种田农民

   自从公布开通BLOG后，来信与我讨论问题或求助的信件日渐增多，一周总有几封，我总是抱着极大的热情，知无不言，言无不尽，遇到自己不清楚的，也不厌其烦去翻阅资料自己先弄清楚，对占据的这些时间总认为是值得的！

 

   但有些感想，正如上一篇转引的文章中，何先生所言，讨论总喜欢是一些有价值和深度的问题，这样也能更好的激发我的积极性！：）

 

   对于求助文章的，我总是及时反馈，找不到的甚至求助其他地方的朋友帮助查阅下载，喜欢阅读总是好的，但对于那些明显免费的杂志（说实在话，我非常清楚哪些杂志在国内是免费的，或者在一般大学，哪些杂志可以免费获取），自己动手就可以得到，为什么一定要求助他人的？

 

   如果是讨论问题，是不是先要简单的介绍一下自己的背景呢，比如名字，研究的内容，或者正在做的事情，直接了当的问题，我甚至不知道问我讨论问题的人姓甚名谁，也不知道要和他说到什么深度？其实我也不care是否被尊重啦，但这种战风车的感觉，不是很爽！尽管一般来说，我还是爽快的回答了问题！

 

    什么样的问题需要讨论，我认为，但凡google,或者baidu就可以解决的问题，是不需要讨论的，而大凡读到研究生的，我认为是应该具备基本的遗传学和分子生物学常识，所以常识问题，自己首先应该翻书解决！

 

    喜欢讨论，也乐于助人，尤其ENJOY有深度的讨论或者指教！而此之前，有几次不错的交锋！：）

 

 

 

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From:
http://www.sciencenet.cn/htmlnews/2007112617107443195154.html?id=195154

 

有关研究和教育问题我已经写了一系列的文章，前九篇请见：

 

 

另外我还写了两篇有关美国与中国博士生教育比较和如何到国外去做博士后的文章：

 

http://sciencenet.cn/blog/user_content.aspx?id=11434 (这是第11258号文章的中文翻译)

 

很多学生看到这些文章后，问我这样的问题：“我正在中国xxx大学读博士，我的导师有50多名博士生，很少管我。”

 

1. 您能帮助我吗？

 

2.
我的研究领域是xxx，您是这个领域的专家，您能不能告诉我这个选题是不是合适或者正确？您能不能给我一些指点？

 

问题是，这类问题很复杂，如果我要认认真真地回答，而不误导别人，我差不多等于是又招了一个博士生，这就好比开始一段我在以上各篇博文，特别是在2950号博文中提到的那种长达三四年的紧密关系。这显然是不可能的。实际上，在清华我已经停止招生了，因为我觉得自己已经这么大年纪了，不能承受作为导师必须要承担的责任。我已经收了关门弟子了。

 

不过，我确实很同情这些迫切需要帮助的中国博士生，理解他们的困境。所以，我愿意在此给大家提一些明确的建议，希望能够至少部分地回答以上那些请求。

 

首先，让我来谈谈自己的经历（请注意，我说这些事情不是想要吹嘘自己46年前的成就，而是用这些经历做例子，给大家提一些明确的建议。读者们在读过下面的建议后应当仔细思考我的经历和这段话。）

 

我是在1959年至1960年开始在哈佛学习的，目标是做一篇有关控制和系统理论的博士论文。哈佛其实基本上没有这个领域的专家。我之所以选择了哈佛做研究生是受了一本名叫《计算机控制工程》的小册子的诱惑，这本小册子正是由大名鼎鼎的Howard
Aiken领导下的哈佛计算机实验室撰写的。（注：Howard
Aiken通常被认为是电子计算机之父，1944至1955年之间他建造了Mark系列计算机。但是他关于计算机控制的观点基本上是错误的。到50年代后期的时候，他差不多快要退休了，不怎么搞研究了，但是仍然声名显赫。）

