Archive for 01月, 2008


如何评价我们的同行

星期四, 01月 31st, 2008

   之前我曾写过两篇文章讲同一个问题,“如何客观评价一个科学家”。当然,到现在我的观点并没有改变,但还想更具体一点谈谈,如何评价我们搞农业研究的科学家,比如做玉米研究的科学家。中国做玉米(其它作物也一样)研究的科学家一般分为三类:
 
1)纯粹的育种家(或育种工作者),基本依赖传统的经验和手段选育品种或自交系材料;
2)分子育种家,结合分子和传统手段,创造材料,提供方法,或者改造,选育新品种
3)从事基础研究的科学家,玉米仅是其研究的材料或目标物种
 
我们中国目前的现状是1)的人数远大于2),2)又远大于3),评价这三类人(这里指独立当PI8-10年以上的科学家)无非有这么几个标准:
 
1)品种,释放了多少品种或自交系,以及品种或自交系的影响力
2)释放了多少中间材料,这些材料发挥的作用,如他人用这些材料选育了品种或自交系等
3)提出了什么新的理论,方法,或者对育种工作有比较系统的归纳总结,这些都应该在PEER
REVIEW上的杂志上以科学文章的形式发表。育种或分子育种主流杂志包括,crop
science, molecular breeding, TAG, Euphytica, plant
breeding等,这些杂志尽管影响因子不高,但无疑都是育种或者分子育种领域的主流杂志。
4)对于从事基础研究的科学家,其主要评判标准则是文章,不仅要考虑数量,而且要考虑文章所发表的杂志和影响力,植物领域,如PLANT
CELL, PLANT Journal, PMB, Genetcis, PLOS
系列,BMC系列,等(植物领域的主流杂志有许多,影响因子一定程度能反应其水平)
 
如果一个科学家从事独立研究(自己当PI)8-10年以上,在以上提到的4项任何一项都没有什么建树,那么基本可以判定,其不是一个合格的科学家,但这些科学家可能会因为其所掌握的资源和所处的位置而获取大量科研经费,并常常对中国的科学研究指手画脚,但其实其自己就是中国科学发展的最大绊脚石!
 
所以,建议大家,尤其象我一样年轻的学生或者科学工作者,应该根据以上四点来判断一个科学家的学术水平,而不是根据他的年龄或者所处的位置,更不是他所掌握的权力或者经费。
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本周推荐(42)

星期四, 01月 31st, 2008

 记得前些日子有朋友写信询问一因多效的问题,最近TAG上的一篇文章,是华中农业大学邢永忠老师的大作,就是对一个多效QTL的精细定位和分析。有几点值得学习或借鉴:
1)这个QTL是一个重要的产量QTL,控制每穗粒数,同时还控制单株产量,1000粒重等多个相关性状;
2)即使在一个NIL群体里,也不见得所有目标性状都会有明显的分界线而成3:1分离;
3)在有RIL群体的基础上,从中选择合适的家系回交,可以加速削除背景,节约时间,如本研究用的就是BC2F2,与HIF可以互补起来用;
4)如何克隆一个重组抑制区的QTL,尽管本文留了一个大大的问号,但我知道邢老师他们已经克隆了这个QTL,而深入的研究也应该完成,张启发老师在PAG大会有所报告,所以期待持续的深入报道!
5)文章的逻辑和写作也值得学习,简单而明了。
 

Xing YZ, Tang WJ, Xue WY, Xu CG, Zhang
Q.

Fine mapping of a major quantitative trait loci,
qSSP7, controlling the number of spikelets per panicle as a single
Mendelian factor in rice.

Theor Appl Genet. 2008 Jan 25; [Epub ahead of
print]
 
 
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why democracy, please vote for me!

星期一, 01月 28th, 2008

这是BBC跟踪拍摄武汉一所小学,三年级的一个班竞选班长的一步纪录片。
 
竞选在一个小女孩
晓菲,原班长罗雷,另一个男孩成成之间展开。纪录片想通过这样一件普通的事情,通过8-9岁孩子的视角来反应中国的民主。
 
纪录片拍的很好,竞选异常激烈,从才艺展示,同台辩论,到竞选演说,有板有眼,台上台下都在斗智斗法。而不可避免的是,三个小孩的家长都卷进来,为了自己的孩子能胜利,暗暗使劲。成成机灵,善辩,其才华远远超过8岁的年龄,我超级看好,然而,在最后的竞选演说后,罗雷遵照父亲的计划,以中秋节为名义送给所有同学一份小礼物而毫无悬念赢得最后的选举。
 
这就是民主,。。。
 
我由衷感叹的一下就是,尽管是有大人的教导,但孩子们的表现远远超过当初的我!当然这与民主无关!
 
如果大家能上YOUTUBE,强烈建议大家看看:

http://www.youtube.com/watch?v=89VdDDIvihM&feat...
 
