


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向高耀洁老人致敬!

星期六, 03月 17th, 2007

 
   一个80岁的裹脚老人为了少数弱者的权益,苦苦奔走了11年.面对”防火防盗防高耀洁”的强大压力,她自己坦言身不如死.当某些政府官员为了所谓稳定和政绩,不愿意承认因卖血和输血导致某些地区艾滋病横行的客观事实,不是去采取有效措施解决问题,而竟然是让说真话的人闭嘴.代表公平,代表道德底线的法院也从来没有过给因输血而无辜感染的弱者任何说话的空间,因为从来没有一例诉讼被立案.
 
   从网上看到高耀洁老人在美国接受的访谈,第一次让我如此震动.以前网络上零星的报道让我对她的印象突然立体起来.其犀利,直接,而逻辑清楚的真话让我肃然起敬,她更象一个充满着爱国热情的网络愤青,而不是一个年过8旬的老人;而她对未来”生不如死,无家可归,只是一个失败者”的悲观概括也让我黯然泪下,她更应该是一个安享晚年的老人,而不是一个饱受非议,”只是受迫害”的斗士.当她试图平静的去讲述,去回忆什么是她最难过的事情的时候,我相信她应该讲述或回忆过很多次,但仍然忍不住泪如雨下.一对因卖血而感染艾滋病的夫妇中的男人悲惨离去,妻子无法继续生存而去上吊,而年幼的同是艾滋病感染者的孩子在后面喊”妈妈,妈妈下来”;如此悲惨的事实,任何有良心的人都会流泪.
 
   尽管我现在不确定是否艾滋病的血液传播在中国是否如高耀洁老人所说的那么严重或者说是主要途径.但我以为既然政府和官员们不同意这个说法,应该是去核实她所讲的是否属实,并去告诉大众什么是事实,而不是去限制一个人讲话做事的权力.当一个人因为其贡献或者影响而获得了国际社会的尊敬,某些人竟然以为会影响稳定或者自己的位置或者其他,而其极力否认或者阻止当事人去接受这个荣誉.我不能不认为这是和谐社会的不和谐音!这是文明社会的耻辱!而当传说中的希拉里的一封信让事情戏剧般的峰回路转的时候,我们仍然不得不相信在这个人治的社会没有什么东西不可能发生!
 
   “不要讲假话,不要做假事,不要造假货”是高耀洁老人在讲学中给青年学生的忠告,我想这也是任何一个文明社会的人应该遵循的最低准则.

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关联分析中一个值得思考的问题!

星期五, 03月 16th, 2007

提供一点我的理解:
简单的说与进化有关,24位点突变发生在28位点之前或之后,与目标性状无关(该基因是与开花期有关),而28位点的突变影响性状.目前的数据来自Buckler
2001年Nature Genetics 数据,
24位点是C和G的变化,28位点是T和C的变化,而当24位点是C的时候,28位点总是T,24位点是G的时候,28位点可能是T或者C.也就是说24位点发生了一个与开花期无关的突变,并在群体中保留下来,而其中的一个群体又在28位点发生突变并影响性状.所以2个位点的突变其实只有3种单倍体型,CT,GT,GC;没有CC.有兴趣的可以画一个示意图看看.
这一现象为我们研究近代人工改良的比如品质相关性状(如油份)的关联分析提出了挑战,如何考虑SNP位点发生的时间对结果的影响,或者说如何在关联分析中同时考虑分子进化的时间是下一步要考虑的问题.相信是一个不错的课题!
 
基于连锁不平衡的关联分析将是未来植物基因组研究的热点,一度充满期待!
有个问题被严重忽略了,包括”大家”,当然也包括我们.
比如: 一个基因内仅相隔4bp的两个SNP,一个有很强的关联,一个没有?
见下图!
 
太令人惊奇了吧?什么原因?显然用DECAY 无法解释!
 
欢迎讨论,在带来挑战的同时,也带来机遇!欢迎讨论!
 
 

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cool photo for maize folks!

星期四, 03月 15th, 2007

who can provide some idea about that?
 
提供更多一点的信息:
This is a
cool “payan map” for a snp in indeterminant1 which show a distinct
cline as expected for a flowering time gene.” from John
Doebley.
 
 
 

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