Archive for 04月, 2007
我良心不安!——中国青年报记者自述假药调查稿子被毙(转)
星期五, 04月 27th, 2007中国青年报 周凯
本来已经睡下,但自责让我无法入睡,也许周一晚上我发这个帖子还是冲动
的话,那么我现在发这个帖子完全是因为良心不安!
我是个没有远大理想的人,当初考入复旦新闻系的研究生就是误打误撞,后
来进入本报也是稀里糊涂,也从没思考过什么新闻理想,这些年虽被大家夸为
“疯狗”、“藏獒”,但自己心里明白自己有几斤几两,无非是多挣点稿费,能
够养家糊口而已。
我是个胆小的人,从小就是如此,虽然也曾在大街上呵斥过正在偷窃的小偷,
但毕竟当时我在出租车上,而且喊完了心里还是惴惴,赶快让司机跑路,估计如
果真在大街上遇到歹徒行凶,也不会见义勇为。就是在写这篇帖子的时候,我还
在担心究竟会得罪多少人啊?以后还要不要在报社混啦?以后还要不要发稿啦?
以后还要不要评好稿啦?以后还要不要评职称啦?以后还要不要评优秀啦?是,
我是胆小鬼!
但是,我还是一个有良心的人!至少目前还是!
上个月在冰/点发了一篇《一个人的战斗》,说假药的事情,反响不小,自
然有人找上门来,山东莱阳一个读者打来电话,反映自己的母亲打了假冒的人血
白蛋白(输液),而医院态度恶劣,药监局态度暧昧,这期间国家药监局正在严
查假冒人血白蛋白,焦点访谈也做了相关调查,在向记者部汇报并被允许之后,
正在北京轮训的我于上周六(4月14日)晚上登上了前往莱阳的火车。
时间是事先计算好的,周日上午到,采访病人家属,了解整个情况,周一白
天采访医院和药监局,晚上发稿并立即离开莱阳,周二见报,不给对方公关的时
间。
直到周一晚上稿子写了一半时,事情的流程都是在我事先预计的流程进行的:
事情相当严重,整个烟台地区的很多医院在查封前都使用着假冒人血白蛋白,而
且当地媒体只是报道本市在严查,并没报道已经查到的假药情况,也就意味着绝
大多数已经使用了假冒人血白蛋白的患者到现在还不知情,而且在国家药监局通
报的已经查获假冒人血白蛋白的省市区没有山东。
但采访也比较顺利,虽然中间也有不少周折,但毕竟我把该采访的都采访到
了:病人(只是见面,病人已经神志不清)、病人家属、医院副院长、药库负责
人、两级药监局、医药公司、医药公司门市部,采访的方式各有不同,但获得了
可靠的信息,并且都有录音,而且病人的描述也都有录音、照片、输液单等为依
据,写起稿来就比较顺手,3个小时写了7000多字。
必须要提到的是,周一下午采访莱阳市药监局副局长时,对方叫来了莱阳市
委宣传部副部长,说是配合采访,采访完毕一定要请我吃饭,只好打马虎眼,说
马上要赶回济南,让他把我送到汽车站或火车站,实际上要赶回住处写稿,副部
长没有上当,说汽车已经没有,火车要到晚上11点多才有,让我吃完饭再走,还
张罗着给我买火车票,本人只好发短信给举报人,让他打个电话给我,假装是我
朋友的同学托我办事,请我吃饭,副部长依然没有上当,把我送到举报人说的一
个饭店,让我打个招呼,他就在饭店大厅等我,正在我和举报人商量如何摆脱时,
副部长打来电话,原来另一位主持工作的宣传部副部长也过来见我,最后我编了
一个理由,朋友的同学请我吃饭,然后开车送我到济南,好说歹说,才把两位副
部长请走,当然,两位副部长免不了让我关照不要破坏莱阳的形象,“你这报道
出去了,老百姓都知道吃了假药,不得到政府闹事啊?”本人一一糊弄过去。
送走两位副部长,以为一切顺利,回去写稿,当天的白班编前会和夜班编前
会都报了稿目,经济版一直在等。
没有想到的是,晚上9点半,就在我已经传了4000多字的时候,接到一个来
自北京的电话,稿子暂时不能发,原因?本报正在和莱阳谈合作,一个“百强县”
的合作。
哦!买高的!合作!
电话并没有让我停止写稿,抱着残存的一丝希望,22:42:58,一篇7032字的
稿件从山东莱阳传到了北京,再给经济部打了一个电话,那丝残存的希望也瞬间
化为乌有,已接到领导通知,此稿不发。
哦!买高的!我无话可说!
