Archive for 12月, 2007


学生也负有抵制不良学术风气的义务(转)

星期六, 12月 29th, 2007

学生也负有抵制不良学术风气的义务

  北帆

  在当前的中国作合格的研究生和博士生导师除了需要带领学生走在本学科最
前沿的追求和造诣外,还需要有抵制各方面压力和诱惑的坚韧。这样的导师所能
得到的最大心理支持和安慰来自于他/她的学生。排除浑浊的环境、奇怪的规定
和落后的制度的干扰,把有潜质的学生培养成符合国际科学界公认的标准的好学
生承载着导师对未来的希望和对中国现实的抗争。在当前中国稀薄的学术正气分
压中艰难地呼吸着的那些导师靠对国际科学界本来面目的了解、靠职业的使命感
和人生的沧桑感、以及靠对学生的期待,坚守着科学精神的底线。这些导师对来
自上面的觉悟没有太多的幻想,对其不觉悟也没有太多的恐惧,但是对于来自学
生的不争气却会感到深深的失望。青年人的长远利益决定了学生应该成为上述导
师客观上的同盟军。而本来应该成为同盟军的人们如果随波逐流或者自甘堕落,
至少不能够为自己的长远利益拿出最低限度的觉悟、勇气和理解同导师一起坚持
未来,那么中国科学所受到的伤害将大于自上而下的干扰。研究生,特别是博士
生应该考虑如何为了长远的职业生涯,利用导师提供的本学科最前沿的视野,把
自己培养成有巨大潜力的人才,而不是设法用最小的投入混到学位,全然不计制
造学术垃圾对科学环境和自己未来的破坏(一旦制造了学术垃圾将永远清除不
掉)。

(XYS20071228)

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本周推荐(37)

星期五, 12月 28th, 2007

补充:PLOS是 Public Libraryof
Science简称,是一种新型的出版学术论文的方式,全部是电子版,没有印刷版,而且采取全新的审稿方式,任何人可以就文章发表评论。顾Public思其义,其全文是免费的,对所有读者!
 
PLOS系列期刊,其中ONE是最近才出现,ONE的意思是综合。在生物领域,biology,和Genetics是质量非常高的两本。
 
当SNP变得越来越流行的时候,我们深刻思考过没有,其和SSR的区别在哪里?进行一般性研究的效果是否有区别?
这篇文章提供了一些经验性的认识!2,3作者竟然分别是我CIMMYT和CORNELL的合作导师!
 
Hamblin MT, Warburton ML, Buckler ES.
 Empirical Comparison of Simple Sequence Repeats
and Single Nucleotide Polymorphisms in Assessment of Maize
Diversity and Relatedness.
PLoS ONE. 2007 Dec 26;2(12):e1367. 
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祝各位朋友节日快乐!

星期三, 12月 26th, 2007

 种田农民在阳光高照,风和日丽的CIMMYT(国际玉米小麦改良中心)祝各位朋友节日快乐!身体健康!工作进步!家庭和睦!
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再见了

星期一, 12月 24th, 2007

明天早上就要离开CORNELL了,不知道还会不会再来!想起这里NICE的人们,不禁有一丝丝留恋!
 
走之前,与ED罕见的长谈了一个多小时,从抗旱的复杂性,到中国的科研进展,感触颇多。颇有孩子王气质的ED,在学术上一丝不苟,并且超自信,但日常生活上总是笑哈哈。你要走了,不会吝啬赞美。和他讨论用他的部分数据合作发表一篇文章,他毫不犹豫爽快答应了,并具体提了几点建议,并连要投的杂志都想好了,提到这里,他想起来了说,中国比较重视杂志的影响因子,所以如果投PLOSONE(很好的杂志,但目前还没有影响因子)不知道有没有意见,我当然不CARE,想起前段时间,国内把影响因子精确到小数点后面3位数,不禁哑然失笑。仅到过中国一次的ED对此如此了解,可见中国对SCI的追崇已经远扬海外!
 
