Archive for 11月, 2007
星期五, 11月 16th, 2007
推荐2篇关于水稻进化的综述,Sang T和McCouchSusan都是领域里的牛人。看看大牛是如何看问题的。
进化本身很有趣,要回答一个东西怎么来,又怎么去,不但挑战智慧,也感受自然之美。从操作角度上讲,与进化相关的性状,可见的都相对简单,如水稻的落粒性,子粒颜色,玉米的分支数等,所以这些重要的基因/QTL往往被优先克隆!
剩下的,可见的已经不是太多了。。。但故事显然才刚刚开始!
Sang T, Ge S
Genetics and phylogenetics of rice
domestication.
Curr Opin Genet Dev. 2007 Nov 6; [Epub ahead of print]
PMID: 17988855 [PubMed - as supplied by publisher]
Kovach MJ, Sweeney MT, McCouch SR.
New insights into the history of rice domestication.Trends Genet.
2007 Nov;23(11):578-87. Epub 2007 Oct 25. PMID: 17963977 [PubMed -
in process]
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星期四, 11月 15th, 2007
恩,有兴趣的下载来看看,并欢迎分享一下,最近比较忙,发现时间有点不够用了!
Dear Maize
Geneticists:
I’d like to bring to your attention two maize-related
videos.
The History
Channel’s production “MODERN MARVELS: CORN” gives
a good overview of what happens to corn after it has been harvested
(e.g., processing into ethanol, high fructose corn syrup and
bio-plastics). This show is scheduled to be broadcast in some
markets next Monday (Nov 19th) at 8 PM. But do
check local listings.
“King Corn” raises important questions about corn production and
utilization. It’s coming to a theatre near you.
Here are reviews from the NYT and The Washington Post:
<http://movies.nytimes.com/movie/391258/King-Corn/overview>
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星期三, 11月 14th, 2007
为方便信息共享,开通公共邮箱,
大家都感兴趣的东西,我会直接从我信箱发到该信箱供大家下载;也欢迎大家来共享自己的珍藏!请大家不要改动设置,谢谢!
association mapping
的文章专集已经放在这里,再次感谢安徽医科大学热心网友的友情提供!
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星期一, 11月 12th, 2007
承蒙安徽医科大学某网友给我发来全文,还没有来得及研读,有需要的我乐意转发,同时希望,有兴趣的谈谈心得!
本期的Methods Mol Biol. 2007;376
是关于关联分析的专集,有10多篇文章从不同角度谈这个问题,应该不错,但遗憾,我努力了很久仍然没有找到电子版。大家可以去图书馆看看!
如果谁找到电子版,也请发我一份!谢谢!
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星期五, 11月 9th, 2007