稿子不发,北京还得回,返程的火车票早已买好,周二凌晨1点的火车,还
有两个多小时就得上车,默默地收拾行李。
没想到,晚上12点不到,举报人和其表哥赶到了我的住处,说要保证我的安
全,一定要把我安全地送上火车,当然还要请我吃夜宵。
我没有告诉他刚过去的几个小时里发生了什么,只是说最主要还是治好母亲
的病,媒体也不是万能的,有时候媒体的报道还会对当事人带来负面影响,不知
道当时为什么要这么说,也许是为了给他打个预防针吧。他当然不知道我说这些
话的意思,只是一个劲地感谢我,感谢中国青年报,感谢中国青年报的记者,
“我和凤凰卫视、焦点访谈都联系过,他们都说来到现在都没来,只有你们中国
青年报说来就来了。”“你们这些记者都可以当国家主席了,只有你们才会给老
百姓说话。”
听了这些话,我只能尴尬地笑笑,心里却是乱七八糟,只想早点离开这里。
在我的坚持下,夜宵当然没吃,但在我上车前,举报人硬塞给我一袋吃的:
饮料、火腿肠、方便面,“周记者,你不拿,我就跟你去北京”,在众人面前拉
拉扯扯了几个来回,心存羞愧的我还是接过了这袋沉甸甸的东西。
回到北京,其实心中还是存有希望,毕竟一切没有说死,没有说一定不发,
想去申辩,想去争取,但似乎没有机会,今天下午接到定论:“发内参吧,和人
家有合作。”
哦,买高的!又是合作!这次是“百强县”,下次会不会是“千强乡”,也
许还有“万强村”。
对,我们要合作,我们要经营,我们要广告,我们要发行,因为我们缺钱啊!
人穷志短嘛,这句话确实有道理!
但我们还要不要“中国青年报”这块牌子呢?
中国的媒体环境不需多说,受到各种限制也情由可原,在欧美国家也没有绝
对的自由,但我们的底线在哪里?
上面的指示我们必须执行,这没问题,私下发发牢骚也就过去了,这世界上
没有绝对的公平,我们看到的不公平之事也多了,灾难也多了,我们似乎也麻木
了,这几天不就有河南的矿难、辽宁的钢厂、美国的枪杀嘛,在我们的谈论中也
许只是数字而已,是31人,还是32人,或者是33人?哦,这次是美国历史上枪杀
人数最多的,哦,那个矿难也死了不少人,怎么又是河南?怎么又是辽宁?因为
我们离死者太远,地理上遥远,关系上更遥远,他们对我们而言只是报道对象而
已。
以前做的调查报道并不多,负面的调查报道更是少之有少,也许上海这个国
际化大都市确实比较规范,当然真要出了大事又不在我们的报道范围之内,但这
次调查报道却让我很激动,虽然接触的病人只有一个,但想想还有几十、几百甚
至几千、几万个病人还在不知情中,甚至也许已经有病人因为注射了假药而离开
了这个世界,我的心不能平静,我想把真相告诉读者,告诉那些还被蒙在鼓里的
病人们。需要说明的是,这个举报人的条件在当地算不错的,虽然现在他本人、
妻子、妹妹、父母都没有工作和收入来源,只有父亲有1000多块钱的退休工资,
但毕竟他本人此前的工作和收入不错,有一些积蓄,而且有一定文化水平,会上
网,会用录音笔,会找媒体,所以他还算是幸运的,但可以想象,还有多少病人
是农村的,是不会上网的,是不会找媒体的,得了病上医院,花了好多钱,不但
没治好,还越来越糟糕,甚至有可能导致死亡,但也只能怪自己运气不好,想到
这里,我就不能平静,我就得从床上爬起来。
现在国内真真正正做调查报道的媒体并没有几家,本报也曾经以调查报道为
荣,尤其是舆论监督的调查报道为荣,也许目前还以为荣,但不知道我们今后还
能不能做调查报道?我们究竟还有多少空间?
本人去年曾经和实习生合作过一篇重大疾病保险的调查报道,一个多月,
6000多字,都已经编辑好,先后两次被公关掉,但也就算了,一则虽然关系到很
多人的利益,但毕竟还没有牵涉到人命关天的事情,二则有关部门也在改进。国
内的任何媒体都会遇到被公关的事情,没什么希奇的,过去也就过去了。虽然记
者部和编辑都在为我争取补偿,但我也没想这些事情,谁也不是为了两三百块钱
费那么大劲写这种稿子,只是觉得欠了实习生一笔债。
但这一次我无法过自己这一关,如果我没接到举报人的电话也就算了,如果
我接到举报人的电话但没去采访也就算了,如果不是人命关天的事情也就算了,
如果不是牵涉到几十、几百、几千个病人的生命和健康也就算了,但没有那么多
如果。
我不是生产假药的,我不是卖假药的,我不是那个医院的医生,我不是药监
局的,我不是宣传部的,但我依然良心不安,因为我知道了事情的真相,但我却
没法告诉别人,没法告诉那些病人,没法让那些无良的制假者、无良的售假者、
无良的医生、无良的官员受到应有的惩罚,那么我和那些无良的制假者、无良的
售假者、无良的医生、无良的官员又有什么区别?我也是他们的帮凶!我也对不
起那些病人!我也是罪人!