我很快发现哈佛在控制领域做得并不出色，这个领域的一位年轻教授因为没有拿到终身职位，正准备离开哈佛，而另外一位是讲师，刚刚毕业不久，跟哈佛的合同是一年一签，教授一门反馈控制课程。所以基本上没人能指导我。绝望中，我开始拼命读当时发表的控制领域文献，碰巧看到一篇R.
E. Kalman和J.
Bertram合写的文章，是关于无差拍控制的。与这个问题相关的是一种叫做“Kalman-Bertram
Condition”的状态。我自己研究了这个问题以后，发现K-B状态其实是一个线性代数中的线性无关性状态。然后呢，我就把我的想法及其应用一起写下来，作为对Kalman论文的发展投稿了。与此同时，我写信给Kalman，请他提供更多的文献资料。当时Kalman还不是很有名，（他著名的Kalman滤波的论文一年以后才发表）。他很高兴有人，而且是个研究生，仔细研究了他的工作，对他的工作怀有浓厚的兴趣。他不但寄给我一些正在撰写的论文的预印本，而且还把我对他工作的推进推荐给1960年召开的第一届美国自动控制大会，让我去做报告，发表论文。正是在这次大会上，我第一次见到了Kalman。谈话中，他发现我真的彻底地研究了他的工作，而且实际上是当时很少的几个真正认识到他的工作重要性的人之一。（注：当时几乎所有控制方面的著名工作都在应用了傅立叶与拉普拉斯变换方法的所谓频域领域。Kalman的方法则在动态系统上使用了时域和微分方程模型，这在当时是非常离经叛道的，主流观点对此质疑很多。但是因为我还是个研究生，还没被主流观点洗脑，所以更容易吸收这些新想法。）

Kalman还邀请我和他合写了一篇文章，将动态系统中的线性无关性的想法大大拓展，提升为“可控制性”（controllability）——现在这已经是控制论中的一个基本概念了。这篇文章很快成为该领域的经典。此外，我的一个同学Stuart
Dreyfus当时正在帮R.
Bellman编程，我从他那里得到了Bellman撰写的Adaptive Control: A
Guided
Tour一书的预印本，因此能够在其他人之前从中学到很多东西。这两件事比其他任何因素都更能帮助我完成了博士论文，而且可以说我的事业由此起步。

 

通过这些经历，我想把以下这个方法推荐给每一个问我这篇博文开头提到的那些问题的中国博士生：

 

1.
在你的博士研究选题领域，挑选一篇或者几篇你真正有兴趣的论文。如果论文的作者比较年轻，刚刚做教授，那也会比较好。（比如说是助理教授或者副教授，他们还在努力建立自己的声誉阶段，因此他们时间更多，也更有兴趣与其他人合作，推广自己的工作。）

 

2.
你要自己努力研究这篇论文，真正地、彻底地理解这篇论文，达到能发表崭新的高水平见解的程度。那时，而且只有那时，你才动手给该论文的作者写信。这样一来，这位作者就会知道你是他或者她的知音。一旦他发现你是认真的，而不是在投机取巧，他会很有动力和你交流。

 

3.
请他发给你其他论文的草稿，和他探讨工作进展，提出高水平的见解。

 

4.
一旦你与一两位科学家建立起这样的联系，你的博士研究就算上路了，而且有专家一路指导你。

 

5.
这里需要遵循一条原则，那就是你与导师的关系是一种赋予-索取的关系。导师关心你、指导你，作为回报，他或者她应该从你这里得到点什么，（至少应该是你对他的工作的高度尊重）。例如，我在该系列博文的第一篇（即第2224号）中就说过，一篇博士论文要在我这里通过，必须满足三个条件，其中第二个条件就是“我必须从这篇论文中学到新的东西。科学交流与讨论是双向的。最后你们要永远牢牢记住：学术道路上是没有捷径可走的，也没有所谓的灵丹妙药，有的只是勤奋的、专注的工作。通往成功的道路上没有免费的午餐。地图、路标、旅行手册能帮你少走弯路，避免误入歧途，但是路必须你亲自去走，这没有人能代替得了你。祝你们好运！（科学网
何姣/译）

更多阅读（英文）

some specific advice to
Chinese Ph.D students 原博文链接

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 上次来CORNELL的时候正赶上日复一日的大雪漫天，整天只见到一片白茫茫！大家都说，秋天的CORNELL很美，这次回来，赶上秋末，其实头2个星期还可见满山的红叶，但转眼之间，红叶都飘然落地！因为赶时间，竟然没有来得及去抓拍几张漂亮的风景作为纪念！

 

今天落得空闲，拍了几张照片，尽管不是秋天里最美的CORNELL，但也不会太遗憾了！

 

 

 

 

 

 

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又一个与玉米进化的基因被克隆！这次是另外一个赫赫有名的大牛，Hake
Sarah(联系作者并不是她，不过估计第一作者加联系作者应该是她的学生或博士后）!之前有过介绍她！

 

玉米是雌雄异花，控制雄花和雌花发育的基因要在特定位置表达才能让玉米发育正常，不会乱套，所谓性别决定。但有一种突变体，雄穗也会结种子，雌穗也会开花。这种紊乱是因为TS4和TS6基因的异常导致的，其是一个小RNA，mir172。之前也谈过这个小RNA，看来是一类大的家族。至于这2个基因如何与第三个基因发生作用，最终导致这种紊乱发生，建议大家看全文。

