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| 04月 8th, 2008 | by zhongtiannongmin | 1 Star2 Stars3 Stars4 Stars5 Stars (No Ratings Yet)
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 关联分析的一个巨大挑战是：当你有大量的标记和性状的时候，如何分析数据．以前我以为，或许到million的SNP,这个问题才可能出现,我现在仅仅是1500个SNP,400个性状组合,在服务器上用MIX
MODEL算了其中的24个性状组合,花了10天还多.这样一来,估计算完所有的得数月之久.
 
这个数据组合规模显然不是很大,所以如何再增加几个数量级,我们将一筹莫展.
 
最近GENETCIS的一篇文章提出了一种解决方法,称之为
EMMA,说可以解决这个问题,对TASSEL存在的问题有很好的解决,当我试图去找原代码时,发现还在建设中…
 
不过文章中有很好的对比结果,同时对MIX MODEL中 (Yu et al,
2006)提出批了几个疑问,其中对KINSHIP的算后的处理我也存疑已久,不过还没有理解文章提出的解决方法…
 
Genetics,2008, 178: 1709–1723
 
 

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