我不是什么救世主,也不是什么圣人,我只是个有点胆小的平凡人,我没有
能力救任何人,我没有能力改变任何人的命运。
但我是个记者,我是个中国青年报的记者,我是个曾经被人称赞的中国青年
报的记者,我更是一个良心未泯的人,我不知道为了一个也许是10万20万又或者
是100万200万的合作压下一篇说明真相的稿子,和那些先写好批评稿再去讹诈的
“记者”有什么质的区别?!
如果这件事情只是会破坏地方政府形象,只是会影响到地区稳定,又或者只
是一个政策的制定或执行有问题,会给报社带来广告、发行、经营的困难,我愿
意放弃申诉的权利,但这都不是,这是关系到人命的事情,我的脑海里始终忘不
了举报人母亲躺在病床上生不如死的画面,也忘不了那些医生冷漠的表情,还忘
不了那些官员欲盖弥彰的嘴脸,更忘不了自己在无形当中已经成了无耻的罪人!
现在的我不知道中国青年报的核心竞争力是什么,也不知道以后要不要写调
查性报道,要不要写舆论监督报道,要不要写事件性报道,要不要写用脚跑出来
的报道,我不知道,我真的不知道!
我也要还房贷,我也想给老婆买个大点的房子,可以安心的生个孩子,我也
想买辆车子,我也需要票子,这些当然都需要自己在报社的工作换来(也许很难
换来),自然,报社也需要票子,才能满足职工的需要,国家不给,只能自己赚,
所以才要广告,才要经营,才要发行,这么简单的道理,我当然懂,报社是我的
衣食父母,报社不发工资,我就还不了房贷,我就别想换大房子,我就别想买车
子,我就别想要票子,但我们的底线在哪里?
当我们从莱阳拿到10万、20万又或者100万、200万的时候,我们的手发烫吗?
我们的心发慌吗?我们的脸发烧吗?
我不知道,我不知道,我真得不知道!
我只知道举报人的母亲被医生偷偷打了好几天杜冷丁,而且已经被医生宣判
了“死缓”,我也只知道举报人已经打算母亲去世后就抬着母亲的尸体去医院静
坐,我也只知道举报人准备联络更多的受害者去上访,难道这就是当地政府希望
看到的结果吗?难道这就是我们希望看到的结果吗?
推荐一本新杂志-the plant genome
星期四, 04月 26th, 2007第三期目录;
Volume 47. Issue S2
- Distribution
of Genes, Recombination,
and Repetitive Elements in the Maize Genome
Kevin Fengler,* Stephen M. Allen, Bailin Li, and Antoni
Rafalski
第二期目录:
EDITORIALS:
- Randy C. Shoemaker
- The Realm of Genomics
Published online 1 January 2007; doi:10.2135/cropsci2007.0001tpg
Crop Sci 2007 47: S-1-S-2. [Full
Text] [PDF]
ORIGINAL RESEARCH:
- Amita Mohan, Aakash Goyal, Ravinder Singh, Harindra S.
Balyan, and Pushpendra K. Gupta - Physical Mapping of Wheat and Rye Expressed Sequence
Tag–Simple Sequence Repeats on Wheat Chromosomes
Published online 1 January 2007; doi:10.2135/cropsci2006-06-0376tpg
Crop Sci 2007 47: S-3-S-13.
[Abstract] [Full
Text]
[Figures Only] [PDF]
- Jessica A. Schlueter, Iryna F. Vasylenko-Sanders, Shweta
Deshpande, Jing Yi, Majesta Siegfried, Bruce A. Roe, Shannon D.
Schlueter, Brian E. Scheffler, and Randy C. Shoemaker - The FAD2 Gene Family of Soybean:: Insights into the
Structural and Functional Divergence of a Paleopolyploid
Genome
Published online 1 January 2007; doi:10.2135/cropsci2006.06.0382tpg
Crop Sci 2007 47: S-14-S-26.
[Abstract]
[Full Text]
[Figures Only] [PDF]
- J. Mitchell McGrath, Daniele Trebbi, Ann Fenwick, Lee
Panella, Britta Schulz, Valerie Laurent, Steve Barnes, and Seth C.
Murray - An Open-Source First-Generation Molecular Genetic Map
from a Sugarbeet x Table Beet
Cross and Its Extension to Physical Mapping
Published online 1 January 2007; doi:10.2135/cropsci2006-05-0339tpg
Crop Sci 2007 47: S-27-S-44.