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老外看中国:苏州工厂厕所的卫生纸问题(转)

星期一, 01月 28th, 2008

作者 [美]Bill

    最近,一位朋友与我一起用餐时,提到现在中国猪肉以及其他许多东西都在涨价。这让我想起我的另一位朋友,他在一家美国公司驻苏州分公司当总经理。他向我抱怨最近对美国公司总部的失望。事情的起源则是苏州工厂的厕所卫生纸问题。

  据他说,工厂的工人爱浪费卫生纸。每天下班以后,厕所的隔间总是乱糟糟地铺满了几米长的卫生纸。这些卫生纸粘上了地面的水和脏东西,不仅叫人看了不舒服,而且也是一大浪费。

  这位总经理于是召集由中国人组成的管理团队,商讨解决问题的最佳办法。最后大家一致决定定额发放卫生纸:每人每月3卷。如果有人不够,可以提出申请补发。

  中国管理人员的考虑是,这些工人都是二十出头的年轻人,对公司没有责任感。在他们看来,那是公司的卫生纸,而且是一家有钱的外国公司,是来为中国人服务的。只要他们不必自己花钱买卫生纸,想怎么用就怎么用,更不会想到那也许与保护森林有什么关联。

  新规定出来后一切很顺利,效果也不错,不久总部收到了一份苏州工厂员工的调查。在200多名员工中有7人认为,每月限定3卷纸的做法不公平。公司国际部的负责人于是要求总经理迅速重新评估情况,务必令每名员工得到他们需要的卫生纸。

  这位总经理拒不服从。他认为国际部的人在美国,不了解在中国的工人浪费昂贵资源的情况,而且,这个决定也是他在与中方核心团队协商后做出的。

  我把这件事跟在一家台湾公司管理层任职的中国朋友说了。她告诉我,她上班用的都是自己从家里带的卫生纸。可以理解,这是在中国大陆的台湾公司对预算吃紧的一种考虑,可能也看到了身在发展中国家的中国人的浪费的现实。

  许多研究报告都指出,在亚洲所有迅速发展到工业化的国家中,中国是最铺张浪费的一个国家。日本在20世纪60~80年代崛起时期,工业界每两美元产出一美元;韩国在上世纪八九十年代迅速发展时期,每三美元产出一美元;而中国的工业每产出一美元却需要耗费四美元。

  许多这些浪费存在两种形式:腐败和污染。其根源则是缺少责任感。在政府、行业及个人均无一例外。当人人都这样的时候,责任感就退居其次了。

  最终,总部国际部的负责人让步,因为他意识到苏州工厂的卫生纸问题应该由当地的管理层去解决。而且,他也获悉,美国人具有的机会均等的观念,并不适用于今日中国社会的浪费行为。

 

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本周推荐(41)

星期一, 01月 28th, 2008

这是已过9旬高龄的绿色革命之父,NormanBorlaug对过去60年来自己与饥饿作战的经验总结与前景展望。尤其是让我们年轻人更好的认识绿色革命的历史背景。
 
他对生物技术的巨大期望,让我辈充满前行的力量!这篇饱含深情而字字珠玑的总结,让我们对生命不止战斗不息又有了更为直接的认识!
 
“World peace will not be
built on empty stomachs”
 
Sixty-two years of fighting hunger: personal recollections
期刊
Euphytica
出版社 Springer Netherlands
ISSN 0014-2336 (Print) 1573-5060 (Online)

Volume 157, Number 3 / 2007年10月
DOI 10.1007/s10681-007-9480-9
287-297
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高尚的新浪!

星期五, 01月 25th, 2008

 取消了显示最近访客的功能!
 
新浪的伟大是与其无耻和无聊正相关的!
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MAS的一些想法

星期四, 01月 24th, 2008

分子育种主要包括两个方面的内容:1)分子标记辅助选择(或者有人称的分子设计育种);2)转基因。这里谈的是前者。
 
尽管据我所知道MAS成功的案例有很多,尤其在公司有很多应用,但真正发表的文章却很少。目前的MAS文章,主要集中在QTL/基因定位,然后试图通过连锁标记,回交辅助选择来导进目标性状。这是比较初级的MAS,会至少存在两个问题:
 
1)因为重组,丢失目标性状;
2)因为仅根据分离群体的结果,选择的可能不是最好的等位基因而达不到最佳的效果。这个问题比第一个问题更重要。
 
什么意思呢,一个基因可能有多个等位基因,其对性状的增效效应可能会有1,2,3,4级(或者更多级),而任何有差异的两个亲本(其恰巧是最极端的两个级别的概率往往很低),都能定到QTL,但MAS的时候,你只是根据QTL的结果,所以不会达到最佳效果。另外,利用一个分离群体,你定位到的QTL数目也非常有限,也就是说很多基因在你定位的群体里根本就不分离。比如,上篇提到的了LCYE基因,有多达7个功能(显著)位点,仅以4个位点计算,其不同的HAPLOTYPE(等位基因)就多达
9个,最好和最差的差异达到9.2倍,而这还是根据200多的关联群体上计算出来的,如果用更大的群体,理论上会更多。而这个基因在我们的RIL定位群体中,两个亲本就具有同样的单倍体型,QTL定位也就定位不出来。
 
所以下一步的MAS,应该是利用基因本身的标记,而且先要通过关联分析(有人也称之为allele
mining)来找到最好的等位基因,并根据功能位点开发标记(功能标记,关于功能标记的概念和进展,在2007年的作物学报的综述有提到)并结合最好的供体进行MAS。
 