加上上次,差不多在这里呆了7个月的时间,收获颇多,从科研思想,交际能力,到未来发展。几点具体的感受:
 
1)合作非常重要,而且是实质性的合作,取长补短,比较容易出成果。但在国内对这点没有特别感受,应该还有非常大的提升空间。
 
2)基础知识仍然不够。我想这和我们的大学和研究生教育有关,体现在广度和深度都不够。时间没有少花,但并没有达到预期效果。比如生物统计的教学就非常不够(还有如生态,进化等专业基础课都没有开设,不知道现在是否有改观)。这也要求有高素质同时富有责任心的教师群体,而不是一个两个优秀的教师。
 
3)研究生教育的讨论非常重要,尤其实质性涉及具体细节的讨论,包括在课题组内部不同课题组之间,也包括研究生应该开设这样的讨论课,这个我感觉差距太大,这也是我们研究生在具体研究工作常常走弯路的重要原因之一。
 
我们与一流大学的差距当然不仅仅这些,但这些已足以我们花双倍的时间去弥补,而往往事倍功半!
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本周推荐(36)

星期六, 12月 22nd, 2007

转基因技术的升级换代产品?所以转基因的沉默不再是问题?!
或许是革命性的!
 
看看这个观点文章,对从事分子育种,基因组学或者分子生物学研究的应该关注一下这个领域的动向!
 
 Houben A, Schubert
I.
 Engineered plant minichromosomes: a resurrection
of B chromosomes?
Plant Cell. 2007 Aug;19(8):2323-7. Epub 2007 Aug
10.
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饶毅院长回应耶鲁教授对北大学生的批评:诚信乃学术之本(转)

星期五, 12月 21st, 2007

 饶毅院长回应耶鲁教授对北大学生的批评:诚信乃学术之本

  (来自北大生命科学学院网站:http://www.bio.pku.edu.cn/

  美国耶鲁大学生物学教授Stephen
Stearns于2007年秋季在北大为耶鲁到北
大的交换学生上课。这些课程,也接受少量北大学生。

  2007年12月19日,Stearns教授发出一份电子邮件,致修其课的全体同学,
并附寄耶鲁驻北大代表,以及部分耶鲁教授和北大教授。他指出北大有学生出现
考试抄袭行为,表示非常不高兴,并对由此反映的中国一些问题表示担忧。

  北大生命科学学院院长饶毅,是电子邮件收件人之一。当时他在上海复旦大
学出差。饶毅是第一个给Stearns教授(以及在同一邮件上所有收件人)回信的
人。饶毅英文回信的大意是:感谢你提出这个问题。你很了解中国文化和历史,
知道我们过去100多年正从许多困难中恢复过来,包括我们历史上长期崇尚的诚
信,有所缺失。我希望你对我们的学生,对北大,对中国,没有失去希望,因为
希望是我们大家做各种努力,为求建设一个更好大学而工作的基础。

  Stearns教授邮件指出:北大前几年有教授抄袭,这在美国是要被开除的。
针对此问题,饶毅明确回答,在他到任后的北大生命科学学院,如果教授做出这
种违反学术道德的事情来,必定要被开除。

  Stearns教授随后回给饶毅教授和其他人的电子邮件中,表示支持饶毅清晰
而勇敢的陈诉,并重申他很喜欢有些北大学生,而且积极支持他们今后发展,他
没有对北大学生失去希望。

  有一位学生在给Stearns和饶毅的电子邮件中表示自己是无辜的。饶毅回复
该学生和Stearns表示愿意参与他们的交流,看是否有疑惑需要澄清。如果学生
确实做错了,应该改正,并重新站起来。

  饶毅院长回北京后,了解到北大校方很重视Stearns教授的意见,学校教务
处已经在着手调查实情。饶毅向学生工作办公室表示,如果肇事者有生命科学学
院的学生,将积极配合学校和Stearns教授,根据实际情况,实事求是,妥善处
理。

  饶毅表示,即使没有生命科学学院的学生,我们也应该从此事件吸取经验教
训,提高对学生要求。大家可以看到Stearns教授作为一个教师认真负责的态度。
看到犯错误的学生恨其不争,也是因为他对学生爱之心切。

  因为国内学术道德规范还不够健全,饶毅建议老师学生可以参照国外的一些
经验。美国国立健康研究院不仅有原则上的解释,也有具体的例子,有助于老师
学生认识什么是违规。网上链接是:

  http://www1.od.nih.gov/oir/sourcebook/ResEthicsCase...