[Abstract]
[Full Text]
[Figures Only] [PDF]
- Hongwu Jia, Dan Nettleton, Joan M. Peterson, Gricelda
Vazquez-Carrillo, Jean-Luc Jannink, and M. Paul Scott - Comparison of Transcript Profiles in Wild-Type and
o2 Maize Endosperm in Different Genetic
Backgrounds
Published online 1 January 2007; doi:10.2135/cropsci2006-0002tpg
Crop Sci 2007 47: S-45-S-59.
[Abstract]
[Full Text]
[Figures Only] [PDF]
ACTIVITIES &
RESOURCES:
- Clifford F. Weil and Rita-Ann Monde
- Getting the Point—Mutations in Maize
Published online 1 January 2007; doi:10.2135/cropsci2006.09.0563tpg
Crop Sci 2007 47: S-60-S-67.
[Abstract]
[Full Text]
[Figures Only] [PDF]
第一期目录:
EDITORIALS:
- Randy C. Shoemaker
- The Plant Genome
Published online 1 November 2006; doi:10.2135/cropsci2006.0002tpg
Crop Sci 2006 46: S-1. [Full
Text] [PDF]
GUEST EDITORIAL:
- Roger N. Beachy
- Field Work
Published online 1 November 2006; doi:10.2135/cropsci2006.0003tpg
Crop Sci 2006 46: S-2. [Full
Text] [PDF]
REVIEW &
INTERPRETATION:
- Joshua A. Udall and Jonathan F. Wendel
- Polyploidy and Crop Improvement
Published online 1 November 2006; doi:10.2135/cropsci2006.07.0489tpg
Crop Sci 2006 46: S-3-S-14.
[Abstract] [Full
Text] [PDF]
- Wade Odland, Andrew Baumgarten, and Ronald Phillips
- Ancestral Rice Blocks Define Multiple Related Regions
in the Maize Genome
Published online 1 November 2006; doi:10.2135/cropsci2006.05.0327tpg
Crop Sci 2006 46: S-41-S-48.
[Abstract]
[Full Text]
[Figures Only] [PDF]
ORIGINAL RESEARCH:
- Kristi Hill-Ambroz, Craig A. Webb, Angie R. Matthews,
Wanlong Li, Bikram S. Gill, and John P. Fellers - Expression Analysis and Physical Mapping of a cDNA
Library of Fusarium Head Blight Infected Wheat
Spikes
Published online 1 November 2006; doi:10.2135/cropsci2005.07.0206tpg
Crop Sci 2006 46: S-15-S-26.
[Abstract]
[Full Text]
[Figures Only] [PDF]
- Alexandra M. Casa, Sharon E. Mitchell, Jeffrey D. Jensen,
Martha T. Hamblin, Andrew H. Paterson, Charles F. Aquadro, and
Stephen Kresovich - Evidence for a Selective Sweep on Chromosome 1 of
Cultivated Sorghum
Published online 1 November 2006; doi:10.2135/cropsci2006.0001tpg
Crop Sci 2006 46: S-27-S-40.
[Abstract]
[Full Text]
[Figures Only] [PDF]
- William F. Tracy, Sherry R. Whitt, and Edward S.
Buckler - Recurrent Mutation and Genome Evolution: Example of
Sugary1 and the Origin of Sweet Maize
Published online 1 November 2006; doi:10.2135/cropsci2006-03-0149tpg
Crop Sci 2006 46: S-49-S-54.
[Abstract]
[Full Text]
[Figures Only] [PDF]
ACTIVITIES &
RESOURCES:
- Scott A. Jackson, Dan Rokhsar, Gary Stacey, Randy C.
Shoemaker, Jeremy Schmutz, and Jane Grimwood - Toward a Reference Sequence of the Soybean Genome: A
Multiagency Effort
Published online 1 November 2006; doi:10.2135/cropsci2006.08.0514tpg
Crop Sci 2006 46: S-55-S-61.
[Abstract]
[Full Text]
[Figures Only] [PDF]
BIOINFORMATICS PhD Studentship
星期二, 04月 24th, 2007Unfortunately our favoured candidate for this
studentship recently backed out. We are now looking for someone
with a first degree in plant genomics, bioinformatics or a related
field and with experience in bioinformatics and genetics, and an
interest in plant pathology. Please can you pass this advertisement
on to qualified candidates who may be interested?
