种田农民

分子育种主要包括两个方面的内容：1）分子标记辅助选择（或者有人称的分子设计育种）；2）转基因。这里谈的是前者。

 

尽管据我所知道MAS成功的案例有很多，尤其在公司有很多应用，但真正发表的文章却很少。目前的MAS文章，主要集中在QTL/基因定位，然后试图通过连锁标记，回交辅助选择来导进目标性状。这是比较初级的MAS，会至少存在两个问题：

 

1）因为重组，丢失目标性状；

2）因为仅根据分离群体的结果，选择的可能不是最好的等位基因而达不到最佳的效果。这个问题比第一个问题更重要。

 

什么意思呢，一个基因可能有多个等位基因，其对性状的增效效应可能会有1，2，3，4级（或者更多级），而任何有差异的两个亲本（其恰巧是最极端的两个级别的概率往往很低），都能定到QTL，但MAS的时候，你只是根据QTL的结果，所以不会达到最佳效果。另外，利用一个分离群体，你定位到的QTL数目也非常有限，也就是说很多基因在你定位的群体里根本就不分离。比如，上篇提到的了LCYE基因，有多达7个功能（显著）位点，仅以4个位点计算，其不同的HAPLOTYPE（等位基因）就多达
9个，最好和最差的差异达到9.2倍，而这还是根据200多的关联群体上计算出来的，如果用更大的群体，理论上会更多。而这个基因在我们的RIL定位群体中，两个亲本就具有同样的单倍体型，QTL定位也就定位不出来。

 

所以下一步的MAS，应该是利用基因本身的标记，而且先要通过关联分析（有人也称之为allele
mining)来找到最好的等位基因，并根据功能位点开发标记（功能标记，关于功能标记的概念和进展，在2007年的作物学报的综述有提到）并结合最好的供体进行MAS。

 

将来的工作，主要是候选基因的功能鉴定，和最好等位基因的寻找。从分子育种角度上讲，一旦我们找到许多这样的基因（每个基因可能要用几个标记来找其最好的HAPLOTYPE），我们就可以把这些标记放到一张芯片上（比如Illumina公司的SNP芯片），然后可以用这张芯片（我们也可以称之为育种芯片）筛选所有候选材料，从而方便知道，我们提供的材料有哪些优点，哪些缺点，从而通过选择性的杂交回交予以改良。从而实现正真的分子设计育种。

 

目前我们正在以VA为模式性状，根据数个基因开发的系列功能标记，实践这一理念。