  对于肇事的学生,饶毅希望:如果真有错,应该勇于承认和改正。但是决不
要因为犯过错误而灰心丧气,一蹶不振。应该以错误为教训,以压力成为动力,
以将来更正过去。

  对于参与讨论的学生,饶毅希望他们理解Stearns的初衷,而不因为某个方
面意见有差异而反对他的主要意见。不能因为有社会原因而原谅校园问题,不能
因为其它学校有问题而原谅北大,不能因为是常出现的事情而原谅一次事件,不
能因为多人舞弊而原谅一个学生。

  饶毅认为:每个北大学生都应该努力成为社会先进的典范,而不是社会落后
的样本。

  对于前来询问的媒体和电邮的其他人,饶毅希望他们既要维护社会公德,也
要考虑广泛讨论所带来的给学生的压力要尽量适当。有必要避免社会过度高压,
导致某个学生因为年青时犯的错误而严重影响其一生。

  饶毅并说明,不久前曾和Stearns教授会面并交谈。饶毅了解到Stearns虽然
是生物学家,却对中国文化和历史早有了解,大学时学过相关课程。他对中国有
些地方、文物、或历史的了解,要多于有些国内大学生。Stearns教授来中国教
课,既给耶鲁学生上课,也教育了北大学生,也了却他的中国情怀。饶毅院长表
示我们应当欢迎这样的国际友人给北大提意见,并继续保持良好的、建设性的互
动。

  饶毅收到有些学生来的邮件,提出学院和北大老师如何改进教学,以避免学
生落入成规。饶毅表示希望从这次事件的讨论中,得到一些启示和建议,推动改
善教育方针和教学方法。

  北京大学生命科学学院
  学生工作办公室
  2007年12月21日

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脸丢到国际上了:耶鲁大学Stearns教授指责北大学生剽窃成风(转)

星期四, 12月 20th, 2007

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脸丢到国际上了:耶鲁大学Stearns教授指责北大学生剽窃成风

翻译:Ent

致2007年秋季我在北京的学生:

今天批阅论文的时候,我又遇到了两例剽窃行为。一例手法老练但是情节严重,另一例则是厚颜无耻得令人难以置信。这样总计就有三名学生因为剽窃而在我的课程中不及格。假如我前些时候没有警告过你们,并给你们一次机会去诚实地改正你们的文章,这种事情还会多好几例。有些同学诚实地告诉了我他们都抄袭了哪些部分,我向他们表示感谢。这些剽窃行为让我非常苦恼,不但因为它损害了你我之间的师生关系,也因为它告诉了我一些关于北大、关于中国的事情,而这些事情是你我都不愿意听到的。
它伤害了我们之间的关系,因为我为了当一名好老师而付出了许多努力。我花了许多时间准备课堂讲授,又花了许多时间给你们的文章写下详尽的反馈。这些工作都很辛苦。你无法想象,当改到第500篇文章的细节的时候你是什么感觉,除非你亲身经历。我做这一切,是为了让你们学会更清晰地思考问题,学会有说服力地表达自己的观点,学会培养自己的理性,锻炼自己理解世界的能力。我做这一切,也因为我珍视你们,珍视你们的想法,而且我想,如果你们都能够清晰地思考、明智地行动的话,这个世界也会变得更加美好。


在以后的人生道路里,你们当中有的人会成为身居要位的领导,我希望你们能够德才均备,因为无德无才的领导者所能带来的可怕灾难,我已经见过太多了。就算不当领导,我也希望你们所有人都能在你们的生命中创造一些有价值的东西,无论你们最后从事什么。而如果你欺骗的话,你是做不到这一点的。

当我所教的学生从别人那里偷窃话语和思想的时候,我感到受了欺骗,心情沉重如同跋涉泥沼。我会问自己,我为什么要给那些存心欺骗我的人上课呢?生命是如此的短暂,太不值得。有比这好得多的事情可以做。

