精细定位到底要多大群体!
| 10月 26th, 2007 | by zhongtiannongmin |为了彻底弄明白那个重组交换,以及群体的关系,我这里详细列一下那个概率:
首先,假设基因左右各有一个标记,并且和基因的距离都是1cM,也就是这两个标记的距离是2cM,用这两个进行筛选,不考虑双交换,则F1(33)自交得到的后代的类型和概率分别是:(2为显性,1为隐性)
[0.49(22)+0.01(21)+0.01(12)+0.49(11)]2(F1自交得到的F2后代的各种类型也就是这里F1配子类型和概率的平方)
=0.2401(22/22)+0.0049(22/21)+0.0049(22/12)+0.2401(22/11)+0.0049(21/22)+0.0001(21/21)+0.0001(21/12)+0.0049(21/11)+0.0049(12/22)+0.0001(12/21)+0.0001(12/12)+0.0049(12/11)+0.2401(11/22)+0.0049(22/21)+0.0049(22/12)+0.2401(11/11)
=0.2401(22)+0.0049(23)+0.0049(32)+0.2401(33)+0.0049(23)+0.0001(21)+0.0001(33)+0.0.0001(33)+0.0049(31)+0.0049(32)+0.0001(33)+0.0001(12)+0.0049(13)+0.2401(33)+0.0049(23)+0.0049(32)+0.2401(11)
=0.2401(22)+0.2401(11)+0.4804(33)+0.0147(23)+0.0147(32)+0.0049(13)+0.0049(31)+0.0001(12)+0.0001(21)
也就是说,从理论上讲,如果种10000个单株的话,后代中两个标记都为1即(11)的有2401个,两个标记都表现为2即(22)的有2401个,都表现为3即(33)的有4804个,还有147个表现为(23),147个表现为(32)。而我们需要的交换单株为49个(13),49个(31),1个(12),1个(21)。总共得到100个。其中可以验证前面标记和基因关系的重组单株(13)+(12)=50个,可以验证后面标记和基因关系的单株(21)+(12)=50个。也就是说能得到100个单株来最终确认基因在这两个标记之间以及距离为多少。
所以:X*50P/10000*2=1,则X=10000*2/50P。(X代表群体个数,P代表遗传距离)
从以上我个人认为:理论上讲:200个单株就会分别出现1株(12或13)的单株,也同时出现1株(21或31)的单株。也就是说理论上讲200个单株就应该能卡到2cM。而681个单株,如果有足够多的标记,理论上讲可以卡在0.59Cm。当然,越向里走需要的群里越大,比如要定位到0.1cM,则至少需要4000个单株。