BIOINFORMATICS PhD Studentship
The International Maize and Wheat Improvement
Center (CIMMYT) and Washington State University, is seeking an
innovative, self-motivated, scientifically outstanding candidate
for a PhD studentship to participate in a project to characterize
genetic variation for breeding durable resistance to rusts in
wheat. Leaf rust and stripe rust are globally important foliar
fungal diseases of wheat, while stem rust is again becoming a
global threat after half of a century of durable resistance (Global
Rust Initiative, http://www.globalrust.org/). Enhanced
durable resistance to these fungal pathogens is a high priority in
the adaptation of high yielding improved wheat cultivars for
different agroclimatic regions. Breeding resistance to both leaf
and stem rust in wheat cultivars has traditionally focused on the
pyramiding of race-specific resistance genes. However, this
approach is short lived, with new virulent races of the pathogen
evolving that overcome the resistance. Rapidly and efficiently
identifying and deploying new and diverse sources of resistance
will require an aggressive, holistic approach that combines
traditional techniques with novel approaches for breeding
strategies that hinder pathogen evolution to create sustainable
global solutions to rusts. Modern bioinformatics will be at the
heart of this approach, critically integrating, bridging and
iterating between disciplines that have hitherto failed to work
together effectively. The project will utilize data from gene
expression studies to discover genes involved in durable resistance
to rusts:
” Analyze differential gene
expression data in different types of interactions between wheat
and wheat rusts, including susceptible, partially resistant and
resistant interactions.
” Utilize wheat expression arrays to examine the
genes and mechanisms involved in the ultimate durable resistance,
non-host resistance by studying differential gene expression in
wheat cultivars challenged with host and non-host pathogens. From
these candidate genes the student will use a number of
bioinformatics techniques to determine level of confidence that a
gene is involved in the resistance mechanism. The student will be
registered at the Department of Plant Pathology, Pullman Campus,
Washington State University and will be based part-time at WSU and
part time in the Crop Research Informatics Laboratory at CIMMYT’s
Main Campus located 45 km northeast of Mexico City, Mexico.
We are seeking candidates with the following
qualifications:
9 Degree in plant genomics, bioinformatics or a
related field.
9 Background in bioinformatics and genetics
9 Experience with biometrics and statistics
9 Interest in international agricultural research
and development
9 Ability to work well as part of multidisciplinary
decentralized teams
9 Proficiency in spoken and written English
language
Experience in any of the following areas would
be considered an asset:
9 Statistical analysis using R
9 Software development in Java
9 Relational database design and administration
9 Knowledge of molecular plant-microbe
interactions
9 Proficiency in Spanish
CIMMYT (www.cimmyt.cgiar.org) is an internationally
funded, non-profit research and training organization affiliated
with the Consultative Group on International Agricultural Research
(CGIAR, www.cgiar.org) and has an annual budget of over US$40
million. CIMMYT’s mission is to help the poor in the developing
world by increasing the productivity, profitability, and
sustainability of maize- and wheat-based cropping systems while
protecting natural resources. The Center is a global leader in
scientific research and training related to maize and wheat
improvement, and in biotechnology, economics, and natural resource
management research. These activities are conducted in partnership
with national agricultural research systems, non-governmental
organizations, and advanced research institutions, both public and
private, in globally- and regionally-focused programs. CIMMYT
employs a staff of over 600 and operates in a decentralized,
partnership mode, having staff in 14 countries in Africa, Asia and
Latin America, plus projects and partnership networks in many more.
Please send via e-mail your letter of application, CV/Resume
(including full contact information), and names and contact
information of three references to:
Dr. Petr Kosina CIMMYT, Apdo. Postal 6-641,
México, D.F. 06600, MEXICO Phone: +52 (55) 5804 2004, Email:
p.kosina@cgiar.org
We will accept applications until the studentship
is filled
For further information contact Dr Guy Davenport,
Computational Biologist, CRIL, CIMMYT.
g.davenport@cgiar.orgProfessor Scot Hulbert, Department of
Plant Pathology, WSU. scot_hulbert@wsu.edu
关于IL的一些看法
星期一, 04月 23rd, 2007先分子标记辅助选择构建这2个位点的IL,然后杂交看是否有效应,简单的构想,但可能是伟大的发现,也是张启发老师的梦想.尽管我持谨慎乐观的态度.
然后撒网捞鱼,相信很多小鱼或者大鱼溜掉,或者抓的不是鱼而是泥巴,没有关系,你总会找到几条你想要的鱼.这个指导思想下,非常精确的比较分析,反复的争论是不现实的.如何提高找到大鱼的概率,2点值得考虑,1)观察田间表型基础上的自我判断;2)前人抓鱼留下的痕迹(如QTL定位的结果,如果一个人的结果有问题,但如果多个人都到此一游,你就不要强烈怀疑了).
而且我个人认为,在一个分离群体里,特定性状的主效QTL只有那么7-8个或者10来个,或者更少,如此费劲周折,最终的效果不一定俱佳.同样的投入下,应该有更好的选择.如何选择,可以思考,讨论.
春天来了吗?
星期一, 04月 23rd, 2007今天第一次发现,这里的阳光也如此灿烂,当把所有时间放在电脑,实验室,偶尔有机会欣赏一下蓝天和白云,突然也发现,生活确是如此的美好.
为维吉尼亚理工大学校园枪杀案的不幸罹难者默哀!