爱到细胞深处
穿过纷繁复杂的生物圈
你来到我的面前
是否
有一条无形的碳链
冥冥中把你我相连
你的目光如水
浸润了我的每一个细胞
你的声音如糖
让我拥有了无尽的能量
每一刻
我都在想念你苏丹III般的容颜
我的思念已进入每一个核苷酸
我的DNA充斥着你的信息
你已经控制了我所有的蛋白质
我无法逃避
就算构成细胞膜的磷脂
你也可以轻易穿透
对你的爱在自由扩散
不需要任何的能量和载体
你是细胞核
控制了我的遗传和代谢
你是线粒体
没有你我便失去能量
你是叶绿体
让我拥有了新的养料
你是溶酶体
随时可以溶解我的一切
其实
你就是核糖体
把我像氨基酸一样的俘虏
你就是内质网
把我像蛋白质一样的加工
你就是高尔基体
包裹了我
又把我轻易的放弃
为什么
我还是那么爱你
因为我希望
我们像两个氨基酸一样
脱去那一分子无谓的水
相互连接成紧密地肽键
因为我感到
我们像两分子葡萄糖
条件成熟就能合并成麦芽糖
因为我清楚
我们就是配对的脱氧核苷酸链
必将形成美丽的双螺旋
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星期五, 11月 9th, 2007
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星期四, 11月 8th, 2007
张启发院士殷切寄语青年大学生
10月31日晚,
张启发院士应邀为我校研究生做报告,畅谈了他参加党的十七大的体会。张院士在报告中的一些想法和对广大青年大学生的期望,发人深思,给人启迪。现摘录整理,以飨读者。
愿大家共同爱护身边的环境
大会报告里谈生态文明时基本上讲的是经济方面,如资源节约、能源节约、生产模式、消费模式等等。其实,仔细想想,生态文明还远远不止这些。我记得二十几年前我们到美国去留学的时候,在校园里,在城市的广场上面,小松鼠跑到你的面前,好稀奇,那是很漂亮的、很好的画面,说明人与自然的协调,和谐共存。这在中国没有。很多年前,不好说食不果腹,但是很多人拿着枪打鸟吃肉,涸泽而渔的现象比比皆是。人与自然的协调,经济发展只是其中的一个层面,还有其他很多问题。过去讲物质文明,物质文明什么意思?应该就是有几个钱,然后又讲精神文明,精神文明什么意思?大家要注重道德。现在又讲生态文明,这几个文明是相互依存,没有物质文明,没有精神文明,生态文明也搞不起来。
现在我们提倡保护环境,学校里差不多所有的警示牌或多或少的都与我有关系。胡锦涛总书记提出来的八荣八耻,我加了“第九荣第九耻”,就是要爱护绿地。为什么呢?我们在这里生活了很多年,对学校的环境建设体会很深。十年前,或者至多是2000年前,吃完饭想到在学校里溜达一下,但到哪里走路都是灰扑扑的。2000年后,我们不断地建议,学校也逐渐在绿化方面加大了投入,才有现在这样的美好环境。所以看到辛辛苦苦建设的草坪、绿地被随意践踏,我就感觉特别不舒服。我们到国外去,看到别人的环境,羡慕得不得了。其实我们也有。所以希望今后都能够爱护环境。
希望同学们多关注中华民族的传统文化
大会报告的第七部分讲的是推动社会主义文化大发展大繁荣。文化的问题大家学过,就是建设社会主义核心价值体系,增强社会主义意识形态的吸引力和凝聚力。核心价值体系这一条非常重要,我觉得最近有相当一段时间,核心价值在淡化,核心价值体系发生了严重偏离。其实,我们看看奥斯卡得奖的影片,一些大家喜欢看的,还是宣传人性的真善美。关于建设和谐文化,培养文明风尚,这些讲的都是精神文明,我觉得这甚至比经济建设更重要,经济发展多少算多少,这些东西丢掉了,整个社会就没有灵魂了。
