本周推荐（44）
| 02月 20th, 2008 | by zhongtiannongmin |
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一个高油QTL的图位克隆，是先锋公司的杰作，之前就看到这篇文章的草稿，看来是投SCIENCE被拒，不过NATURE
GEN也不错。联系作者将会在玉米大会上报告这一结果。
GEN也不错。联系作者将会在玉米大会上报告这一结果。
Zheng P, Allen WB, Roesler K, Williams ME,
Zhang S, Li J, Glassman K, Ranch J, Nubel D, Solawetz W,
Bhattramakki D, Llaca V, Deschamps S, Zhong GY, Tarczynski MC, Shen
B.
Zhang S, Li J, Glassman K, Ranch J, Nubel D, Solawetz W,
Bhattramakki D, Llaca V, Deschamps S, Zhong GY, Tarczynski MC, Shen
B.
A phenylalanine in DGAT is a key determinant
of oil content and composition in maize.
Nat Genet. 2008 Feb 17 （全文放到了公共信箱）
of oil content and composition in maize.
Nat Genet. 2008 Feb 17 （全文放到了公共信箱）
有几点comments,希望大家有兴趣的来讨论讨论：
1）这个基因非常大，我查了一下基因组序列，大约有6.4KB，而且我认为文章中关于8个外显子的说法也不一定正确（谁有时间和兴趣可以精确比对一下，而只产生一个氨基酸的插入而且在最后一个外显子，而且没有大范围的自然变异检测，我觉得比较的武断。因为首先不知道这个基因的LD如何，所以无法排除LD导致，也不知道是否有其它重要的变异。
2）插入导致油分升高，在所有野生玉米材料中都具有插入，也就是说，至少在这个位点，野生种都是高油的，而这种选择只是最近才发生，有两个问题值得考虑：A：为什么在选择过程中，会向低油方向发展（如果是随机的，那就说明这个基因没有发生正向选择，文章没有做这个分析），B：这个缺失的频率非常高，接近40%，最近发生的选择为什么能如此迅速达到平衡？
3）谁有兴趣分析一下，为什么之前这个基因在全基因组水平的关联分析中找不到（那篇文章我推荐过，发表在MGG)？
我个人推测，还应该有其它重要的变异，与B73基因组序列比较，也显示存在其它变异，尤其在第一个外显子和5′UTR区域，如去年PNAS
关于开花QTL
VGT1，ED 实验室就发现有新的变异起更重要的作用。
关于开花QTL
VGT1，ED 实验室就发现有新的变异起更重要的作用。
现在我做的一个基因，在不同群体中其功能位点就不一样（这个结果我将在玉米大会上报告，有兴趣的可以去看看）。
所以我建议，那位有兴趣的同学，可以测测B73和BY804全长的序列，陈老师群体的双亲也可以测测，看看是否存在同样的变异，如果存在，看是否存在新的变异？如果发现新的变异，却是值得继续研究的一个问题。比如评估一下LD，如果大于1KB，我则认为，值得在我们关联群体里深入分析一下。建议测测第一个外显子，和5′UTR。