让人不安的是,剽窃已经成为整个中国行为模式的一部分。中国忽视国际知识产权。比如说,复印我的书彻头彻尾违反了国际版权协议,使我损失了收入,对我而言近乎直接的偷窃,然而北大人却对此安之若素。再比如,我只花大约一美元就能在街头和店铺买到DVD光碟,这些碟片在别国要卖上二三十美元。创作它们的艺术家因此损失的大笔收入全是被偷走的,每年几十亿。因为生产劣质商品对消费者造成潜在的健康威胁而不得不召回,中国已经是臭名昭著了。最近美国报纸上刊载的一幅漫画描绘了中央委员会被指责侵犯人权。猜他们怎么回答?“往他们牙膏里搁点东西,看他们还敢吭声不?”经济繁荣的背后,腐败已经成为严重的问题。就拿矿业来说,每年大约有五千名矿工死去,就因为矿主为了省事为了利润而不惜违反法律
。(译注:cut corners 指贬义的抄近道,此为意译。)


矿主的贪婪导致工人死去,象征着社会阶层之间纽带的断裂。天道已丧。

中国似乎已经迷失了她的道路。孔子说过,己所不欲勿施于人。他还说过,人而无信不知其可。(直译是君子有信,不过一时想不起原话是怎么说的了。)
诚实互惠是信任与社群的基础。在一个充满欺诈和背叛的社会中,我们无法生存,这样的世界成了霍布森式的“每个人与每个人为敌”的战争,险恶而野蛮。若是我们不能相信别人发表的东西,我们就没法做科研。谁都没有理由去企图重复一个不可信的结果,不值得费那功夫;而没有重复就不会有经过验证而可信靠、可共享的知识,也就没有科学。没有科学就不会有技术,没有技术就不会有生产力的稳步发展,经济水平的持续增长,也就不会给所有人都带来更美好的生活。

在你们今后的人生里,剽窃将会遇到极为严厉的惩罚。身为研究生如果剽窃,就会直接开除,没有学位。身为教员如果剽窃,就会丢掉饭碗。我知道你们可能不信,因为北大那位把整本书翻成中文就署上自己名字出版的社会学家仅仅丢了行政职务,却仍然保有教授之位和薪水。然而事情在别处并非如此。在美国如果发现有人剽窃,此人的职业生涯可以就此毁于一旦。欧洲亦然。

 

我在北大遇见了如此之多的剽窃,这一事实说明了其它教授和行政官员的所作所为。他们必然是对此颇为容忍,而当发现有人剽窃时,他们未加严厉惩罚就遮掩过去,很可能是因为他们不愿丢脸。假如他们真的施以惩罚,剽窃决不会这么猖獗。

给你们当中一些人上课的时候,我感受到了极大的喜悦。我在这里遇到的年轻的头脑,和世界上任何地方比起来都毫不逊色。你们当中许多人都很勇敢,大部分人都很努力,大部分人都很诚实,有些人相当聪明。然而当我离去时,心情是复杂的。这么多前途无量的中国年轻人认为要靠作弊才能成功,让我十分伤心。比起那些被他们窃走思想的人,和那些被他们用窃来的的话语所欺骗的人,他们伤害得还要多的,是他们自己。

To my students in Beijing, Fall 2007:
While grading papers today I encountered two more cases of
plagiarism.
One was sophisticated but serious. The other was so blatant that
it
was almost unbelievable. That makes a total of three students
who
have failed my courses because of plagiarism.

If I had not warned you and given you the
opportunity honestly to
correct your essays, there would have been several more. I thank
those of
you who were honest and showed me what you had copied.

Plagiarism disturbs me greatly, both because
it corrodes my relationship
with you as my students, and because it tells me things about China
and
Beida that neither you nor I want to hear.

It corrodes my relationship with you because I
work hard to be a good
teacher, I take time to prepare good lectures, and I spend many
hours
providing detailed feedback on essays. It is hard work. You
cannot
imagine what it is like to correct the details of the 500th essay
until
you have done it yourself. I do that to help you
learn to think more clearly, to express yourself convincingly, and
to
develop your intellectual power, your ability to understand the
world.
I also do it because I value you, I value your ideas, and I think
the world
will be a better place when you can all think clearly and
behave
intelligently. Later in life, some of you will be leaders with
important
positions. I want you to be competent and honest,
for I have seen too often what terrible things can happen
when
leaders are incompetent and dishonest. Leadership aside, I want all
of you
to be able to create value in your lives, whatever you end up
doing,
and you cannot do that if you deceive.