谈到弘扬中华文化,我感触很深。我一直认为中华文化是博大精深的,当然里面有精华、有糟粕,但是中华文化的凝聚力是非常巨大的,很多国家可以很随意的解体,为什么呢?就是没有博大精深的文化把他们扭在一起。因此一些优秀的东西,比如大家认为是文化当中最值得推崇的东西,一些真正正确的价值观,古今中外都是一样的,也不仅在中华文化当中,其它国家的文化也体现了这些东西。你到美国去会发现那些假的、恶的、丑的东西在整个社会也不是吃香的。我希望在座的也去关注一下传统文化,我跟年轻的同志碰在一起的时候,他们讲一些美国大片我不知道,但是我跟他们讲一些东西,他们也不知道。比如大家生活在湖北,楚文化也是博大精深的中华文化中非常重要的一部分。这几年,我下功夫读了一下屈原的《离骚》,还有楚辞的其他作品,读了几年,才把它基本上不叫读通了,叫才看完了,真是很有意思。还有《三国演义》是我最喜欢的,还有毛泽东选集,也是传统文化中不可多得的。前段时间演的电视剧《恰同学少年》,其中的主人公毛泽东当年24岁,跟大家现在的年纪差不多,在他们身上,中华文化体现得非常好,刚正不阿,敢于斗争,对长者,对师长,毕恭毕敬。这些东西应该学,好好的学。对美国大片、明星知道得很多,但是对中华文化一无所知,作为中国人,这种现象是不值得提倡的。
希望各位同学有雄心壮志建成中国的“孟山都”
在大会报告中特别提出要扩大就业发展战略,以创业带动就业。今天在座的都是研究生,尤其关注就业,毕业以后在哪里去找工作。我们实验室的研究生毕业以后在哪里找工作呢?据我的观察,几乎大家想的都是到国外去找工作,拿了博士学位后就出国做博士后。几年前,我们成立了国家生命科学与技术人才培养基地,我就看到这种现象,一方面生物技术需要变成产业,一方面大家需要就业,主要考虑的是去做教授,而全国能有多少教授的位置呢。所以1996以来,我就一直倡导,要搞一个中国的“孟山都”。孟山都是一个什么机构呢?孟山都过去是一个卖农药化肥的化学公司,80年代转型做生物技术,引进一大批人做转基因研究,成为农业生物技术产业最大的一个公司。美国孟山都公司今年年销售超过80亿美元,80亿美元是一个什么概念?东风汽车在中国汽车产业排行第二的,去年有人告诉我是1050亿的销售,换算一下,孟山都年销售额是600多亿人民币,接近东风一半多的销售金额。容纳了多少人就业呢?我校毕业的,在美国做了博士后的,我们认识的,至少十几、二十几的我们学校的毕业生去了孟山都,而除开本校外,国内没有任何一家单位有20人同时到那里去工作。所以通过我们的创业就能促进就业。而我们创业是有基础的,我们做了很多基因,做出来之后没有变成产业,束之高阁。孟山都靠什么?孟山都一个基因一个产业,去年为止,全世界1亿零2百多万公顷的转基因作物的推广,去年一年,这是什么概念呢?温家宝总理说,中国要守住15亿亩耕地的底线,
1亿公顷正好是15亿亩,也就是相当于全中国已经种满了转基因作物。两个基因,一个抗除草剂,一个是抗虫,就两个基因。这就是有人创业后给大家留下了很大的就业空间,我们现在也有不止两个基因。但是谁去创业呢?没有人把它很好地变成产品,要变产品就要有公司,所以我倡导中国的孟山都,从1996年开始鼓吹,十年间跟我谈的公司不少,可惜最后都没有搞成,主要是他们没有长远合作和吃苦的准备,农业生物技术要做十年二十年,他没有想着要艰苦创业。我觉得,如果有人做出中国的孟山都,这个贡献比什么都大,一个神龙、二汽,这是从毛泽东时代就搞起,是毛主席做的,然后邓小平同志去十堰视察,国家、中央给了多少钱啊,现在搬到武汉来了,去年才能够销售到1050个亿,这是多少年啊,人家孟山都就干了20几年,现在销售80几个亿,这还只是销售,还不算市场上上市的那些。他们投入给研发的,去年跟我讲是5亿美元,5亿美元投入研发,我们国家863这么大一块五年计划农业当中投入也只是20亿左右。一个公司要做成那个样子,要依靠咱们大家,今天在座的同学,你不要说自己的行当不对,学农业生物技术的可以做技术,学农业经济管理的,你可以来当总经理,我们都听你领导,把它做成一个很大的产业,这样一方面你自己成就了事业,同时为其他人创设了更多的就业岗位,还为中国的“三农”和科技创新做出了大贡献。我想只要大家有雄心壮志,敢吃苦,共同努力,就一定有大作为。
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星期二, 11月 6th, 2007
我曾经是DBSB的本科生,大二暑假进了一个实验室,课题听着有意思,但条件不成熟,做不下去,只记住了氯仿抽提,也没真正动手。所以暑假结束,自动离开实验室。这段经历从来没有写进CV.大三11月考完TG,专业课又不需要太多时间搞定,所以剩下的时间就认真地折腾宣传中心,上感兴趣的选修课,类似摄影画画,玩得不亦乐乎。到了暑假,又进了另外一个实验室,认认真真地没少熬夜做实验三个月,其中两个月是完全自己动手了,independent.