将来的工作,主要是候选基因的功能鉴定,和最好等位基因的寻找。从分子育种角度上讲,一旦我们找到许多这样的基因(每个基因可能要用几个标记来找其最好的HAPLOTYPE),我们就可以把这些标记放到一张芯片上(比如Illumina公司的SNP芯片),然后可以用这张芯片(我们也可以称之为育种芯片)筛选所有候选材料,从而方便知道,我们提供的材料有哪些优点,哪些缺点,从而通过选择性的杂交回交予以改良。从而实现正真的分子设计育种。
 
目前我们正在以VA为模式性状,根据数个基因开发的系列功能标记,实践这一理念。
 
 
 
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蒲慕明所长在神经所2007年会上的讲话(转)

星期四, 01月 24th, 2008

 各位老师、各位同学、各位来宾:早上好!这是神经所第八届年会。在此我们欢迎科大的老师和同学来参加今年的年会,这是神经所今年与科大的第二场交流,今年五月长假期间有些组长已经到科大去举行过一次报告会了,以后我们要继续这样的交流,对双方都很有好处。今天在场的还有我们新聘的研究组组长们,
包括从英国曼彻斯特大学来的王伟、苏塞克斯大学的吴思、还有神经所晋升为组长的章晓辉和黄福德。另外还有两位来应聘组长的:德州大学的孙坚元、冷泉港实验室的胡海岚。他们借年会的机会来感受神经所的情况,我们也要借这个机会来给他们留下全面的印象。

一、科研经费与产出
我先把今年所里的进展大致向大家报告一下,然后谈一个主题 -
就是科学研究的诚信问题。先讲科研经费,实验室要做好工作需要适当的经费,去年的年会报告我说神经所的经费不足,科学院给我们招聘新课题组的经费不够,这个情况今年已有很大的改善。事实上科学院今年发给所有研究所的经费都是大幅上升。这种科研经费一年比一年多的趋势是很明显的。现在的问题已不是经费的问题。现在中国科学家面临的问题是要能在得到足够的科研经费后能做出相当成绩来,向中国人民交代;是要能向国际同行证实,我们有足够经费之后确实也能够做出大量国际一流的、领先的工作。神经所过去几年的科研产出是怎么样的呢?作为一个基础科学研究所,科研产出的评价就是看出了些什么论文,这是最简单、公认的标准。我们看看神经所成立八年以来每年科研产出数量的图表,神经所在今年发表的所有论文,到了31篇的最高峰。其中比较重要、高质量的论文
(Journal of Neuroscien
ce 以上)
今年也到了最高峰14篇。大家可以看到每年的论文数有些波动。一位神经所顾问委员会的委员对我说,今年神经所的高质量论文产出在他看来是不太可能持续下去(not
sustainable)。我的回答是:也许有波动,但是上升趋势是肯定的,事实将证明你是错误的。
当然算数量只是一面,我们的目标不是论文数,而是下面的两个具体目标:第一,我们要有一些实验室能成为世界领先的实验室,有一些组长能成为世界公认的各个研究领域的领袖人物;第二,我们要在神经科学领域有重大的突破。如果我们不能够达到这两个目标,我认为神经所还不能算是真正成功。要达到这两个目标需要大家共同努力,除了要出好论文,还要出一连串有系统性的好论文,都是针对一个重要科学问题的论文,你在这个问题上比别人做得好、做得深入,能够真正把问题解决,才有机会得到重大的突破。有人说重大科学突破是要碰运气的,但运气不是凭空而来的,只有把科学问题做得深入才有机会遇到这样的突破。神经所的几个实验室已经开始集中聚焦、深化科研。如郭爱克老师在果蝇行为的神经网络基础的研究;张旭老师在感觉系统神经肽分泌和受体运输机制的研究;王以政老师TRPC通道功能的研究;段树民老师在胶质细胞和神经细胞的相互作用的研究;徐天乐老师在酸敏感通道功能的研究;罗振革老师在神经元极性形成的研究。
现在看来如果
他们集中精力在一个重要方向,坚持做出一连串的有相关性的成果,都有可能达到世界领先的地位,因此我上面说的目标是可以达到的。虽然很难预测神经所什么时候能取得重大科学突破,但是我有信心神经所迟早会取得有重大意义的突破,这只是时间的问题。