When a student whom I am teaching steals words
and ideas from an
author without acknowledgment, I feel cheated, dragged down into
the mud.
I ask myself, why should I teach people who knowingly deceive
me?
Life is too short for such things. There are better things to
do.

Disturbingly, plagiarism fits into a larger
pattern of behavior in China.
China ignores international intellectual property rights. Beida
sees
nothing wrong in copying my textbook, for example, in complete
violation
of international copyright agreements, causing me to lose
income,
stealing from me quite directly. No one in China seems to
care.
I can buy DVDs in stores and on the street for about one US
dollar.
They cost $20-30 outside China; the artists who produced them
are
losing enormous amounts of stolen income, billions of dollars each
year.
China has become notorious for producing defective products that
have to
be recalled because the pose health threats to consumers. A recent
cartoon in an
American newspaper shows the Central Committee reacting to an
accusation that
they have violated human rights. The response? “Wait until they see
what
we put in their toothpaste next!” Corruption is a serious problem
in a booming
economy. For example, in the mining industry, about 5000 miners die
each year
and mine owners cut corners in violation of the law. The social
fabric breaks
when workers die because owners are greedy. The Mandate of Heaven
is lost.

China appears to have lost her way. Confucius
said, do not
do to others what you do not want them to do to you. He also said,
a
gentleman is honest. Honesty and reciprocity are the basis of trust
and
community. We cannot get along in a world filled with deceit and
defection; such a world becomes a Hobbesian war of all against all, nasty and
brutal.
We cannot do science if we cannot trust what others publish. There
is no
reason to try to replicate a result if it cannot be trusted.
It
would not be worth the effort. Without replication there can be no
shared
knowledge that is tested and trustworthy - that is, no science.
Without
science, there can be no technology. And without technology, there
can be
no steady increase in productivity, economic growth, and a better
life for all.

The penalties for plagiarism that you will
encounter later in life are very
serious. If you do it as a graduate student, you can be expelled
from
university, and you will not get your degree. If you do it as a
faculty
member, you can lose your job. I know you may not believe that,
for
the sociology professor at Beida who translated an entire book into
Chinese
and published it with his name on it only lost his administrative
positions
but kept his professorship and salary. But things are not like that
elsewhere.
When plagiarism is detected in the United States, it can end
the
career of the person who did it. That is also true in
Europe.

The fact that I have encountered this much
plagiarism at Beida tells me
something about the behavior of other professors and administrators
here.
They must tolerate a lot of it, and when they detect it, they cover
it up
without serious punishment, probably because they do not want to
lose face.
If they did punish it, it would not be this frequent.

I have greatly enjoyed teaching some of you. I
have encountered young minds
here that are as good as any in the world. Many of you are brave,
most
of you work very hard, most of you are honest, and some of you are
brilliant.
But I am leaving with very mixed feelings. It is quite sad that so
many
promising young Chinese think it is necessary to cheat to succeed.
They
damage themselves even more than the people from whom they steal
and the
people whom they deceive with stolen words.

Sincerely, Steve Stearns

(XYS20071220)

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怎能这么“干”论文(转)

星期四, 12月 20th, 2007

◇◇新语丝(www.xys.org)(xys.dxiong.com)(xys.dropin.org)(xys-reader.org)◇◇

                    怎能这么“干”论文

                        ·方舟子·

    “干”,在闽南话中与国骂谐音,台湾翻译的英美文学作品、
好莱坞电影有时就用它来翻译英语中的粗口。近年来经常在网上见
到有人贴出据称是在大陆某地的超市、餐馆拍到的中英对照的招牌、
菜单照片,“干货”、“干果”、“韭菜炒干丝”、“虾干炒白菜”
等等名称被翻译成英文时其中的“干”都译成了骂人的话,荒谬得
其真实性令人怀疑,以为是用绘图软件制作出来的搞笑作品。