某公电话面试,半夜一点在实验室找到我,问起实验细节,偶轻而易举把刚刚的实验婉婉道来,于是顺理成章”骗”得offer,至今还很得意。大四又换到了生物公司R&D做毕设,提前知道了生物公司那种清闲而受缺少自由的生活不是我要的。
我不知道现在的本科生急于进实验室有哪几种原因,但我自己见过以下几种:
1.真正对实验感兴趣:这种孩子稍微训练一下就和研究生无异,不久就有自己的课题,很有希望本科就能做出一些东西。即使没有文章发表,也大概知道了lab
life是什么样的。这样的学生对将来就更清楚些。他自己选择出国,留校,转行,导师都会支持。他自己也比开心。双赢。
2.比较功利但用功:这些孩子对导师名气的选择大于对领域的关注,很多情况下是为了一封好的推荐信。但工作用功踏实。所以结果是自己收获不小,导师也乐于支持。双赢。
3.极端功利:主要目的是为了给CV添几行字,在实验室占个位置。名义上进了实验室,但露不了几面。这种情况,有些导师不在乎,有些可很在乎。我曾经听到我很尊敬的一位教授非常直白地告诉一个本科生:如果你在我实验室半年内做不出让我满意的工作,我不会给你写推荐信的。当时偶赞叹良久。然后在这位教授和偶的不断影响下,另一位一向nice没边的教授也决定慢慢严格起来。其实惟有这样,任何一封推荐信才真正具有它应有的分量。每个人都爱惜自己的名誉,尤其在国际上有名的。
今天翻老黄历,发发感慨是希望每个人可以活得潇洒一些,真正享受大学生活,而不要小小年纪就被一些不该有的心牢给束缚了。时间花在哪里是看的见的。当你选择实验室,希望你是冲实验去的,从而可以享受做实验的乐趣与苦恼。那种功课已经喘不过气的,何必要逼自己多一层负担呢?生物实验由于连贯性,三天打渔两天晒网,又能学到什么呢?还不如趁着大学的宝贵时光多做一些让自己更快乐的事,或认真规划一下自己的未来,不因他人人云亦云。
最近看到网上的劝退风潮,我更愿意相信那些享受生物研究的根本没时间到网上灌水。我只知道我认识的生物Ph.D都很快乐–70%坚定地做PI,最自由的群体,到现在没有一个和我抱怨这行不好的;15%去生物公司,享受朝九晚五,个别的忽然静极思动了,就去上个MBA;15%去了consulting
or Wall
Street,辛苦但高薪,而那些工作需要的只是Ph.D的学位与你的面试应变,与专业领域无关。
MIT
bbs劝退我可以理解,龙蛇混杂嘛;但这里,清华耶,天之骄子耶,你们的师兄师姐给了你们这么多positive
control,你们有什么可悲观的?谁给我举一个具体的清华的毕业生混得很惨的例子?
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星期一, 11月 5th, 2007
真实的历史–Puebla
200年前的墨西哥一直在欧洲强国西班牙的铁蹄之下,其入侵不仅仅是刀枪下肉体的蹂躏,更是文化上的精神统治.墨西哥这个与中国一样历史悠久的文明古国,也与中国一样经历了屈辱和不幸,这段历史注定无法抹去而记载在这片土地,让后人铭记!其中文化入侵的典范莫过于天主教的兴起!
Puebla离Tlaxcala大约只有40公里,应该是一个州的州府,其城市却比后者要大的多,同时这一带也是墨西哥文化的发源地,有着深厚的文化底蕴.Puebla的市中心方方正正,大小文化景点有数百个之多,保存的相当完整,几乎你能见到的每一处建筑都会有着悠久的历史,但与国内不同,鲜有景点是收费的,同时因为景点众多,有效分散了游客,很少见到某个景点有人山人海的情况.我们找了离市中心不远的一个旅馆住下以便于游览参观,很小的一个建筑,但也有200多年的历史,服务员告诉我们,他们任何一点改造都需要经过政府的批准,房间非常的古色古香,层高估计是普通旅馆的2倍还多,人呆在里面感觉幽深而空旷!当然价格也一样的惊人,比国内5星级的酒店还要高!
因为有了上个城市的经验,安顿下来后,第一件事情就是去找问询处,要来城市的详细地图,并了解了主要特色景点.因为经典确实太多,无法一一饱览,最后决定坐城市的双层BUS,先走马观花一遍!比较好的是,你可以在重要的景点下车,仔细游览一番后,再坐下一趟BUS继续下面游览.