二、集中科研方向、加强合作交流
我再谈谈集中科研方向的问题。神经所最近对2005年后成立的实验室进行了工作进展评审,基本上我的印象是大部分实验室的研究精力分得太散、问题做得太多、不够集中。也许有些组长认为他现在还不知道要聚焦在哪一个问题上,所以就分散,等找到重要的问题后再集中,但是这个分散情况能越早改过来越好,因为很多时间、精力、经费可能都会被浪费掉。当然每位科学家都有他自己的风格,有的科学家喜欢一辈子就做一个问题,越做越深,
把一个问题弄得清清楚楚;而有的科学家则喜欢同时做很多问题。后一种风格要求你有足够的能力、精力和经费,通常不适合刚起步的科学家。事实上,没有任何限制地允许你同时做许多科学问题的时代可能已一去不复返了。现在的趋势是分工很细,每位科学家必须找到他自己的生存空间,在这种情况下,早些聚焦科研方向有利于占领你自己的生存空间。
当然很多实验室都面临一个实际的问题,那就是我们的学生都希望有自己的课题,有一篇自己的论文,第一作者的论文。结果就是很多实验室里形成了许多小的、分散的课题。我希望每个实验室都认真考虑怎样联合同学们在一起合作做课题。为什么要强调合作呢?同学们之间的合作有许多好处:第一,
你可以钻研比较难的问题,一个需要较多人力、多种手段才能解决的问题;第二,通过合作可以跟其他同学有更多的交流、互相影响。每位同学、每位科学家都有自己的长处和短处,怎样从别人那里学到长处、清楚地知道自己的短处,这是一个科学家成长过程中最重要的一面。单独工作、闭门造车不是做科学的好方法。其实我认为一个科学家在他早期的学习阶段,学会跟别人交流比出文章更重要。第三个合作的好处是看得见的实际的好处,就是可以出好论文。也许第一次合作你不是第一作者,但如果贡献足够多,你有可能是共同第一作者。神经所从开始时就强调两、三个同学一起出一篇好论文,都可以做有相同贡献的共同第一作者,都可以毕业。简单地说,假如我要考虑博士后的申请者,一个同学是一篇非常好的文章的第二作者,还有另外一个同学是一篇不怎么样的文章的第一作者,我宁可要前一位做博士后。虽然他不是最大贡献的作者,但是他通过跟其他同学的合作,受到怎样做高质量工作的洗礼,他的标准和对高质量的科学工作的理解也是不一样。这样的同学是更有吸引力的。第一次合作你不是第一作者,第二次合作你可能就是第一作者,你可以出好论文,也学会了跟别人交流、合作的能力。

上面讲到的合作的益处同样适用于实验室之间的合作。合作并不应只是简单地提供技术、样品、或试剂,实验室之间合作应包含更广义的科学交流

交流想法和见解。在神经所已开始出现几个实验室合作做课题的现象,我希望那些有合作的实验室可以在一起举行定期的联合组会,以期达到更有效的交流。最后,科研合作通常都会出现怎样分享成果(credit)的问题。
这个问题常常成为长期合作的障碍。我们知道很多合作不成功的例子就是因为分享credit时意见不合而散伙。从我的个人科研生涯来说,我与许多实验室有过合作,也得到了很多益处。我学到了二个道理:第一、在合作时很难量化每个人在合作中的贡献,使每一个人对所得到的credit都满意。第二、从长远来说,
从科研合作中得到最大受益的常常都是那些在分享credit时不斤斤计较的人。