 

结合了MU，比较图位克隆技术，用了不到2000个单株就拿到这个基因，不仅为玉米的图位克隆清单上增加了第二个成功案例，也为我们的图位克隆提供了可以实践的指南！应该详细研读！ 

 

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 转自：http://www.sciencenet.cn/htmlnews/20071121152149143194800.html?id=194800

 

 

人们早已知道，某些特定的吸引特征，比如蟋蟀的鸣叫、孔雀的尾羽等，能够遗传给后代。那么，作为总体意义上的魅力能否遗传？英国科学家近日通过对果蝇的研究证实，至少在昆虫当中，魅力确实可以遗传。相关论文11月20日发表于《现代生物学》（Current
Biology）上。

 

领导此次研究的是英国埃克塞特大学的David
Hosken博士。研究人员将雌雄果蝇随机配对，结果发现，这些配对的果蝇发展到交配所需的时间从2分钟到2小时不等。在果蝇中，雌性果蝇需要自己主动靠近雄性果蝇才能使交配发生，也就是说雄性果蝇无法强迫雌性果蝇交配。因而，研究人员认为，交配发生的速度可用来评估雄性果蝇对于雌性果蝇的吸引程度。

 

实验中当雄性果蝇与周边的三只雌性果蝇分别交配后，研究人员将产生的雄性后代，分别为“亲兄弟”或“同父异母兄弟”，与雌性果蝇配对，并再次记录交配发生的时间。结果发现，富有魅力的“父亲”产生的“儿子”能更快地找到配偶，即魅力遗传了。

 

之前有研究表明，与富有魅力的雄性交配的雌性并不会产生更多的后代。那么雌性为什么爱选择有魅力的雄性呢？研究人员认为，其中的好处可能在于雌性会产生更富魅力的“儿子”，从而更容易地赢得雌性并产生后代。

 

虽然未经检验，Hosken认为这一研究结果可以应用于其他动物物种，包括人类。他说：“很可能魅力在动物界是可遗传的。甚至可能的是，在人类中，最性感的父亲会产生最讨人喜欢的儿子”。“而这一点”，他又开玩笑说，“对我的儿子来说可能真是个坏消息。”（科学网
梅进/编译）

 

（《现代生物学》（Current
Biology），Vol 17, R959-R960，Michelle L. Taylor，David J.
Hosken）

 

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何毓琦先生是哈佛大学的终身教授，美国工程院院士，中国两院的院士，科学网的BLOG很有看头，都是英文的，也是学习英文的好地方！

http://www.sciencenet.cn/blog/何毓琦.htm

文章转载自：(科学网 何姣/译）

何毓琦：怎样才能到国外做博士后

一些人看了我上一篇关于中国与美国博士学位对比的文章后，询问到国外做博士后的问题。我现在把自己的经验和建议写在这里。

对于中国博士生来说，获得到国外做博士后的机会只是在学术阶梯上更上一层楼而已。这和申请到美国读博士非常相似，只不过赌注更大。以下是国外教授在收到申请的时候主要会考虑的一些问题：

1.
如果录取的是博士生，那么该教授有四到五年的时间可以获得投资回报。而且判断申请人的水平相对比较容易，比方说毕业学校的声誉、碰巧认识的推荐人、还有一大堆标准参数可以参考，比如在班级上的排名、托福成绩、GRE成绩等。

  由此可见，你必须在博士论文完成之前很早的时候就开始动手申请博士后。你必须说服你潜在的雇主你真的会很快上手。因为不幸的是，国外大学已经逐渐意识到中国学术界存在种种学术不端行为。所以，我建议早早开始与你感兴趣的教授建立联系，向他们证明你的能力和资历。我以前介绍的申请美国大学研究生的一些规则和经验也适用于申请博士后。（博文请见http://www.sciencenet.cn/blog/user_content.aspx?id=...）

3.
参加那些你有意申请的教授会出席的会议。有经验的科学家通过直接交谈，可以很轻易地判断你的水平高低、基础扎实不扎实、你对他或者她是否有用等等问题。如果你有机会在这些会议上演讲或者展示你的论文结果，千万千万要精心准备。大家可以参考我写的一本小册子《科坛新学者指南》（清华大学出版社，定价9.00元）。