星期三, 04月 18th, 2007The tragic and incomprehensible loss of life that took place
yesterday on the campus of Virginia Tech has stunned everyone
throughout the Cornell community. Many of our
students, faculty and staff have strong ties with members of the
Virginia Tech family and, in our grief and sympathy, we are united
in our thoughts, especially for the families and friends of the
victims. To honor their memories, we will hold a
gathering for reflection and remembrance at 12:30 PM on Thursday,
April 19 in Sage Chapel. The event will be
streamed live at <http://www.cornell.edu>.
While there can be no guarantee against such horrific behavior,
there is much we are doing to prevent such an occurrence on our
campuses. Thanks to our counselors who support
individuals throughout the university community in Ithaca, New York
City and wherever Cornellians work and study, we are working with
each of the university’s departments to help our faculty and staff
learn to recognize when a person is in distress and provide her or
him the necessary support. Our police department
devotes considerable time and effort to emergency preparedness,
which regrettably encompasses strategies for handling similar
situations. And, our students are doing a lot to
support their fellow Cornellians through a variety of student-run
programs.
The significance of a helping hand cannot be
overemphasized. When we are aware of someone who
is in distress, we demonstrate compassion by extending ourselves to
that person, rather than ignoring the need. And
when we allow others to help us when we are in trouble, we ease our
own burdens and defuse potentially devastating circumstances.
To help promote the entire community’s safety, there are actions
you can undertake that will make a big
difference. For instance, you could program your
cell phone to be able to speed dial 911 and the university’s own
police hotline at (607) 255-1111 to reach out for help whenever you
believe someone close to you needs assistance.
Or, you could update your emergency contact information and add
your cell phone number to <http://www.whoiam.cornell.edu>
so that you can be contacted more readily in the event of an
emergency.
In the days and weeks ahead, we will look for answers to the many
questions surrounding the Virginia Tech tragedy.
This is a time when by reaching out to one another, we can find the
strength to understand and grow as a community.
David J. Skorton
President
开帖讨论IL,欢迎参与!
星期三, 04月 18th, 2007有没有未来,或者说未来是什么?
2007-04-17 21:59:49
你好,经常来踩踩你的场子,获益匪浅。
看到这个讨论贴,也不免想来凑凑热闹,插几句话。我想现在对IL的分析,最好不要从全基因组水品,一下子要发现多少个QTL,这样是没有用的,关键是拿准一个,深入做下去,直到拿到基因,深入到功能,才是王道。
其实IL真的是很好的遗传材料,而且基本上可以认为一劳永逸,所以,在构建的时候多吃点苦,是绝对值得的,不可以贪省事,最终误大事。我在实验中也遇到了基因不在目标区间的情况,还好,运气还算可以,用pool定到了,但中间费了老大周折。偶尔这种情况还能忍受,要是经常这样,IL的优势就全无了,所以好的遗传材料是实验成功的一半。因此,在构建IL时,标记一定要丰富,基因型的考察一定要准确,我认为拟南芥中STAIRS这套IL构建的是最完美的(plant
journal,2002),虽然开始构建很麻烦,但就如当年染色体单体、三体群体的构建,为以后的工作省事不少。
“我看了周俊青的数据,每个标记一般是10个系左右表现杂合。那么在定位时实际上10个系的表型均值与剩下的166个系的均值去做差异比较,由于是很小的样本,势必不太可靠。用BC3F1的基因型BC3F2家系的表型去做定位,周俊青说每个系取10株鉴定取表型均值去定位,我觉得这10株的表型均值有时候并不能代表BC3F1的表型,因为10株的小样本很容易是偏分离的。表型的不准确势必导致假阳性QTL的产生。”这种分析方法肯定是错误的,一方面,其他的系中也肯定包含有控制同种性状的QTL,所以这种比较是没有意义的,另一方面,用杂合子来代表平均表型,也是不恰当的。所以,要鉴定渗入片段中是否有QTL,必须用IL/轮回亲本的F2群体,作3种基因型植株表型的多重比较。只有这样,才能最大限度保证你的定位的准确性,当然,前提首先是你的IL背景很纯,即使有其他插入片段,也必须该片段不包含控制同样形状或影响这种性状的QTL或基因。
对于IL的构建我不是十分了解,我来实验室,我们的群体已经构建好了,呵呵,捡大便宜了!不过我认为,高代选择是没有错的,用不着长期跟踪,这样太费了!多代回交一代分子标记选择就可以了,不过这种方案的缺点好像在于必须要扩大群体,加大分子标记密度,才能构成覆盖全染色体组的ILs。这方面的文献也没有过多的关注过,所以还请楼主指教。
顺便推荐几篇相关文章:
1.Paterson AH, DeVerna JW, Lanini B et al. Fine mapping of
quantitative trait loci using selected overlapping recombinant
chromosomes, in an interspecies cross of tomato. Genetics,
1990, 124: 735-742
2.Eshed Y, Zamir D. Introgression from Lycopersicon
pennellii can improve the soluble-solids
yield of tomato hybrids .Theor Appl Genet, 1994,
88:891-897
3.Eshed Y, Zamir D.An introgression line population of
Lycopersicon pennellii in the cultivated tomato enables the
identification and fine mapping of yield-associated QTL.