三、研究生教育
下面谈谈研究生教育的问题。神经所的成功毫无疑问有很大部分要归功于我们的研究生,研究生的质量在很大程度上也将决定神经所的质量和声誉,所以我们特别强调研究生的教育。神经所的组长们花很多时间在听同学们的报告
-
年度工作进展报告、转博报告等。我很高兴看到我们同学报告的质量是逐年上升。但还有很多缺点,包括表达、逻辑思考、图表制作、英文写作各方面的缺点。我们要求工作进展报告用英文写作,但常常有错字及文法错误,其实只要按几个键就可以把错字挑出来,细心琢磨一下就可以修正文法,这些事情都没有做到,都是需要改进的。还有一个缺点,就是缺乏接受别人意见的能力和习惯。在听报告时我们的老师常常是非常严厉的、非常尖锐的、不客气的,当面指出实验上、图表上的问题。前天晚上的谈心会,有个同学抱怨说,
我做了一年的工作,老师说“没有意义”一句话,全部给打翻了,许多同学感到极度沮丧。老师严厉的批评是求好心切、望子成龙的心情造成的,假如批评过分严厉,同学回去也千万不要沮丧,工作也做不了。这个问题我们老师们也要考虑一下,我们的批评有没有正反馈?是否要改进我们的批评方?
我希望同学们不要把老师在报告会上的批评当作对你个人的评价,这是对你的工作的批评。每个人的科研能力都是训练出来的,没有人天生就有非常强的科研能力。只有通过接受别人的批评,好好的改进自己,能力才会越来越强。有些同学对别人的批评的反应都是防卫性的
– 有人说你错了就立即想用各种方式辩说你是对的,这种反射性的反应、没有通过思考的反应是一个科学家最忌讳的事情。不经过思考是否别人的批评可能是对的,只想怎样反驳他,用抬杠的心理来回应。我们有很多同学还要继续学习怎么样接受批评。当然我们也要学习怎样批评别人,这也是同样重要的。
在这里我再次重申培养与同学和老师交流能力的重要性。一个能够跟别人很好交流的学生,将来很可能就能成为一个好的科学家。交流不是单向的,要能问问题,能问好问题,还要能恰当地回答人家的问题,人家问你时要回答,人家有反驳时你要再回答。这个交流要通过思考,面对面的时候要能够通过逻辑思维来应对这种交流,这种能力是一个好科学家必须具备的,也是需要长期锻炼才能具备的。所以我不断地要求大家要问问题,这是第一步。你在研讨会上、在听报告的时候,不是就是坐在那里听,你要想有什么问题等一下我可以提问。我已经要求每位同学每年至少问一个问题,今年问过问题的同学请举手……我看到还不到一半。我们研究生年度工作进展报告的时候,我要问你今年问了什么问题,得到了什么回答。这几天的年会也是问问题的好机会。
这里还有一个非常重要的事情,几个月前我请组长们在各组组会的时候,告诉每一位实验室成员怎样仔细写实验记录本。每个实验室的要求不一样,可能采用不同的方式记录实验过程的结果,所以我请组长们在组会的时候要讲清楚,大家照着各个实验室的规定去做。从今年开始,我们的论文工作进展报告和转博考试都要检查实验记录本。现在我还要请各位举一下手……组长已经告诉你怎么写实验记录本的请举手…..
有些组已经做到了,有些组还没有做到。所以没有讲的组下个星期组会都要讲一下,包括实验样品、实验过程、实验数据等该如何记录,讲得越详细越好。
现在,我以沉重的心情告诉各位今年神经所发生的一件大事。今年5月14日国外一个著名学术刊物Journal
of Clinical Investigation (JCI)
的主编给生科院和神经所发了一份信,指出神经所一个实验室向该杂志投送的一篇论文中有一个图是“blatant
manipulation”,方式是把文章里面的图8B左右翻转以后用作为图6D。他们请专家进行检验,专家确认“there
is no doubt that the identical bands were represented in both
figures”。收到该研究组长转发给所里的信后,我们立即要求生科院组织了一个包括生科院领导和所长在内的调查委员会。由调查委员会聘请了一个工作小组进行调查,工作小组包括了我们神经所和外所的五位组长。每位调查小组成员被要求分别调查原始实验资料、判断这件事情到底是怎么回事,然后再聚在一起讨论。最后经过五次集体讨论、并与当事人交谈后得出了结论。以下是调查小组的主要结论:
结论一: 论文手稿原始的实验记录不够规范;
结论二: 图8B的Western
blot实验结果的原始胶片显示多条带,且实验结果的pattern不总是完全一样;
结论三:
图8B的原始胶片最右侧的一个泳道有一条明显的条带,但是其左侧紧邻的四个泳道在以“镜像”被当作图6D时这条带没有了;
结论四: 图6D 所含内参照actin
的pattern是由8B的actin移位一条泳道所造成;
结论五:图6D和图8B的实验原始胶片上分子量标准、实验日期以及样品名称标注不清,因此无法判定胶片确实来自某一实验或某一组样品。
调查小组的最终结论是图6D系取自图8B实验的原始胶片,该图是作者将图8B实验的图像左右翻转与截取后的结果。这部分结果的展示严重失实,JCI编辑对手稿中图6D/8B的指控成立。
调查委员会收到工作小组的报告后,认定工作小组的调查是可靠的。神经所的全体组长开会决定建议生科院取消这位同学的学位。该研究组长虽然不知道这位同学伪造该图的具体情况,但是他在手稿送出之前,没有仔细查看原始资料,所以这位组长有失察责任,所里对他也进行了相应(减少工资和运行费)的处分。取消这位同学的学位的决议我们已在四个月前上报到生科院,现在我们仍在等待生科院的决定。因为这件事情使我想到科学诚信的重要性。虽然这种事情在世界各国的许多著名大学都发生过,但如何处理好这类事件已越来越重要。因为我们要做严谨的科学,要保持神经所的声誉,这种事情是绝对不能够再出现了。所以我今天想详细讲一讲什么是科学不端行为。

四、科研不端行为(research misconducts)的定义
因为科研不端行为不断地出现,美国在九十年代经过各种国家机构历时好几年的研讨后,定下了一个大家公认的科学不端行为的定义,这个定义是比较全面的。描述如下:科研不端行为定义为在提议、执行和评审科研时或在报道科研结果时有伪造(
fabrication)、不忠实(falsification)或剽窃(plagiarism)行为。
(所谓”F F & P” 三种科研不端行为) 。
科研的定义包括所有科学、工程和数学领域内基础、应用和示范性研究。伪造(fabrication)就是无中生有地伪造实验结果,并记录或报导这些结果。不忠实行为(falsification)就是操纵科研材料、仪器或实验程序,或改变、省略数据或结果,使得科研结果不能准确地表现在科研记录里。科研记录定义为包括在描述与科研探索的事实真相有关的数据或结果。例如实验室记录本(包括实物或电子形式)、科研计划建议书、科研进展报告、摘要、论文、口头报告、内部书面报告、以及科研杂志文章。
剽窃行为(plagiarism)就是以未适当说明来源的方式,掠取别人的想法、程序、结果、或文字。包括在评审有保密性的科研建议书或论文文稿时获取的。
但是要注意一点,科研不端行为不包括无意识的过错(honest
error),或者个人意见上的不同(differences of
opinion)。当一个事件发生以后,要判决这一事件属于科研不端行为必需符合以下三个条件:(1)
该行为与科学界公认的、为保持科研记录真实性的准则有足够的差异;(2)
该不端行为是有意识的,或是不顾后果地不在乎公认科学行为准则;(3)
该行为是可被占优势的证据所证实的。
上面所讲的最近所里所发生的这一事件,工作小组和神经所断定这是属于科学不端行为是基于上面所说的三个标准。因为“制作”
图6D需要三步骤:左右翻转图8B、切掉一条泳道、移位参照蛋白actin。这不可能属于无意识的过错行为。从实验室原始实验记录本上得到的证据也明显地说明“制作”出来的图缺乏原始数据。