4.
学术界非常看重同行评议和同行的意见。每位教授身边都会有自己特别相信和看重的一小群同行，这些人给你写的推荐信比金子还宝贵。如果你的博士生导师恰好是这一群人中的一员，那恭喜你，你运气实在是太好了。否则的话，你可以努力争取其他这个圈子里的人的赞许，让他们给你写推荐信。要记住，学术界的唯一硬通货是声誉，如果你渴望成功，请你一定要学会在学术生涯的各个阶段建立你的声誉，并且奋力维护你的声誉。遗憾的是，目前在中国，“名”和“利”结合得太紧密了。这已经导致了一系列名利交易的丑闻。希望这个现象只是暂时的，随着中国与世界全面接轨，会逐渐消失。

5.
最重要的是，如果你拿的是中国的博士学位而希望去国外做博士后，那么一定要很早开始动手准备，就按照我上面建议的去做。毕竟，不管你能否成功地获得做博士后的机会，你只要想在学术生涯上取得成功，总是要做这些事情的。祝你好运！

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   风靡一时的电影，和几乎所有孩童的客观体验！人类如此，而植物何尝不是这样。最近一篇关于植物母体效应的研究文章，就用试验证实了这个推测！

 

美国风铃草是一种一年或者2年生的植物，可以同时在阳光充足和阴暗的地方生长（比如茂密的树林中）。研究人员提出一个问题，如果在阳光充足条件下产生的种子拿到阴暗的地方种植，结果会如何呢？要证明这个假设其实实验很简单，但结果却非常有趣，一些自交控制纯度后的种子，交换环境种植，比如把阴暗地方产生的种子拿到阳光处种植，综合指标比原来要低大约3.4倍，但再过一代后，结果却没有什么差别。也就是说与母本环境一致，那么后代就表现出色！

 

这也意味着，母亲向儿女们提供了某种暗示，告诉他们如何适应环境！这种适应性反应，科学家称之为“代间转移可塑性”（Transgenerational
Plasticity）。暂时不知道遗传是如何控制这个复杂的系统的，但这一独特而具有人情味的发现，不但让我们枯燥的遗传学研究变得生动起来，也让我们的研究视角更为开阔，同时也为解决诸如全球气候变暖等宏大问题提供了某种可能性！

 

全文：http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/318/5853/1134

 

 

 

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或许，作为一个女儿，她是不幸的，因为一出生，她就得了一种即便是在现代医学如此发达也无法确诊的一种疾病。但她又是幸运的，因为她有一个伟大的父亲！

这就是那个不幸而幸运的女儿

 

Hugh Rienhoff，曾经的临床遗传学家，博士毕业于Johns
Hopkins医学院，后来专著于与之相关的基金投资。在她第三个女儿出生的时候，尽管他自己曾经也是医生，甚至是该方面的知名专家，但他也无法阻止女儿感染一种奇怪疾病。肌肉发育不良，腿比常人长，甚至无法正常站立。Rienhoff，带着女儿寻遍世界的儿童医院，但也没有谁能够给出正确的答案。

这就是那个伟大的父亲

 

作为一个遗传学家和曾经的医生，当然无法容忍自己的女儿忍受如此莫名苦难，在翻阅了大量文献，咨询了众多专家，深思熟虑之后，Rienhoff做出一个惊人的决定，那就是他要自己去探测女儿的基因组，寻找可能的突变，为拯救女儿作最大的努力。他买来二手的PCR仪和移液器，自己动手做实验起来，去测定一个个候选基因是否发生变异。当然努力还在继续，尽管目前他几乎找到了一个可能的候选基因。但目前他已经建立了一个人类疾病的整合图谱，于此他专门建立的一个网站 http://www.mydaughtersdna.org/，上面有详细的信息，并希望该案例能给其他的病人或者科学家或者父母亲以鼓励和一些有益的信息。

 

一个月前的nature杂志，以封面形式和5页的篇幅报道了这个动人的故事

，不但告诉我们什么是爱，更告诉我们作为一个医学遗传学家，其实有时候更知道如何挽救自己或者亲人的生命。而这有时候估计是金钱解决不了的问题，当然也需要钱。

他们一家

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最近SCIENCE上有一篇文章，非常有趣，分别遗传于父母的一对等位基因在子代中并不不都是同样表达，而是随机选择一个表达，大规模的比较研究发现，这种基因的比例有5%。因为人类性染色体的存在，所以这种结果，不免有许多联想。

 

其实在植物中，也有类似发现，F1只表达来自双亲等位基因中的一个，比如GUO
M关于杂种优势的研究。但规模比较小。

 

如果有比较简单的大规模技术来检测这种差异，或许可以给我们提供看问题的不同角度。值得继续关注一下！

 

Science 16 November 2007: Vol. 318. no. 5853, pp. 1136 - 1140 DOI: 10.1126/science.1148910

 

 

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