Genetics , 1995, 141:1147-1162
4.Yaniv Semel, Jonathan Nissenbaum, Naama
Menda, Michael Zinder, Uri Krieger, Noa Issman, Tzili Pleban,
Zachary Lippman, Amit Gur, and Dani Zamir.From the Cover:
Overdominant quantitative trait loci for yield and fitness in
tomato.PNAS 2006 103: 12981-12986
5.Joost J. B. Keurentjes,
Leónie Bentsink, Carlos Alonso-Blanco, Corrie J. Hanhart, Hetty
Blankestijn-De Vries, Sigi Effgen, Dick Vreugdenhil, and Maarten
Koornneef .Development of a Near-Isogenic Line Population of
Arabidopsis thaliana and Comparison of Mapping Power With a
Recombinant Inbred Line Population.Genetics 2007 175: 891-905
6. Johan D. Peleman, Crispin Wye, Jan Zethof, Anker P. S鴕ensen,
Henk Verbakel, Jan van Oeveren, Tom Gerats, and Jeroen Rouppe van
der Voort
Quantitative Trait Locus (QTL) Isogenic Recombinant Analysis: A
Method for High-Resolution Mapping of QTL Within a Single
Population.Genetics 2005 171:
1341-1352
7. 徐华山, 孙永建, 周红菊, 余四斌.
构建水稻优良恢复系背景的重叠片段代换系及其效应分析.
作物学报,2007,online first
做生物的几点心得(转)
星期日, 04月 15th, 2007所以想退的早点退吧,不要浪费时间看这贴了,本贴列出几个土方法,写給想成牛人的人。
一、坚持亲手做实验,能跟technician比技术。很多人读书或当博后的时候就不愿动手,当AP后更是绝不下厨。很多实验结果需要亲身体会,其中被人忽视的细节往往极有含金量。我以前的老板经常和我们一起动手,能提炼出我们不能发现的细节,所以大多数问题都能很快解决,进度推进极快。
这里强调技术要过硬,只有好的技术才能保证可信的结果。
回顾以前的炸药奖,好像还是实验发现具多,而且都是亲自发现的。
二、实验条件不变,结果不变。这是一个简单道理,但好像很多人更习惯于不管三七二十一简单的不停重复,认为有些不可知的原因,试验就是有时候WORK,有时候不。如果试验老不WORK,停下来想想再做,如果你找不出不的原因,就算WORK也比较不可信,难重复。
三、注重讨论。这里不是泛泛而谈地指讨论,而是指调动一切可跟讨论的资源去讨论。由于语言和文化习惯的原因,中国人好像不善于讨论,所以听TALK的时候鲜见老中提问。这是一个很大的缺陷,对于当牛人绝对是个障碍。讨论应该包括跟一切可以交流的人交流,甚至竞争对手和家里的外行LD。就算是对牛弹琴的时候也是理思路的时候,思路不断的梳理,经常会蹦点小火花出来,如果是跟同事和同行,那绝对收获大。一定要不停的说,不停的问。如果有人跟你撞车,一样可以交流。这种情况下一点信息都可能省你几个月的功夫。不要怕IDEA被偷了,得益是双方的,而且还攥你的RP。
四、习惯综述。有很多前人的结论,概念,如果有不清楚不理解的,尽量搞个究竟。很多人怕丢丑,所以常常有基本的东西都很模糊,甚至老板级别的人都这样
五、敢于离经叛道。生物学是试验科学,任何结论都在接受不停的挑战,很多人习惯于接受文献上的结论,理解的接受,不理解的也接受,要大胆怀疑文献的错误,多从另位思考,对试验结果中违背常识的现象刨根问底,条件允许的时候,不妨以共识性的或违背共识的试验为对照。
以上几点,虽然象口水话一样简单,但其实做到的人很少,有点难度的,不信你试试?
给三位做IL系同学的E-MAIL
星期五, 04月 13th, 2007说明:这个PPT不是一个报告,更不是谈IL的前途或应用,而是简单的谈如何分析IL的数据,更直接的是我愿意看到什么样的数据.多位认识不认识的来EMAIL索要,为避免大家失望,特此说明.但欢迎认识或不认识的讨论,包括私下或者公开!我愿意竭尽所能!(我的括号其实当初是针对我们实验室的其他同学的)
三位好,大家好:
关于IL材料的发展,数据分析,想和大家讨论一下.具体的见附件(如果有想看附件的给我EMAIL),希望大家能体会并提出批评意见.