五、灰色地带的科研不端行为
直接无中生有地伪造科研结果在科学界并不多见,尽管这种事件被曝光得最厉害。这种伪造欺诈行为在其他任何行业都有,是明显的犯罪行为,后果是非常严重的,是很少人敢冒险的。所以这种科研造假行为我今天就不多谈了。我想谈的是具有隐蔽性的科研不端行为,或称灰色地带(gray
zone)的不端行为。科研不端行为与无意识行为或不良训练造成的过失是有区别的。所以我希望今天能把这种灰色地带的问题说清楚。灰色地带的剽窃(gray
zone
plagerism)。最明显的剽窃就是把人家的文字、文章复制,当作是你自己的东西来发表,不注明引用出处。然而,另外还有一种极为广泛的、灰色地带的剽窃行为,
就是偷窃别人的想法、方法、结果或重复别人未发表的实验或结果,当作自己的成果发表。这种剽窃常常是很难断定的,是灰色地带的问题,为什么?就是有人争论说这是科学竞争。虽然我听到你说过这个想法,但是我也有可能独立思考得到同样的想法,你不能证明这个想法不是我自己脑中想出来的。此外,有些人认为当别人的工作还没有被发表,我就有权利去“重复”别人的工作。只要我收集到我自己的数据,我就可以发表我自己的文章。我只要做得比你快,做得比你好,文章发得比你快,你就只能接受竞争“失败”的现实。有些人认为尽管事实是也许你有这个想法或开始这个实验比我早,我获得这个想法是因为我在会上听到你有关尚未发表结果的报告,我是有权利去做这个实验。的确不错,没有人可以阻止别人去做相同的实验。但是,科学界有约定俗成的道德标准。一种合乎科研道德的方式应该是这样的:如果你真正对同一科学问题感兴趣,并且你认为你的工作会做得更好,你应该首先与那个已开始着手实验的人交谈,并告诉他你对这个问题感兴趣,询问他是否介意你也做同样的科学问题。也可以问他你是否可以和他合作共同探索这一科学问题(比如说你可以提供另一种实验手段)。他可能同意,也可能不同意。假如是不同意,你最好停止你的实验,因为他已经在做这个实验。如果你认为你能完成更多的他无法做的实验,你可以问他是否打算做那些另外的实验,他是否介意你去尝试一下。即使你得不到同意,你依然可以去做这个实验,如果你不介意和他(或他的朋友和同事)的关系受到伤害,因为你恶名将会被口口相传。假如你已经告知他你将做同一个实验,这可以说是公平的竞争。应不属剽窃,因为很难有足够的证据说你自己原没有这个实验的想法。反过来说,当知道了别人的想法或发现后,你秘密地完成这些实验,尽快地发现实验结果。我个人的意见是,即使你告知他你完成了你的工作并准备投稿或提议和他的文章共同投送,我仍然认为这是不合科研诚信的行为。这是因为你侵占了别人的credit,并破坏了科学交流的精神。我们常听说有些人听了别人的报告后,立即用相同的手段做同一个科学问题、而且不告知当事人,他们认为这不是什么诚信的问题。但是从长远来看,科学界是公正的,对那些常做灰色地带有剽窃行为的人,大家都有共识,最终会鄙视他。他的科学生涯会因此受到影响和限制。
现代科学界,许多人(包括一些刚进入该领域的年轻人)可能认为现在的科学就像做生意一样,你必须使用商业竞争手段。在你出产品前(发文章之前)要隐藏你的商业机密(想法)。然后你要不择手段地去“销售”你的产品(发现),包括夸张、不忠实、甚至欺骗,为了是要能发表文章,最好是发表在高档杂志上,这样你可以得到名利。要在商业界想成功,你必须是非常有侵占性(aggressive),用一切可能的方法得到最大的credit。有人认为很多科学家(包括一些著名的科学家)就是这样做的,为什么我不能这样做呢?这些对科学研究的扭曲的观点正威胁着传统的科学精神。如果这些扭曲的观点得以盛行,从事科学研究将不再是你我值得骄傲的职业。
我认为最严重的科研不端行为就是现在日益蔓延的灰色地带的不端行为,这些行为正严重地威胁着科学的核心精神,也就是对追寻自然界真理有共同兴趣的科学家之间的自由交流的精神。因为许多灰色地带的不端行为的存在,科学交流变得日益困难,因为你必须小心你的想法可能被“偷窃”。当你有一个想法时,你就想有“知识产权”。知识产权这个概念原来不是科学界的,科学知识应是全人类共享的,只有商品才有产权。现在因为有很多剽窃行为,像商人做生意一样的欺骗行为太多了,在科学界也变得商业化,要谈知识产权。
然而,知识产权这个概念与自由科学交流的精神是直接相违背的。绝大多数科学想法不是从真空里产生的,是在交流中产生的,你的想法刚产生时常是半生不熟的,经过交流你的想法会变得成熟,各种可行的实验也变得更清晰。你可能有一个原始的想法,经过讨论,别人帮你修正了一下,使想法变得更好。我认为在科学上真正是original的想法是很少的,因而要求一个想法的“知识产权”在理想的科学世界里是不恰当的。然而,当今社会仍以贡献的大小来分配报酬,由于不同的科学家对这个想法和它的实验论证有不同程度的贡献,必须给予那些做出贡献的科学家恰当的credit。因此在发表你的想法或实验结果时你应有恰当的引用或答谢。现在许多人有这样的倾向:就是不恰当地强调自己的贡献而淡化别人的贡献。严格来说也应属于灰色地带的不端行为。
灰色地带不忠实行为(gray zone
falsification)。我再讲讲不忠实行为。首先要和科研操作无心的过失区分开。不知道怎么样去采集数据、分析数据、表述数据,犯了错误,这个性质是不同的,这叫做过失,
你不知道这样做是不忠实的行为。但是如果你明知故犯,性质就完全改变了,
是不忠实的行为了。首先,我讲讲什么叫做操纵(manipulate)数据,就是已经得到的数据,你选取你想要的结果,而且只要符合你的假说的结果,这个是最常见的灰色地带的不忠实行为。做任何实验,得到的数据结果常常不是你想要的,是否你可以想一个理由说这数据是不合适的,就忽略不计?
实验数据是否可以选择?选择有怎么样标准?没有哪个实验一做就可以得到很漂亮的结果。只有在你的实验技术不断提高、实验数据逐渐变得可靠后才会有漂亮的结果出现。在怎样的情况下你怎样处理你的实验结果?
所有这些都是灰色地带的问题。做科学严谨和不严谨之间的差别,就要看你对这些灰色地带问题自己把握的标准。假如你忽略不计一些数据,认为这样的省略恰当的,请注意你是不是在自己欺骗自己?我认为除非你能真正说服你自己,也能说服别人这些数据可以忽略不计,否则你在描述你的结果时应该包括所有的数据。
如果你得出的结论是非常重要的,你最好先确认一下你是否被你自己被有选择性地挑选数据所误导。在科学史上,人们常常引用孟德尔(Mendel)的例子,他可能排斥了一些计算豌豆的数据以得到支持他遗传学定律的数字。还有测定电子的电荷量的密利根(Milikan)的例子,在他做油滴实验时,在推论电子电荷量时没有理由地排斥了一些不合他设想的数据。事实是孟得尔和密利根的结论最终都是对的。你认为你有他们的洞察力或运气去选择数据来满足你的假说吗?历史上还有多少人因为冒险选择数据而被误导呢?
近来在生物界另外一个日益普遍的问题就是图像处理上的不忠实行为。在用电脑数字处理图像时、使用软件(如photoshop)改变你的图像,以达到你所希望看到的实验结果。最近神经所发生的事件就是最明显的例子。三个月前我寄给神经所所有的老师和同学的一篇文章,是JCB
(Journal of Cell Biology)
编辑写的有关实验图像怎样正确处理的文章,这里我还要请大家举手,从头到尾读过这篇文章的请举手……。还有很多人没有读。
我今天就在这里把这篇文章的主要要点跟大家总结一下,很快的讲过去。JCB
定下了这些图像处理的规矩,比其他许多杂志更彻底。现在很多杂志
(包括Neuron等)都遵照JCB 定下的规矩。下面我具体概述一下
(下从略,见Rossner, M. & Yamada, K.M. What’s in a picture?
The temptation of image manipulation. J. Cell Biol. 166, 11-15,
2004)。

