关联分析中一个值得思考的问题!
| 03月 16th, 2007 | by zhongtiannongmin |
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提供一点我的理解:
简单的说与进化有关,24位点突变发生在28位点之前或之后,与目标性状无关(该基因是与开花期有关),而28位点的突变影响性状.目前的数据来自Buckler
2001年Nature Genetics 数据,
24位点是C和G的变化,28位点是T和C的变化,而当24位点是C的时候,28位点总是T,24位点是G的时候,28位点可能是T或者C.也就是说24位点发生了一个与开花期无关的突变,并在群体中保留下来,而其中的一个群体又在28位点发生突变并影响性状.所以2个位点的突变其实只有3种单倍体型,CT,GT,GC;没有CC.有兴趣的可以画一个示意图看看.
2001年Nature Genetics 数据,
24位点是C和G的变化,28位点是T和C的变化,而当24位点是C的时候,28位点总是T,24位点是G的时候,28位点可能是T或者C.也就是说24位点发生了一个与开花期无关的突变,并在群体中保留下来,而其中的一个群体又在28位点发生突变并影响性状.所以2个位点的突变其实只有3种单倍体型,CT,GT,GC;没有CC.有兴趣的可以画一个示意图看看.
这一现象为我们研究近代人工改良的比如品质相关性状(如油份)的关联分析提出了挑战,如何考虑SNP位点发生的时间对结果的影响,或者说如何在关联分析中同时考虑分子进化的时间是下一步要考虑的问题.相信是一个不错的课题!
基于连锁不平衡的关联分析将是未来植物基因组研究的热点,一度充满期待!
有个问题被严重忽略了,包括”大家”,当然也包括我们.
比如: 一个基因内仅相隔4bp的两个SNP,一个有很强的关联,一个没有?
见下图!
见下图!
太令人惊奇了吧?什么原因?显然用DECAY 无法解释!
欢迎讨论,在带来挑战的同时,也带来机遇!欢迎讨论!
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