站在住的房间,看到的街道
半个小时一趟的旅游BUS,一路过去都有经过景点的英文解说录音
中心广场的一个教堂
200年前的大学,现在好象成了饭店和音乐会堂
这个城市最著名的教堂,教堂的设计者还设计了多处其他建筑
这是建在山上的博物馆,我比较注意的是,收藏有2行玉米的原始玉米
各种式样的头盔
远处的火山口
下面是在街头排的一组各具特色的建筑
我们就在这幢古老的建筑下面享用了我们的晚餐,因为这里中心城区的几乎所有建筑都被保护, 所以所有的商业活动都只能在这些建筑里面有限进行,所以往往再出名的商业中心或者宾馆或者餐厅也只有一个小小的门厅.当然在这样古老的建筑里,这样安详的灯光下,悠闲品味着墨西哥的特色食品,欣赏着繁华的夜色,也未尝不是一件惬意的事情!让我想起上次和老板在美国大使馆附近的星巴可喝咖啡聊天,她认为把星巴克开进故宫是一件非常不可思议的事情,与在这样古老的建筑里开餐厅是不是一样性质的事情呢?
生存,保护,和发展,如何在矛盾中统一,值得思考,但好象不是我要考虑的事情!
我们住的房间的卫生间一角
返程的时候,我们决定走高速,再出城找高速入口的过程中,遇到了非常NICE的墨西哥人,
尽管语言不通,但最后竟然决定开车带路告诉我们如何上高速!其实一路上碰到的墨西哥人都很NICE,几乎都很热情,连比带画总能解决我们的难题,或许我们的面孔看起来很新鲜!
不管老人小孩,还是年轻人都微笑的向我们说HELLO.感觉非常的舒服!高速公路穿越了群山,爬上爬下的过程中,所见之处,景色非常的优美,让你感觉汽车在郁郁葱葱的森林中穿行,心旷神怡中忘却了高原的不舒适之感!
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星期一, 11月 5th, 2007
周五是这里的鬼节,加上周末一共有3天假,算一个长周末。领导早就算记好了,计划到100多公里外的两个文化古城,Tlaxcala和Puebla去exploring一下.天气是出奇的好,蓝天白云下,没有秋日的荒凉,而体验的确是生机与活力,一路欣赏的美丽的田野风光,尤其是或远或近的2座雪山或前或后,山顶垲垲的白雪让你不得不感慨大自然的美妙.而右边确实圆桶型的火山口,还隐约能感觉到在喷发过的热气.
古朴而热烈的Tlaxcala
Tlaxcala是墨西哥中南部的一个小城,历史文化悠远,有着强烈的人文气息.而我们正好赶在这个小城的文化节,街道上到处是人,热闹非凡.处处洋溢着节日的气息.尽管一路奔波疲惫,但仍按奈不住兴奋,第一件事情是找一个地方住下来,非常诧异的是,开车饶城转了3圈,问了3家旅馆,竟然处处客满.最后在城边靠近山上的一个旅馆终于找到了住处,旅馆虽然下,但风景很美,后来知道已经达到3星级标准,但硬件设施远没有达到,但价格却早达到了!尽管如此,还是很满意,终于找到个住的地方了.
拉开客房的窗帘,小镇的全景尽在眼前,因为小镇确实不是很大,所以步行也很容易穿越.在路边的小店吃过简单的午餐后,就开始了我们旅行首日的探询之旅!
车窗外美丽的蓝天和白云
远处隐约的雪山在秋天里分外安静甜美
在住的小旅馆小镇全貌尽在眼底
街上处处可见的小斗牛士
正在举行的鬼节祭祀的装饰大赛,沿着中心广场依次摆开,场面很是壮观,这应该是一组中学生选手在向观众介绍他们的作品
小镇广场一角
小镇尽管不大,但到处可见装饰漂亮的免费咨询处,咨询员尽管英文不是很好,但很热情,给我们很大的帮助,尤其是提供了整个城市详尽的旅游图.给我们莫大的帮助,这也为我们下一个城市的探询提供了很好的借鉴,第一件事情就是找问询处!
这也是包括北京这样的中国知名城市需要学习借鉴的地方!
斗牛场上方的女修道院,有着数百年的历史
我们住的旅馆
广场上的英雄雕像
宏伟的教堂
教堂内饰
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