六、 为什么要做科研不端行为
为什么有人要做科研不端行为?原因很简单,为了要得到学位、要得到经费、要晋升、要得名得利。对他们来说,不端行为似乎是一条“捷径”。当然,在任何行业都有不端行为,
但是科学是最不合适做不端行为的。因为做科学的目标就是要找真相,科学这行业也就最不能容忍不端行为。
但是你说我现在为了短期的目标,就冒一点险吧,在灰色地带稍微做一点不端行为。只要我达到短期目标,将来我不做了,我成名以后就不做了。问题是如果你希望呆在科学界,任何不端行为都可能成为你学术生涯的污点,从而阻碍你的发展。如果你的发现是重要的,那么它必须要经得住时间的考验,任何与这个工作有关的错误可能都会被发现。重要的工作别人一定会去重复,不真实的话你就成不了名。即使你成名了以后再被发现,那就是类似黄禹锡得到的结果。
最后值得强调的一点就是在当今社会诚信的重要性。丧失诚信已成为当今社会非常严重的问题。我们这些正从事科学研究的人应该成为社会诚信的柱梁,因为追寻自然界(包括人类社会)的真理是我们的工作。那些不能认同诚信的标准、不认同做科学的目标就是探索真理的人,最好离开科学界,因为这真的不是合适的职业。你很难从你的职业中得到乐趣,事实上你的生活将是痛苦的。因为一个科学家得到的报偿并不只是发表文章或是与你研究成果有关的物质上的好处。在很大程度上,做科研真正的乐趣是在找自然世界真相的过程中得到的乐趣。背离诚信将最终剥夺你可能从做科学上得到的乐趣。也许这种真正的乐趣不是刚开始做科学时都能体会得到。事实上,在艰苦的科学生涯里能持续下去,需要你能享受追寻真相的每个过程,就是在你做科研的时候每一个步骤、每一个星期、每一个月得到的进展,
得到对自然的认识,哪怕是非常小的认识,都是乐趣的源泉。假如你完全不能领会这种乐趣,只有最后的成果(论文或毕业证书)才能使你快乐觉得有回报,这回报需要化的时间太长了,太辛苦了。希望各位想想这个问题,可以慢慢体会吧!最后,今天谈的是我在所有年会讲话中最严肃的话题。我认为现在是我们必须认真思考科
研诚信问题的时候了。为了我们的科学生涯,为了神经所的未来,为了国际科学界关注的中国科学的未来,我们必须坚守最高标准的科学诚信和道德。我想到生科院的座右铭:砺志求真,笃学明德!砺是磨砺的意思,磨砺志气、磨砺心志;笃学,踏踏实实做学问,锲而不舍的做学问;明德,阐明自己的道德,净化、修炼自己的品德。希望大家以这座右铭共勉!
今天我就讲到这里,谢谢各位!