大家花了大量时间也非常辛苦的打下了非常好的基础,这些材料是我们将来进一步发展的支持和保证.但如何分析利用这些材料是值得大家认真思考的.尤其是播种在及.
花点时间在上面是值得的.
我非常遗憾的是,大家常常是大堆的原始数据发给我,尽管我吃力不讨好的去分析,(尽管我发现在分析大家数据的时间上要超过分析我自己的数据,我最迫切的是得到一个数据千万不能让他过夜,对其结果的期待超过了对睡觉的期待,但常常发现与大家的互动是我一相情愿的热烈)但发现最终对大家的提高没有任何帮助.
IL的发展和QTL精细定位,是非常成熟的分析方法,现成的可以借鉴的例子非常之多,我可以记得的是至少给大家推荐过5篇以上的经典分析文章(从中文都英文),从理论到实践.但我发现,大家目前还是比较的模糊,对基本眼睛都可以观察分析的数据一筹莫展,让我觉得非常沮丧.
大家好象乐意花时间去做实验(这一点我非常欣赏和感激),但好象不太乐意花时间去整理数据,我却不太理解.如果大家有其他苦衷,乐于听到.
关于IL的分析,
周俊青的同学,田丰给我发了一封长信探讨(他和大家一样做的一样的工作,而且非常出色,如果一切顺利,估计暑假他将加盟Buckler的实验室,我想他成功的个案值得大家学习,当Buckler把他的简历发给我,让我帮他作出评价的时候,我毫不犹豫的写了一封热情洋溢的推荐信,事实也说明这个推荐应该是值得的).如我一直所说的,我期待的是与大家的探讨,交流,或者争论,而不是我说什么,大家说好好!
下面是田丰同学的探讨,也与大家一起探讨.期待你的探讨!
祝好
建兵
—– Original Message —–
From: tf7980
To: Jianbing Yan
Sent: Thursday, April 12, 2007 9:30 PM
Subject: 问题讨论
严老师:
昨天周俊青问我关于他课题的事情,我有点想法想跟你讨论一下。
因为我一直做渗入系,有点切身体会。我们构建的渗入系并不是象西红柿中严格意义上渗入系,他们的是单片断的相互重叠覆盖全基因组的渗入系,就相当NIL了。而我们的和周俊青的都是包含很多渗入片断的渗入系,背景相对较复杂。说是MAS,其实没有进行MAS,只是到了高世代进行基因型鉴定,然后构建渗入系,这虽然节省了人力物力,但不可避免出现了些问题。一是多代回交而没有跟踪选择,有些片断被打的很碎,现有的标记密度没有检测到,而极有可能某些重要QTL就位于这些片断之上,这势必造成假阳性,我们发现了很多这样的情况,我估计在玉米中这种情况可能更加明显。我还发现一个情况,我最初研究的一个渗入系的表型压根就不是渗入片断引起的,而极有可能是在回交和自交的过程中产生了突变或转座插入。二是我认为象我们这种渗入系用来做QTL分析统计上并不十分可靠,它估计的效应有偏,包括AB-QTL也是如此,所以必须用多年多点的结果和后面的结果去修正。我看了周俊青的数据,每个标记一般是10个系左右表现杂合。那么在定位时实际上10个系的表型均值与剩下的166个系的均值去做差异比较,由于是很小的样本,势必不太可靠。用BC3F1的基因型BC3F2家系的表型去做定位,周俊青说每个系取10株鉴定取表型均值去定位,我觉得这10株的表型均值有时候并不能代表BC3F1的表型,因为10株的小样本很容易是偏分离的。表型的不准确势必导致假阳性QTL的产生。我有几个想法,不知道是否可行。
1.
可以适当增加BC3F2每个家系的样本大小,然后进行杂合片断的基因型鉴定,然后进行表型鉴定,把所有含有这个标记的渗入系放在一起进行考虑,直接利用当代的基因型数据进行分析,这样样本大小增大,而且基因型和表型一一对应,统计更加可靠。
2.
我觉得还可以做一个更加宏伟的工程,但工作量很大。可以根据标记基因型从177个BC3F1中挑选出核心渗入系,然后每个核心渗入系种植至少100株左右的F2分离群体。每个分离群体进行基因型和表型鉴定,所有的系放在一起分析,这是强大的分析群体,可以进行多种效应的分析。另外还有一个优势,每个分离群体本身就是很好的小定位群体,这其中肯定能发现双峰分布的群体,下部直接就可以进行精细定位了。
3.
由于上面的工作量很大,我觉得是否可以对具体的某个染色体进行,同时构建具体一染色体重叠式的代换系。
这也是我对渗入系一直思考的问题,很片面,想和你讨论讨论。
田丰