    但是最近有网友发现,许多刊登在国内学术期刊上的中文论文,
其英文标题、关键词、摘要中,“真抓实干”、“干化学尿液分析”、
“干红葡萄酒”、“包干制”、“干密度”、“主干课程”等等名
词中的“干”也都被翻译成了英语粗口。这个英语粗口在英文中是
个登不了大雅之堂、主流媒体避用的禁忌词,万不得已要提到它时
也得用“F词”、“4字母词”或打叉来取代,而在中国学术期刊上
竟然大量出现,而且用得莫名其妙。这个滑稽的现象甚至引起了国
外语言学家、汉学家的注意,成了国际笑话。终于有个汉学家找到
了其原因:原来国内一款流行的中英翻译软件一概把“干”翻译成
英语粗口。显然,那些翻译超市招牌、菜单、论文的人,对英语是
一点不懂,而全盘相信、采用了蹩脚的机器翻译。

    在招牌、菜单中出现这种荒谬可笑的翻译,只不过是个笑话,
但是在论文中也这么“干”,就不仅仅是个笑话了。能写学术论文
的人,都应该是受过高等教育,有一定英语水平的,考研、评职称
英语也是必考的,何以英语水平如此低下,连本专业的术语也要借
助于机器翻译,而且被机器翻译捉弄了也看不出来?自己不懂英
语,为什么不找个懂点英语的人把把关就把论文寄出去了?学术
期刊怎么会不审稿,就让骂人的话原封不动地登出来?出这个笑话
的虽然主要是一些档次比较低的期刊,但是也有的是中科院、科技
部主办的“全国性中央级大型专业学术期刊”。

    这至少反映出两方面的问题。一方面,许多论文的作者其实学
术资质很差,并没有写作论文的能力,只不过为了评职称、得奖金,
所以只好去凑论文应付一下,这样凑出来的论文其质量可想而知,
也就难免会闹出种种笑话。另一方面,国内许多学术期刊已成了赚
钱工具,只要作者交版面费,再烂的论文也照登不误,根本不做审
稿。

    既然写论文成了儿戏,发论文成了牟利手段,论文也就这么被
“干”了。

2007.12.12.

(XYS20071220)

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本周推荐(35)

星期一, 12月 17th, 2007

如何把连锁分析和关联分析结合起来进行QTL分析,显然不仅仅是我的梦想。
 
但迄今没有看到成功的例子,ED说,当我有了100万个标记的时候,就不需要连锁分析了,潜台词是关联分析可以解决一切问题,但反过来说,如果没有呢?(100万个标记的关联分析的问题,见之前的讨论)
 
一个需要逾越的障碍是,如果从统计上解决这个问题,下面的文章提供了一个可以借鉴的案例,尽管是统计方面的文章,但也会让我们看到春天。。。
 
Dupuis J, Siegmund DO, Yakir B.
  A unified framework for linkage and association
analysis of quantitative traits.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Dec 11;.
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过年聚餐

星期日, 12月 16th, 2007

     恩,国外的过年(圣诞)也兴聚餐呢,遗传育种系周五邀请所有老师同学,在CORNELL久负盛名的酒店管理学院的宾馆,共进午餐。自助餐相当的一般,没有什么好说的。与国内的简直太不能相比了。不过比较有趣的是,席间,还有抽奖,而第一位被抽中的竟然是ED.Buckler,害得从CAAS来访问的李MM惊呼,国外也造假啊。:-)不过随着活动的进行,她也不再说什么了,每一件礼品都不一样,也不知道是啥东西,呵呵。
 
ED实验室的人大部分座在一桌,一半中国人,一半NON-中国人。其中巧遇了来自母校的唐氏访问学者,何老师,所以座在一起交流了一下。当然最后系主任不忘出来,总结过去,展望未来。其中告诉大家一个数字:
 
有着100年历史,在世界上最出名的遗传育种系,今年一年,才毕业了4个博士,3个硕士。所以我们要说:
 
“CORNELL遗传育种系太差了,完全比不上我泱泱大国几乎任何一所普通农业大学的一个博士生导师。”
 
 
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