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本周推荐(40)

星期五, 01月 18th, 2008

hot paper is out!千呼万唤,前天和昨天知道BBC和CNN分别采访了两位联系作者!(当然,在这篇文章,我的贡献微小,如前所提到的,是最不重要作者,全文已经放到公共信箱)
 

Carlos E. Harjes, Torbert R. Rocheford, Ling Bai, Thomas P.
Brutnell, Catherine Bermudez Kandianis, Stephen G. Sowinski, Ann E.
Stapleton, Ratnakar Vallabhaneni, Mark Williams, Eleanore T.
Wurtzel, Jianbing Yan, and Edward S. Buckler
Science 18 January 2008: 330-333.


http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/319/...

 

这是差点被当作封面的图片:-)

这篇文章有意思的地方在于:对一个QTL(这个QTL控制PRO-VA的含量)进行了克隆验证,这个克隆不是传统意义的图位,或者转座子的方法,而是结合关联分析,连锁分析,表达分析和突变体分析多方验证。

其有意义的地方在于为解决VAD(vitamin A
deficiency)提供了一条新的途径。文章中开发的3个功能分子标记,很容易用于分子标记辅助育种研究,而事实上,包括illions
大学,CIMMYT和中国农业大学在内的多家机构已经在用这些标记进行VA的MAS研究。关于MAS,正是我以后要谈的。。。

这是刚刚收到的BBC的报道:

A team of
American researchers has developed an economical approach on the
selective breeding of maize with increased levels of vitamin A
precursors. Maize is an essential part of diets of millions of
people around the world, especially in the sub-Saharan Africa.
Improving the vitamin A content of maize may help enhance the
nutritional status of millions of people from the developing world.
Dietary vitamin A deficiency is estimated to cause eye disease in
40 million children each year and places 140 to 250 million at risk
for health disorders.

The
scientists employed a technique called quantitative trait loci
(QTL) mapping, to identify specific regions in the maize genome
that influence the production of vitamin A precursors. They also
used association and linkage mapping, which involve studying
specific gene sequences and tracking their inheritance pattern, to
determine which gene coincides with increased provitamin A levels.
They discovered that variations in a specific locus (site in a
chromosome) alter the cascade of chemical reactions that produce
vitamin A precursors. Selection of favorable form of this locus, by
marker assisted selection, may enable developing-country breeders
to effectively produce maize grain with higher provitamin A
levels.

Read more
at http://www.news.uiuc.edu/news/08/0117maize.html
The abstract of the paper published by the journal Science is
available at http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/319/5861/330

审稿人几尽溢美之辞,而没有任何重大修改就接受了改文章:

This manuscript describes a thorough, innovative
and compelling study combining a variety of molecular genetic
techniques ……The study is an early and outstanding
example of the use of association mapping in plants and the problem
that the work is directed at, provitamin A content of world staple
crops, could not be of higher significance, relevance or
importance. ……

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为什么增肥容易减肥难!

星期四, 01月 17th, 2008

我要减肥,相信是不少妙龄青年男女的口号,也是不少现代城市人的烦恼!
 
市场上与减肥有关的药物或者产品远远多于增肥的,同是使体重发生改变,那为什么减肥要比增肥难的多呢?这是一个有趣的科学问题!
 
最新一期的BMC
genetcis杂志的一篇文章,试图回答这个问题,研究者用了1977敲除小鼠家系(BTW:
Knockout
技术获得了2007年的诺贝尔奖)。我们知道敲除小鼠的基因很容易导致死亡,所以他们只统计那些活着的后代,大约31%的小鼠的体重变轻了,而增重的只有3%。这也意味着影响减重的基因远比增重的基因多。
 
作者估计大约有6000个基因影响老鼠的体重,这个数字是小鼠总基因数目的1/4.这也为我们艰难的减肥之路提供了生物学基础!
 
这个结果或许对许多需要减肥的朋友来说有点悲伤,但对科学研究者来说,未来则更需要小心,对复杂性状,可能要多个基因在一起才能起作用!
 
全文见:

http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2156-...
 
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